Cutadapt

Cutadapt etsii ja poistaa adapterisekvenssejä, alukkeita, poly-A-häntiä ja muun tyyppisiä ei-toivottuja sekvenssejä suuritehoisen sekvensoinnin luvuistasi.

• Cutadapt
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä

Saatavuus

• Roihu-CPU: 5.1.0

Käyttö

Roihussa Cutadapt otetaan käyttöön lataamalla moduuli:

module load cutadapt

Voit tarkistaa saatavilla olevat versiot komennolla:

module spider cutadapt

Voit ladata tietyn version komennolla:

module load cutadapt/5.1.0

Perussyntaksi on:

cutadapt --help

Cutadaptia tulee ajaa joko interaktiivisessa istunnossa tai eräajona.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• Cutadaptin kotisivu.

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.