PANNZER2/SANSPANZ

PANNZER2/SANSPANZ on täysin automatisoitu palvelu, joka on tarkoitettu tuntemattoman toiminnon omaavien prokaryoottisten ja eukaryoottisten proteiinien funktionaaliseen annotointiin. Työkalu on suunniteltu ennustamaan toiminnallinen kuvaus (DE) ja geeniontologian (GO) luokat.

Lisenssi

PANNZER on julkaistu GNU Public Licence v3 -lisenssillä.

Saatavuus

PANNZER on saatavilla Puhdissa.

Käyttö

Puhdissa SANSPANZ-annotointityökalu voidaan ottaa käyttöön komennolla:

module load biokit

Moduulin lataamisen jälkeen voit käynnistää SANSPANZ-analyysin komennolla runsanspanz.py. Esimerkiksi:

runsanspanz.py -R -m Pannzer -s "species name" -i  input_seqs.fasta -o results.csv

Lajin nimeä käytetään taksonomisten etäisyyksien määrittämiseen. Tuloste kirjoitetaan tiedostoon, joka on määritelty valinnalla -o. Lisäksi luodaan kolme muuta tulostetiedostoa:

Pannzer.out_1 sisältää kuvauksen (DE) ennusteen yksityiskohdat.
Pannzer.out_2 sisältää GO-ennusteen yksityiskohdat.
Pannzer.out_3 on yhteenveto kaikista ennustetuista annotaatioista.

Pannzer.out_3 voidaan muuntaa HTML-muotoon komennolla anno2html.pl:

anno2html.pl < Pannzer.out_3 > annotations.html

Jos lataat tämän tiedoston Altaaseen komennolla:

a-flip annotations.html

voit käyttää a-flip-komennon tarjoamaa linkkiä tulosten tarkasteluun selaimellasi.

Huomaa, että Puhdissa tulee aina käyttää komentoa runsanspanz.py valinnalla -R, joka lähettää analyysityöt Holm-ryhmän ylläpitämälle annotaatiopalvelimelle. Tällöin työ ei käytä Puhdin resursseja, ja se voidaan suorittaa interaktiivisena työnä kirjautumissolmulla.

Lisätietoja

Saat lisätietoja suorittamalla komennon:

runsanspanz.py -h

Tai tutustumalla PANNZERin kotisivuun:

PANNZERin kotisivu