Bracken
Bracken (Bayesian Reestimation of Abundance with KrakEN) on tilastollinen menetelmä, joka laskee lajien runsauden metagenomiikkanäytteen DNA-sekvensseistä. Se käyttää Kraken 2:n tekemiä taksonomisia luokituksia arvioidakseen lajien (tai muun tason) runsauksia.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 2.9,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
Bracken on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Bracken-moduuli:
Tietokannat
Bracken toimii Kraken 2 -tietokannan kanssa, ja lisäksi tarvitaan siitä
rakennettu Bracken-tietokanta (komennolla bracken-build). Näitä viitetietokantoja ei
toimiteta moduulin mukana.
Jaetut viitetietokannat
CSC suunnittelee tarjoavansa jaettuja viitetietokantoja keskitetystä sijainnista Roihussa.
Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Kunnes se on saatavilla, rakenna tai lataa oma
tietokantasi kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon).
Brackenin ajaminen
Kun olet luokitellut lukemat Kraken 2:lla, arvioi runsaudet annetulla taksonomisella tasolla
(esimerkiksi laji, -l S) komennolla:
missä -r on lukeman pituus ja -d osoittaa Kraken 2 / Bracken -tietokantaan.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bracken
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G
module load bio-apps/v202603
module load bracken/2.9
bracken -d /scratch/<project>/kraken_db -i sample.kreport -o sample.bracken -r 150 -l S
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihuun.