minibwa
minibwa on Heng Lin kehittämä lyhytlukujen kohdistin, jota pidetään BWA-MEMin seuraajana. Se indeksoi viitegenomin FM-indeksillä ja kohdistaa yksittäis- tai paripäisiä lukuja käyttäen kaistattua, SIMD-kiihdytettyä Smith-Waterman-laajennusta ja mukauttaa parametrejaan lukujen pituuden mukaan. Kuten BWA-MEM, se indeksoi genomin ennen kohdistusta.
Lisenssi
minibwan lähdekoodi on julkaistu MIT-lisenssillä.
Huomaa, että oletuskooste (sellaisena kuin se on tänne asennettu) kääntää mukaan BWA:lta perityn
GPL-2.0+-lisensoidun BWT-rakennuskoodin, joten asennettu minibwa-binääri on käytännössä GPL-lisensoitu.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 0.7,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
minibwa on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten minibwa-moduuli:
minibwalla on kaksi alikomentoa, index ja map.
Viitteen indeksointi
Indeksoi viitegenomi ennen kohdistusta. Työskentele projektisi /scratch-hakemistossa
mieluummin kuin $HOME-hakemistossa, joka on usein liian pieni kokonaisille genomeille:
Tämä kirjoittaa indeksitiedostot ref.fa.l2b ja ref.fa.mbw viitetiedoston viereen.
Lukujen kohdistus
Paripäiset luvut kohdistetaan kahdella lukutiedostolla, jolloin SAM tulostuu vakiotulosteeseen:
Yksi lukutiedosto kohdistaa yksipäiset luvut:
Lisää -f, jos haluat tuottaa PAF-muotoa SAMin sijaan:
Esimerkki eräajokomentosarjasta
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=minibwa
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=8G
module load bio-apps/v202603
module load minibwa/0.7
# Index the reference genome (once)
minibwa index -t $SLURM_CPUS_PER_TASK ref.fa
# Align paired-end reads
minibwa map -t $SLURM_CPUS_PER_TASK ref.fa read1.fq read2.fq > aln.sam
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.