BEDOPS

BEDOPS on avoimen lähdekoodin komentorivikäyttöliittymän työkalupakki, joka suorittaa erittäin tehokkaita ja skaalautuvia joukko-, tilastollisia ja rinnakkaisprosessointiin liittyviä operaatioita BED-muotoisille genomisille intervalleille. Se sisältää työkaluja, kuten bedops (joukko-operaatiot), bedmap (kohdistus ja tilastot), sort-bed (lajittelu) ja closest-features.

BEDOPS

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avoimen lähdekoodin ohjelmisto GNU GPLv2 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.4.42, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

BEDOPS on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten BEDOPS-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load bedops/2.4.42

Useimmat BEDOPS-operaatiot vaativat lajitellun BED-syötteen, jonka voit tuottaa komennolla sort-bed:

sort-bed unsorted.bed > sorted.bed

Tämän jälkeen voit suorittaa joukko-operaatioita, esimerkiksi etsiä kahden BED-tiedoston leikkauksen:

bedops --intersect a.sorted.bed b.sorted.bed > intersection.bed

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bedops
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G

module load bio-apps/v202603
module load bedops/2.4.42

bedops --intersect a.sorted.bed b.sorted.bed > intersection.bed

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki