GOLD
GOLD on telakointiohjelma, jolla ennustetaan, miten joustavat molekyylit sitoutuvat proteiineihin. GOLD käyttää geneettiseen algoritmiin perustuvaa menetelmää proteiini-ligandi-telakointiin ja mahdollistaa ligandin täyden sekä proteiinin osittaisen joustavuuden.
Saatavuus
- Puhti: 2022.2, 2023.2
- Lataa ja asenna paikallisesti
Suorita module spider ccdc, niin näet moduuliversiot ja miten ne ladataan.
Lisenssi
Lisenssi kattaa akateemisen käytön yliopistoissa ja voittoa tavoittelemattomissa tutkimuslaitoksissa. Katso lisätietoja CSD-sivultamme.
Käyttö
GOLD on osa Cambridge Crystallographic Database System -järjestelmää. Katso asennus- ja aktivointiohjeet CSD-sivultamme.
GOLDia voidaan käyttää joko komentoriviltä tai graafisen käyttöliittymän (GUI) kautta, jonka nimi on Hermes. Paras tapa käyttää graafista käyttöliittymää etänä Puhdissa on käyttää Puhdin selainkäyttöliittymän työpöytää. GOLDin interaktiivisen ympäristön käyttöönottoa varten avaa pääte ja suorita:
Tämä lataa CSD:n ja GOLDin uusimman version. Voit käynnistää GOLDin joko
kirjoittamalla hermes ja siirtymällä GOLD-välilehdelle tai vaihtoehtoisesti suorittamalla gold,
joka avaa suoraan Hermeksen GOLD-ohjatun toiminnon. Huomaa, että graafisen käyttöliittymän suorituskyky
voi olla jonkin verran hitaampi kuin paikallisessa asennuksessa.
Pidemmät (ei-interaktiiviset) ajot kannattaa suorittaa eräajoina:
#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --time=0:30:00 # time as `hh:mm:ss`
module load ccdc
gold_auto gold.conf
Note
Jos haluat telakoida useita ligandeja rinnakkain, tutustu Python-skriptiin
gold_multi, joka löytyy
CSD Python API scripts -repositoriosta.