BamTools

BamTools tarjoaa sekä ohjelmoijan API:n että loppukäyttäjän työkalupaketin BAM-tiedostojen käsittelyyn.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

BamTools on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten BamTools-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load bamtools/2.5.2

Tarkista saatavilla olevat versiot komennolla:

module spider bamtools

BamToolsin syntaksi on:

bamtools COMMAND ARGUMENTS

Saatavilla olevat bamtools-komennot:

convert Muuntaa BAM-tiedostojen ja useiden muiden tiedostomuotojen välillä
count Tulostaa kohdistusten määrän BAM-tiedostoissa
coverage Tulostaa kattavuustilastot syötteenä annetusta BAM-tiedostosta
filter Suodattaa BAM-tiedostoja käyttäjän määrittämien ehtojen perusteella
header Tulostaa BAM-otsaketiedot
index Luo indeksin BAM-tiedostolle
merge Yhdistää useita BAM-tiedostoja yhdeksi tiedostoksi
random Valitsee satunnaisia kohdistuksia olemassa olevista BAM-tiedostoista; tarkoitettu enemmän testaustyökaluksi.
resolve Selvittää paripääluvut (merkitsee tarvittaessa IsProperPair-lipun)
revert Poistaa duplikaattimerkinnät ja palauttaa alkuperäiset emäslaadut
sort Lajittelee BAM-tiedoston joidenkin kriteerien mukaan
split Jakaa BAM-tiedoston käyttäjän määrittämän ominaisuuden perusteella ja luo uuden BAM-tulostiedoston jokaiselle löydetylle arvolle
stats Tulostaa joitakin perustilastoja syötteenä annetuista BAM-tiedostoista

Lisätietoja tietystä komennosta saat suorittamalla:

bamtools help COMMAND