Diamond

Diamond on nopea sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu nukleotidi- tai proteiinisekvenssien vertaamiseen proteiinitietokantoja vasten. Se kohdistaa proteiineja ja käännettyä DNA:ta 100–10 000 kertaa BLASTia nopeammin, tukee kehysmuutoskohdistuksia pitkien lukujen analyysiin, toimii vähäisillä resurssivaatimuksilla ja tuottaa useita tiedostomuotoja (BLAST-parikohdistus, taulukkomuotoinen, XML ja taksonominen luokittelu).

Diamond

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 2.1.10 (moduuli diamond), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Diamond on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Diamond-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load diamond/2.1.10

Sen jälkeen voit tarkistaa Diamondin ohjeen komennolla:

diamond help

Viitetietokannat

CSC tarjoaa jaetut Diamond-indeksit NCBI:n non-redundant- (nr) ja SwissProt- (swiss) proteiinitietokannoille. diamond-moduuli asettaa ympäristömuuttujan $DIAMONDDB niiden sijaintiin, ja viittaat indeksiin sen perusnimellä (Diamond lisää .dmnd). Esimerkiksi nukleotidisekvenssijoukon haku SwissProtia vasten:

diamond blastx --query nuc.fasta -d $DIAMONDDB/swiss --out diamond_results.txt -p 4 --max-target-seqs 500

nr on erittäin suuri, joten haku sitä vasten (-d $DIAMONDDB/nr) vaatii huomattavasti muistia ja aikaa — varaa niitä sen mukaisesti.

Oman tietokannan käyttö

Voit hakea myös omaa proteiinisekvenssitietokantaasi vasten. Luo ensin Diamond-indeksi viiteproteiinijoukollesi komennolla diamond makedb:

diamond makedb --in reference_proteins.fasta -d my_ref -p 4

Yllä oleva komento luo Diamond-indeksitiedoston (my_ref.dmnd), jota voidaan käyttää hakutietokantana:

diamond blastx --query nuc.fasta -d my_ref --out diamond_results2.txt -p 4 --max-target-seqs 500

Lisätietoja

Diamondin Github-sivu