NCBI C++ Toolkit

NCBI C++ Toolkit on laaja kokoelma NCBI:n kirjastoja ja sovelluksia biologisen sekvenssidatan ja siihen liittyvien ASN.1-datamuotojen käsittelyyn. Roihussa se on tarjolla pääasiassa asentamiensa komentorivityökalujen vuoksi.

• NCBI C++ Toolkit
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

NCBI C++ Toolkit on Yhdysvaltain National Center for Biotechnology Informationin julkaisema public domain -lisenssillä. Katso lisätietoja NCBI C++ Toolkit -dokumentaatiosta.

Saatavuus

• Roihu: 28_0_12 (moduuli ncbi-toolkit), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

NCBI C++ Toolkit on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load ncbi-toolkit/28_0_12

Moduuli asentaa suuren määrän ohjelmia. Useimmat niistä ovat työkalupakin omia sisäisiä testi-, esimerkki- ja tietokanta-ajuriohjelmia (esimerkiksi unit_test_*, test_*, odbc100_*, tds100_*), joita ei ole tarkoitettu loppukäyttäjille. Käyttäjille tarkoitettuja komentorivisovelluksia ovat muun muassa:

• ASN.1- ja datamuunnostyökalut: datatool, asn2asn, asn2fasta, asn2flat, asnvalidate, asn_cleanup, table2asn, tableval, idfetch, srcchk, agpconvert, agp_validate, multireader.
• Sekvenssianalyysityökalut: splign, nw_aligner, vecscreen, windowmasker.
• BLAST+-ohjelmat (blastn, blastp, makeblastdb, …). Itsenäisiin BLAST-hakuihin suositeltu vaihtoehto on erillinen blast-plus-moduuli.

Esimerkiksi ASN.1-tiedoston muuntaminen FASTA-muotoon asn2fasta-työkalulla:

asn2fasta -i input.asn -o output.fasta

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ncbi-toolkit
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G

module load bio-apps/v202603
module load ncbi-toolkit/28_0_12

table2asn -indir submission_files -outdir asn_out

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• NCBI C++ Toolkit -dokumentaatio
• NCBI C++ Toolkit -kirja

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .