Hyppää sisältöön

A new version of SD Connect and SD Desktop will be available from Monday, September 28. The major upgrade will introduce significant improvements, but also includes changes that are not compatible with the current version of the service. Click here to review the available support materials.

Warning!

Puhti and Mahti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti and Mahti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Cutadapt

Cutadapt etsii ja poistaa adapterisekvenssejä, alukkeita, poly-A-häntiä ja muun tyyppisiä ei-toivottuja sekvenssejä suuritehoisen sekvensoinnin luvuistasi.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä

Saatavuus

  • Puhti: 3.2, 3.4, 3.5, 4.6

Käyttö

Puhdissa Cutadaptin uusin versio otetaan käyttöön lataamalla moduuli:

module load cutadapt

Voit tarkistaa saatavilla olevat versiot komennolla:

module spider cutadapt

Voit ladata tietyn version komennolla:

module load cutadapt/3.2

Perussyntaksi on:

cutadapt --help

Cutadaptia tulee ajaa joko interaktiivisessa istunnossa tai eräajona.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Lisätietoja Cutadaptista löytyy Cutadaptin kotisivulta.

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.