Barrnap

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) ennustaa ribosomaalisen RNA:n geenien sijainnin genomeissa. Se tukee bakteerien, arkeonien, mitokondrioiden ja eukaryoottien rRNA:ta.

• Barrnap
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Katso Barrnapin lisenssi.

Saatavuus

• Roihu: 0.9, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Barrnap on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Barrnap-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load barrnap/0.9

Barrnap ottaa syötteeksi FASTA-muotoisen genomin ja kirjoittaa rRNA-piirteiden ennusteet GFF3-muodossa. Valitse kunta --kingdom-valinnalla (bac, arc, euk tai mito) ja säikeiden määrä --threads-valinnalla:

barrnap --kingdom bac --threads 4 genome.fna > rrna.gff

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=barrnap
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load barrnap/0.9

barrnap --kingdom bac --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK genome.fna > rrna.gff

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n Service Desk

Lisätietoja

• Barrnapin GitHub-repositorio

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .