Bracken
Bracken (Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN) on tilastollinen menetelmä, joka laskee lajien runsauden metagenomiikkanäytteen DNA-sekvensseissä. Se käyttää Kraken 2:n tekemiä taksonomisia luokituksia laji- (tai muiden tasojen) runsauksien arviointiin.
Lisenssi
Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 2.8, 2.9,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
Bracken on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Bracken-moduuli:
Tietokannat
Bracken toimii Kraken 2 -tietokannan kanssa, ja lisäksi siitä täytyy rakentaa
Bracken-tietokanta (komennolla bracken-build). Näitä viitetietokantoja ei toimiteta
moduulin mukana.
Jaetut viitetietokannat
CSC suunnittelee tarjoavansa jaettuja viitetietokantoja keskitettyyn sijaintiin Roihussa.
Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Kunnes se on saatavilla, rakenna tai lataa oma
tietokantasi kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon).
Brackenin suorittaminen
Kun olet luokitellut lukemat Kraken 2:lla, arvioi runsaudet halutulla taksonomisella tasolla
(esimerkiksi laji, -l S) komennolla:
missä -r on lukeman pituus ja -d osoittaa Kraken 2 / Bracken -tietokantaan.
Esimerkki eräajokomentosarjasta
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bracken
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G
module load bio-apps/v202603
module load bracken/2.9
bracken -d /scratch/<project>/kraken_db -i sample.kreport -o sample.bracken -r 150 -l S
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.