GOLD

GOLD on telakointiohjelma joustavien molekyylien proteiineihin sitoutumisen ennustamiseen. GOLD käyttää geneettiseen algoritmiin perustuvaa menetelmää proteiini-ligandi-telakointiin ja mahdollistaa ligandin täyden sekä proteiinin osittaisen joustavuuden.

Saatavuus

Roihu-CPU: GOLD, versio 2026.1.1
Lataa ja asenna paikallisesti

Suorita module spider ccdc nähdäksesi moduuliversiot ja miten ne ladataan.

Lisenssi

Lisenssi kattaa akateemisen käytön yliopistoissa ja voittoa tavoittelemattomissa tutkimuslaitoksissa. Katso lisätietoja CSD-sivultamme.

Käyttö

GOLD on osa Cambridge Crystallographic Database Systemiä. Katso CSD-sivultamme asennus- ja aktivointiohjeet.

Alusta GOLD Roihu-CPU:ssa:

module load ccdc/2026.1

GOLDia voidaan käyttää joko komentoriviltä tai graafisen käyttöliittymän kautta, jonka nimi on Hermes. Paras tapa käyttää graafista käyttöliittymää etänä Roihussa on käyttää Roihun selainkäyttöliittymän kiihdytetty visualisointi -sovellusta.

Interaktiivinen käyttö selainkäyttöliittymässä

Avaa Roihun selainkäyttöliittymä ja kirjaudu sisään CSC-käyttäjätunnuksellasi.
Avaa Accelerated Visualization, valitse projekti (osio vizinteractive), määritä resurssit, käynnistä sovellus ja muodosta yhteys verkkoselaimella. Katso lisätiedot, laskutus ja tunnetut ongelmat CSD-sivulta.
Avaa pääte istunnossa ja lataa moduuli (katso yllä).

GOLDin suorittamiseksi voit joko kirjoittaa hermes ja siirtyä GOLD-välilehdelle tai vaihtoehtoisesti suorittaa gold, mikä avaa suoraan Hermeksen GOLD-ohjatun toiminnon. Huomaa, että graafisen käyttöliittymän suorituskyky voi olla jonkin verran hitaampi kuin paikallisessa asennuksessa.

Esimerkkieräajokomennostot

Pidemmät (ei-interaktiiviset) ajot kannattaa suorittaa eräajoina. Katso Roihun eräajojen luominen ja käytettävissä olevat osiot osionimien ja resurssivaihtoehtojen osalta.

Roihu-CPU

#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --account=yourproject     # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=0:30:00            # time as `hh:mm:ss`

module load ccdc/2026.1

gold_auto gold.conf

Huomautus

Jos haluat telakoida useita ligandeja rinnakkain, tutustu Python- skriptiin gold_multi CSD Python API (Application programming interface) -skriptirepositoriossa.