BamTools

BamTools tarjoaa sekä ohjelmoijan API:n että loppukäyttäjän työkalupaketin BAM-tiedostojen käsittelyyn.

BamTools
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä

Saatavuus

Puhti: 2.5.2
Chipsterin graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Puhdissa BamToolsin voi ottaa käyttöön osana biokit-moduulikokoelmaa:

module load biokit

biokit-moduuli ottaa käyttöön joukon yleisesti käytettyjä bioinformatiikan työkaluja. Huomaa kuitenkin, että Puhdissa on myös muita bioinformatiikan työkaluja, joille on erilliset käyttöönottokomennot.

BamToolsin syntaksi on:

bamtools COMMAND ARGUMENTS

Saatavilla olevat bamtools-komennot:

convert Muuntaa BAM-tiedostoja ja useita muita tiedostomuotoja toisikseen
count Tulostaa kohdistusten määrän BAM-tiedostoissa
coverage Tulostaa kattavuustilastot syötteenä annetusta BAM-tiedostosta
filter Suodattaa BAM-tiedostoja käyttäjän määrittämien ehtojen perusteella
header Tulostaa BAM-otsaketiedot
index Luo indeksin BAM-tiedostolle
merge Yhdistää useita BAM-tiedostoja yhdeksi tiedostoksi
random Valitsee satunnaisia kohdistuksia olemassa olevista BAM-tiedostoista; tarkoitettu enemmän testaustyökaluksi.
resolve Selvittää paired-end-luennat (merkitsee IsProperPair-lipun tarvittaessa)
revert Poistaa duplikaattimerkinnät ja palauttaa alkuperäiset emäslaadut
sort Lajittelee BAM-tiedoston tiettyjen ehtojen mukaan
split Jakaa BAM-tiedoston käyttäjän määrittämän ominaisuuden perusteella ja luo uuden BAM-tulostiedoston jokaiselle löydetylle arvolle
stats Tulostaa joitakin perustilastoja syötteenä annetuista BAM-tiedostoista

Lisätietoja tietystä komennosta saat suorittamalla komennon:

bamtools help COMMAND

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Lisätietoja BamToolsista löytyy BamToolsin kotisivulta.