BEDOPS
BEDOPS on avoimen lähdekoodin komentorivikäyttöliittymän työkalupakki, joka suorittaa erittäin tehokkaita ja
skaalautuvia joukko-, tilastollisia ja rinnakkaisprosessointiin liittyviä operaatioita BED-muotoisille genomisille
intervalleille. Se sisältää työkaluja, kuten bedops (joukko-operaatiot), bedmap (kohdistus ja tilastot),
sort-bed (lajittelu) ja closest-features.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avoimen lähdekoodin ohjelmisto GNU GPLv2 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 2.4.42,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
BEDOPS on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten BEDOPS-moduuli:
Useimmat BEDOPS-operaatiot vaativat lajitellun BED-syötteen, jonka voit tuottaa komennolla sort-bed:
Tämän jälkeen voit suorittaa joukko-operaatioita, esimerkiksi etsiä kahden BED-tiedoston leikkauksen:
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bedops
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G
module load bio-apps/v202603
module load bedops/2.4.42
bedops --intersect a.sorted.bed b.sorted.bed > intersection.bed
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.