SAMtools

SAMtools tarjoaa työkaluja SAM- ja BAM-muotoisten kohdistusten käyttöön ja käsittelyyn.
Voit käyttää SAMtoolsia esimerkiksi indeksointiin, varianttien tunnistamiseen ja kohdistusten tarkasteluun.

SAMtools

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia MIT/Expat-lisenssillä.

Saatavuus

Puhti: 1.9, 1.16, 1.18

Käyttö

Käyttääksesi SAMtoolsia Puhdissa voit käyttää alustamiskomentoa:

module load biokit

Biokit-moduuli ottaa käyttöön joukon yleisesti käytettyjä bioinformatiikan työkaluja, mukaan lukien SAMtoolsin ja Picardin.
(Huomaa kuitenkin, että Puhdissa on myös bioinformatiikan työkaluja, joille on erilliset käyttöönottokomennot.)

Tämän jälkeen voit käynnistää samtoolsin:

samtools

Voit tarkistaa saatavilla olevat samtools-versiot komennolla:

module spider samtools

Ja sitten aktivoida version, jota haluat käyttää. Esimerkiksi:

module load samtools/0.1.19

SAMtoolsin version 1.x lataaminen lataa myös BCFtoolsin ja HTSlibin.

Raskaammat SAMtools-työt kannattaa suorittaa eräajoina. Alla on esimerkki eräajotiedostosta
SAMtools-työn suorittamiseen Puhdissa:

#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=samtools
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --mem=4000
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --ntasks=1

#Convert SAM file to BAM
samtools view -bS aln.sam > aln.bam

#Sort the bam file
samtools sort aln.bam aln-sorted

#Index the bam file
samtools index aln-sorted.bam

Yllä olevassa eräajoesimerkissä suoritetaan yksi tehtävä (-n 1). Työn enimmäiskesto on neljä tuntia
(-t 04:00:00) ja varattu muistin määrä on noin 4 GB (--mem=4000). Sinun täytyy muuttaa --account-asetusta
niin, että se määrittää projektin, jolta laskenta veloitetaan.

Voit lähettää eräajotiedoston eräajojärjestelmään komennolla:

sbatch batch_job_file.bash

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta Puhdin käyttöoppaasta.

Lisätietoja

SAMtoolsin kotisivu