VASP

VASP on ab initio DFT -ohjelma, jolla voidaan laskea enintään muutamien satojen atomien elektronirakenteita.

Tällä sivulla kuvataan lyhyesti, miten VASPia käytetään mahti.csc.fi:ssä. Käyttö puhti.csc.fi:ssä on hyvin samankaltaista. VASP on kuitenkin ohjelma, jonka käyttö edellyttää jonkin verran kokemusta. Uusia VASP-käyttäjiä suositellaan aloittamaan ohjaajan tai kokeneen kollegan tuella.

Roihu-tuki

Alustavat koontiohjeet ovat saatavilla GitHubissa. Testaa niitä ja anna palautetta CSC:n asiakastuen kautta.

Saatavuus

Näet saatavilla olevat VASP-versiot komennolla

module avail vasp

Lisenssi ennen versiota 6.5.1

VASPin käyttö edellyttää lisenssiä, joka on hankittava suoraan ohjelmiston kehittäjiltä.

Versiot ennen VASP 6.5.1:tä käyttävät Unix-ryhmiä vasp ja vasp6 hallitsemaan pääsyä esiasennettuihin suoritustiedostoihin. Kun olet hankkinut lisenssin tai kun sähköpostiosoitteesi on lisätty olemassa olevaan lisenssiin, lähetä sähköposti osoitteeseen CSC Service Desk ja ilmoita siinä CSC:n käyttäjätunnuksesi sekä se sähköpostiosoite, jonka olet rekisteröinyt VASP-lisenssiä varten VASP-portaalissa.

Lisenssi versiolle 6.5.1

VASP-versio 6.5.1 on saatavilla mahti.csc.fi:ssä.

VASP-versiot 6.5.1:stä alkaen edellyttävät lisenssitiedostoa ~/.vasp/vasp_license. Lisenssitiedosto ladataan VASP-portaalista komennoilla

module load vasp/6.5.1
request_license_key.sh

Skripti request_license_key.sh kysyy käyttäjän VASP-portaalin käyttäjätunnuksen ja salasanan.

Tämä lisenssimalli on tällä hetkellä beetavaiheessa. Beetavaiheen lisenssipalvelimen lisenssitiedot eivät välttämättä ole synkronoituja VASP-portaalin tietojen kanssa. Kunnes uusi lisenssikäytäntö on otettu asianmukaisesti käyttöön, lisenssin omistaja voi ladata VASPin lähdetiedoston vasp.6.5.1.tgz portaalista hakemistoon /projappl/<project name> mahti.csc.fi:ssä sekä kääntää suoritustiedostot ja ajaa testit komennoilla

export SLURM_ACCOUNT=<project name>
bash /appl/soft/phys/vasp/6.5.1/gcc-11.2.0/README-no-license.sh

Käyttö

Esikäännetyt VASP-suoritustiedostot ja pseudopotentiaalit ovat saatavilla moduuliympäristön kautta. Käytä komentoa

module show vasp

nähdäksesi tarkemmat tiedot.

Esimerkkieräajokomentosarja pientä testiä varten

#!/bin/bash
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --mem-per-cpu=1GB
#SBATCH --account=<project>

module load vasp
srun vasp_std

Lisää vaihtoehtoja ja yksityiskohtia löydät ohjeista eräajokomentosarjojen luomiseen Puhdissa ja Mahdissa.

VASP-oppaat JupyterLabissa

VASP-oppaat ovat seurattavissa myös JupyterLabissa Mahdin selainkäyttöliittymästä. Avaa Jupyter-sovellus ja valitse kohdasta Settings -> Python vaihtoehto Custom module ja kirjoita py4vasp. Kun lähetät töitä JupyterLabin pääteikkunasta laskentasolmuille, lataa ensin moduuli vasp ja käytä sitten komentoa, joka on esimerkiksi seuraavanlainen:

srun -p test -A <project> -t 5 -n 2 vasp_std

sen sijaan, että käyttäisit oppaassa näytettyä komentoa mpirun ....

Suorituskyvyn optimointi

Ensinnäkin VASPin suorituskyky riippuu ratkaisevasti INCAR-tiedoston parametreista, jotka ohjaavat eri k-pisteiden, kaistojen ja FFT-kertoimien jakautumista MPI-tehtävien kesken, sekä siitä, että käytössä on oikea suoritustiedoston versio (std/gam/ncl).

Toiseksi tarjotut valmiiksi käännetyt suoritustiedostot on rakennettu mahdollisimman "vanilja"-muotoisiksi, ja ne tarjoavat kohtuullisen lähtötason. Suorituskyvyn optimointi suuria laskentakokeita varten kannattaa tehdä tapauskohtaisesti. Komennot, joilla valmiiksi käännetyt suoritustiedostot on luotu, löytyvät tiedostosta $VASPDIR/README.sh, ja niitä voidaan käyttää lähtökohtana optimoidumpien ja/tai muulla tavoin muokattujen suoritustiedostojen rakentamiseen.