inStrain

inStrain on Python-ohjelma samanaikaisesti esiintyvien genomipopulaatioiden analysointiin metagenomeista. Se suorittaa kannan tason vertailuja, mikrodiversiteettianalyysiä ja ei-synonyymisten varianttien tunnistamista sekvenssilukujen kohdistuksista.

inStrain

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 1.6.3 (moduuli py-instrain), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

inStrain on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load py-instrain/1.6.3

Profiloi metagenominen kohdistus (lajiteltu BAM-tiedosto genomia tai genomijoukkoa vasten):

inStrain profile aligned.sorted.bam genomes.fasta -o instrain_out -p 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=instrain
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load py-instrain/1.6.3

inStrain profile aligned.sorted.bam genomes.fasta -o instrain_out -p $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihuun.

Tuki

CSC:n asiakastuki