NCBI C++ Toolkit
NCBI C++ Toolkit on laaja kokoelma NCBI:n kirjastoja ja sovelluksia biologisen sekvenssidatan ja siihen liittyvien ASN.1-datamuotojen käsittelyyn. Roihussa se on tarjolla pääasiassa asentamiensa komentorivityökalujen vuoksi.
Lisenssi
NCBI C++ Toolkit on Yhdysvaltain National Center for Biotechnology Informationin julkaisema public domain -lisenssillä. Katso lisätietoja NCBI C++ Toolkit -dokumentaatiosta.
Saatavuus
- Roihu: 28_0_12 (moduuli
ncbi-toolkit),bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
NCBI C++ Toolkit on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:
Moduuli asentaa suuren määrän ohjelmia. Useimmat niistä ovat työkalupakin omia sisäisiä testi-, esimerkki- ja tietokanta-ajuriohjelmia (esimerkiksi unit_test_*, test_*, odbc100_*, tds100_*), joita ei ole tarkoitettu loppukäyttäjille. Käyttäjille tarkoitettuja komentorivisovelluksia ovat muun muassa:
- ASN.1- ja datamuunnostyökalut:
datatool,asn2asn,asn2fasta,asn2flat,asnvalidate,asn_cleanup,table2asn,tableval,idfetch,srcchk,agpconvert,agp_validate,multireader. - Sekvenssianalyysityökalut:
splign,nw_aligner,vecscreen,windowmasker. - BLAST+-ohjelmat (
blastn,blastp,makeblastdb, …). Itsenäisiin BLAST-hakuihin suositeltu vaihtoehto on erillinenblast-plus-moduuli.
Esimerkiksi ASN.1-tiedoston muuntaminen FASTA-muotoon asn2fasta-työkalulla:
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ncbi-toolkit
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G
module load bio-apps/v202603
module load ncbi-toolkit/28_0_12
table2asn -indir submission_files -outdir asn_out
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.