demix_check

demix_check arvioi mSWEEP/mGEMS-analyysin binatut luvut, jotta voidaan arvioida, ovatko klusteriin määritetyt luvut todella peräisin kyseisestä klusterista vai jostakin edustamattomasta klusterista, joka puuttuu viitejoukosta. Se vertaa binattujen lukujen ja viite-isolaattien välisiä Mash-etäisyyksiä viitteiden klusterinsisäisiin ja klusterien välisiin etäisyyksiin ja antaa kullekin klusterille luottamuspisteytyksen väliltä 1 (korkein)–4 (matalin).

demix_check

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 1.0.20250120, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

demix_check on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten demix_check-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load demix-check/1.0.20250120

Moduuli lataa myös työkalut, joita työnkulku kutsuu (themisto, mSWEEP, mGEMS, Mash ja seqtk). Aja työnkulku komennolla demix_check (demix_check.py toimii myös):

demix_check --help

demix_checkissa on kolme tilaa: --mode_setup valmistelee viitejoukon, --mode_check tarkistaa olemassa olevan mGEMS-analyysin tulokset, ja --mode_run ajaa themiston, mSWEEPin ja mGEMSin lukujoukolle ja tarkistaa sitten tulokset.

Viitejoukon valmistelu

Viitejoukko on joukkoa vastaavasti nimetty hakemisto, joka sisältää sarkainerotellun ref_info.tsv-tiedoston, jossa on sarakkeet id, cluster ja assembly (polku isolaatin kokoonpanoon):

id          cluster  assembly
isolate_1   SC1      path/to/isolate_1.fasta
isolate_2   SC1      path/to/isolate_2.fasta
isolate_3   SC2      path/to/isolate_3.fasta

Valmistelutila kirjoittaa themisto-indeksin, Mash-luonnokset ja klusterikynnykset viitehakemistoon (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon):

demix_check --mode_setup --ref ref_dir/Kpne --threads 8

mGEMSin tarkistaminen tai ajaminen

Jos haluat tarkistaa olemassa olevan mGEMS-analyysin samaa viitejoukkoa vasten:

demix_check --mode_check --binned_reads_dir mGEMS_analysis/binned_reads \
  --msweep_abun mGEMS_analysis/msweep_abundances.txt \
  --out_dir output_dir --ref ref_dir/Kpne --threads 8

Jos haluat ajaa koko mSWEEP/mGEMS-työnkulun paritetuille lukupäille ja tarkistaa sitten tulokset:

demix_check --mode_run --r1 reads_1.fastq.gz --r2 reads_2.fastq.gz \
  --out_dir output_dir --ref ref_dir/Kpne --threads 8

Klusteripisteet kirjoitetaan tiedostoon clu_score.tsv. Lisää --plots, jos haluat tuottaa myös etäisyyskuvat (sample_plot.pdf). Katso demix_check README, josta löydät tiedot hierarkkisista ajoista useilla viitejoukoilla sekä pisteiden määritelmät.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=demix_check
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load demix-check/1.0.20250120

demix_check --mode_run --r1 reads_1.fastq.gz --r2 reads_2.fastq.gz \
  --out_dir output_dir --ref ref_dir/Kpne --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK --plots

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajotehtävän komentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n Service Desk