Bracken

Bracken (Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN) on tilastollinen menetelmä, joka laskee lajien runsauden metagenomiikkanäytteen DNA-sekvensseissä. Se käyttää Kraken 2:n tekemiä taksonomisia luokituksia laji- (tai muun tason) runsauksien arviointiin.

Bracken

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 2.8, 2.9, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Bracken on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Bracken-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load bracken/2.9

Tietokannat

Bracken toimii Kraken 2 -tietokannan kanssa, joka lisäksi tarvitsee siitä bracken-build-komennolla rakennetut Brackenin k-mer-jakaumatiedostot (database<read length>mers.kmer_distrib). Roihun valmiiksi rakennetut Kraken 2 -tietokannat sisältävät nämä tiedostot lukupituuksille 50, 75, 100, 150, 200, 250 ja 300:

k2_pluspf_20260226
k2_NCBI_reference_20251007

Bracken-moduuli lataa myös Kraken 2:n, joka asettaa KRAKEN2_DB_PATH-muuttujan tietokantahakemistoon (/dataset/project_2020345/kraken2). Toisin kuin kraken2, Bracken ei hae tietokantoja nimen perusteella, joten anna polku valitsimella -d, esimerkiksi -d $KRAKEN2_DB_PATH/k2_pluspf_20260226. Käytä samaa tietokantaa, jota käytit Kraken 2 -luokittelussa, ja lukupituutta (-r), jolle on vastaava kmer_distrib-tiedosto. Omalle Kraken 2 -tietokannallesi rakenna Bracken-tiedostot bracken-build-komennolla kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon).

Brackenin ajaminen

Kun olet luokitellut lukemat Kraken 2:lla ja kirjoittanut raportin valitsimella --report sample.kreport (katso Kraken 2:n eräajoesimerkki), arvioi runsaudet annetulla taksonomisella tasolla (esimerkiksi laji, -l S) komennolla:

bracken -d $KRAKEN2_DB_PATH/k2_pluspf_20260226 -i sample.kreport -o sample.bracken -r 150 -l S

missä -r on lukupituus ja -d osoittaa Kraken 2 / Bracken -tietokantaan.

Esimerkkieräajoskripti

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bracken
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G

module load bio-apps/v202603
module load bracken/2.9

bracken -d $KRAKEN2_DB_PATH/k2_pluspf_20260226 -i sample.kreport -o sample.bracken -r 150 -l S

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajotehtävän skriptin luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki