Nextflow

Nextflow on tieteellinen työnvuonhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen. Se on Groovyyn perustuva kieli, jolla koko työnvuo voidaan kuvata yhdessä skriptissä, ja se tukee myös muiden kielten, kuten R:n, bashin ja Pythonin, skriptien suorittamista (Snakemake-säännön script/run/shell-direktiivin kautta).

Nextflow

Saatavilla

CSC:n palvelimilla saatavilla olevat versiot

Puhti: 21.10.6, 22.04.5, 22.10.1, 23.04.3, 24.01.0-edge.5903, 24.10.0
Mahti: 22.05.0-edge, 24.04.4
LUMI: 22.10.4

Kiinnitä huomiota Nextflow-version käyttöön

Huomaa, että Nextflow-versiota 23.04.3 ja sitä uudempia voidaan käyttää vain DSL2:lla rakennettuihin putkiin. Voit vaihtaa alempaan versioon DSL1-yhteensopivia putkia varten.

Lisenssi

Nextflow on julkaistu Apache 2.0 -lisenssillä.

Käyttö

Nextflow LUMIssa

Jotta voit käyttää CSC:n moduuleja LUMIssa, muista ensin ottaa CSC:n moduulipuu käyttöön komennolla

module use /appl/local/csc/modulefiles

Nextflow otetaan käyttöön lataamalla nextflow-moduuli:

module load nextflow

Oletusversio on yleensä uusin. Valitse Nextflow-versio oman putkesi vaatimusten mukaan. Toistettavuuden näkökulmasta on suositeltavaa ladata Nextflow-moduuli versionumeron kanssa. Jos haluat ladata nextflow-moduulin tietyllä versiolla:

module load nextflow/22.04.5

Käyttöohjeen saat komennolla:

nextflow -h

Tarkemmat ohjeet löytyvät CSC:n Nextflow-oppaasta.

Viitteet

Jos käytät Nextflow’ta työssäsi, viittaa seuraavaan julkaisuun:

Di Tommaso, P., Chatzou, M., Floden, E. et al. Nextflow enables reproducible computational workflows. Nat. Biotechnol. 35, 316–319 (2017). https://doi.org/10.1038/nbt.3820