VASP

VASP on ab initio DFT -ohjelma, jolla lasketaan enintään muutamien satojen atomien elektronirakenteita.

Tällä sivulla kuvataan lyhyesti, miten VASPia käytetään Roihussa. On kuitenkin hyvä huomata, että VASPin tehokas käyttö vaatii kokemusta. Uusia VASP-käyttäjiä suositellaan aloittamaan ohjaajan tai kokeneen kollegan kanssa.

Lisenssi

Kaupallinen, lisätietoja VASP-portaalista.

VASP-suoritustiedostot

VASP-suoritustiedostoihin on kaksi tapaa saada käyttöoikeus. Voit kääntää omat suoritustiedostosi tai hankkia henkilökohtaisen lisenssiavaimen ja käyttää CSC:n valmiiksi käännettyjä suoritustiedostoja.

Käännä omat VASP-suoritustiedostosi

Tämä on yksinkertaista, ja se on dokumentoitu GitHubissa. Tämä on myös oikea tapa, jos haluat kehittää VASPia, kääntää muokattuja VASP-versioita tai olet hankkinut lisenssin Materials Desing Inc:ltä.

Jos kohtaat ongelmia VASPin kääntämisessä, lähetä palautetta CSC:n asiakastukeen.

Käytä CSC:n valmiiksi käännettyjä suoritustiedostoja

Saatavilla olevat VASP-versiot näet komennolla

module avail vasp

Valmiiksi käännettyjen suoritustiedostojen käyttö edellyttää, että jokainen käyttäjä hankkii henkilökohtaisen lisenssiavaimen ja päivittää sen tarvittaessa. Lisenssiavain tallennetaan kotihakemistoon tiedostoon ~/.vasp/vasp_license.

Lisenssitiedosto ladataan VASP-portaalista komennoilla

module load vasp
request_license_key.sh

request_license_key.sh-skripti kysyy käyttäjän VASP-portaalin käyttäjätunnuksen ja salasanan.

VASP-eräajot

Esimerkki eräajokomentosarjasta pientä testiä varten:

#!/bin/bash
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --mem-per-cpu=1GB
#SBATCH --account=<project>

module load vasp
srun vasp_std

Suorituskyvyn optimointi

VASPin suorituskyky riippuu ratkaisevasti INCAR-tiedoston parametreista sekä siitä, että käytössä on oikea suoritustiedoston versio (std/gam/ncl). INCAR-parametrit ohjaavat muun muassa sitä, miten eri k-pisteet, kaistat ja FFT-kertoimet jaetaan MPI-tehtävien kesken. Parametrien alkuasetuksia löytyy VASPin dokumentaatiosta, mutta useimmissa tapauksissa optimaalisten parametrien löytäminen vaatii kokemusta ja kokeilua, ja ne riippuvat tutkittavasta järjestelmästä sekä käytetystä laskenta-alustasta.

VASP-oppaat JupyterLabissa

VASP-oppaat ovat seurattavissa myös JupyterLabissa Roihun selainkäyttöliittymästä. Avaa Jupyter-sovellus ja valitse kohdasta Settings -> Python vaihtoehto Custom module ja kirjoita py4vasp. Käynnistä VASP-esimerkkiajot erillisestä kirjautumiskuoren terminaalista käyttämällä srun-komentoa, esimerkiksi

module load vasp
srun -A project_2001659 -p small -n 4 vasp_std

mpirun ... -komentojen sijaan, kuten VASP-oppaassa.