SAMtools

SAMtools tarjoaa työkaluja SAM-, BAM- ja CRAM-muotoisten kohdistusten käyttöön ja käsittelyyn. Voit käyttää SAMtoolsia esimerkiksi muodon muuntamiseen, lajitteluun, indeksointiin ja kohdistusten tarkasteluun sekä variantteihin liittyvään peruskäsittelyyn.

SAMtools
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT/Expat-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 1.21, 1.24, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

SAMtools on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten SAMtools-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load samtools/1.24

Tarkista saatavilla olevat versiot komennolla:

module spider samtools

Lataamisen jälkeen voit suorittaa SAMtoolsin:

samtools --version

Raskaammat SAMtools-työt kannattaa ajaa eräajoina. Alla on esimerkki eräajokomentosarjasta, joka muuntaa SAM-tiedoston BAM-muotoon ja lajittelee sekä indeksoi sen:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=samtools
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000M

module load bio-apps/v202603
module load samtools/1.24

# Convert SAM to BAM
samtools view -bS aln.sam > aln.bam

# Sort the BAM file
samtools sort aln.bam -o aln-sorted.bam

# Index the sorted BAM file
samtools index aln-sorted.bam

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234). Lähetä työ komennolla:

sbatch batch_job_file.sh

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n Service Desk