Cutadapt

Cutadapt etsii ja poistaa adapterisekvenssejä, alukkeita, poly-A-häntiä ja muun tyyppisiä ei-toivottuja sekvenssejä suuritehoisen sekvensoinnin luvuistasi.

Cutadapt
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä

Saatavuus

Puhti: 3.2, 3.4, 3.5, 4.6

Käyttö

Puhdissa Cutadaptin uusin versio otetaan käyttöön lataamalla moduuli:

module load cutadapt

Voit tarkistaa saatavilla olevat versiot komennolla:

module spider cutadapt

Voit ladata tietyn version komennolla:

module load cutadapt/3.2

Perussyntaksi on:

cutadapt --help

Cutadaptia tulee ajaa joko interaktiivisessa istunnossa tai eräajona.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Lisätietoja Cutadaptista löytyy Cutadaptin kotisivulta.