PANNZER2/SANSPANZ

PANNZER2/SANSPANZ on täysin automatisoitu palvelu tuntemattoman toiminnon omaavien prokaryoottisten ja eukaryoottisten proteiinien toiminnalliseen annotointiin. Työkalu on suunniteltu ennustamaan toiminnallinen kuvaus (DE) ja geeniontologian (GO) luokat.

PANNZER2/SANSPANZ
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

PANNZER on julkaistu GNU Public Licence v3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 3.20250512 (moduuli sanspanz), bio-apps-moduulin kautta. Versionumero on SANSPANZ 3 -paketin julkaisupäivä.

Käyttö

SANSPANZ on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten SANSPANZ-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load sanspanz/3.20250512

Moduulin lataamisen jälkeen voit käynnistää SANSPANZ-analyysin komennolla runsanspanz.py. Esimerkiksi:

runsanspanz.py -R -m Pannzer -s "species name" -i input_seqs.fasta -o results.csv

Lajin nimeä käytetään taksonomisten etäisyyksien määrittämiseen. Tuloste kirjoitetaan tiedostoon, joka on määritetty valinnalla -o. Lisäksi luodaan kolme muuta tulostetiedostoa:

Pannzer.out_1 sisältää kuvauksen (DE) ennusteen yksityiskohdat.
Pannzer.out_2 sisältää GO-ennusteen yksityiskohdat.
Pannzer.out_3 on yhteenveto kaikista ennustetuista annotaatioista.

Huomaa, että Roihussa tulee aina käyttää komentoa runsanspanz.py valinnalla -R, joka lähettää analyysityöt Holm-ryhmän ylläpitämälle annotointipalvelimelle. Tällöin työ ei käytä Roihun resursseja, ja sen voi suorittaa interaktiivisena työnä kirjautumissolmulla.

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

Saat lisätietoja suorittamalla komennon:

runsanspanz.py -h

Tai tutustumalla PANNZERin kotisivuun:

PANNZERin kotisivu