SAMtools

SAMtools tarjoaa työkaluja SAM- ja BAM-muotoisten kohdistusten käyttöön ja käsittelyyn. Voit käyttää SAMtoolsia esimerkiksi indeksointiin, varianttien tunnistamiseen ja kohdistusten tarkasteluun.

SAMtools

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia MIT/Expat-lisenssillä.

Saatavuus

Puhti: 1.9, 1.16, 1.18

Käyttö

Käyttääksesi SAMtoolsia Puhdissa voit käyttää alustamiskomentoa:

module load biokit

Biokit-moduuli ottaa käyttöön joukon yleisesti käytettyjä bioinformatiikan työkaluja, mukaan lukien SAMtoolsin ja Picardin. (Huomaa kuitenkin, että Puhdissa on myös bioinformatiikan työkaluja, joille on erilliset käyttöönottokomennot.)

Tämän jälkeen voit käynnistää samtoolsin

samtools

Voit tarkistaa saatavilla olevat samtools-versiot komennolla:

module spider samtools

Ja ottaa käyttöön version, jota haluat käyttää. Esimerkiksi:

module load samtools/0.1.19

SAMtoolsin version 1.x lataaminen lataa myös BCFtoolsin ja HTSlibin.

Raskaammat SAMtools-työt kannattaa suorittaa eräajoina. Alla on esimerkki eräajotiedostosta SAMtools-työn suorittamiseen Puhdissa:

#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=samtools
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --mem=4000
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --ntasks=1

#Convert SAM file to BAM
samtools view -bS aln.sam > aln.bam

#Sort the bam file
samtools sort aln.bam aln-sorted

#Index the bam file
samtools index aln-sorted.bam

Yllä olevassa eräajoesimerkissä suoritetaan yksi tehtävä (-n 1). Työn enimmäiskesto on neljä tuntia (-t 04:00:00) ja varatun muistin määrä on noin 4 Gt (--mem=4000). Sinun täytyy muuttaa --account-asetusta niin, että se määrittää projektin, jolta laskenta laskutetaan.

Voit lähettää eräajotiedoston eräajo-järjestelmään komennolla:

sbatch batch_job_file.bash

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta Puhdin käyttöoppaasta.

Lisätietoja

SAMtoolsin kotisivu