AdmixTools
AdmixTools on paketti populaatiohistorian ja sekoittumisen päättelyyn koko genomin alleelifrekvenssidatasta f-statistiikoiden avulla. Se tarjoaa joukon komentoriviohjelmia, mukaan lukien qpDstat (D-statistiikat), qp3Pop (f3-statistiikat), qpAdm ja qpGraph (sekoittumismallinnus), qpF4ratio (sekoittumisosuudet) sekä convertf (tiedostomuodon muunnos).
Lisenssi
AdmixToolsia saa kopioida vapaasti ei-kaupallisiin tarkoituksiin, kunhan alkuperäinen tekijänoikeusilmoitus säilytetään. Katso lisenssiehdot AdmixToolsin README-tiedostosta.
Saatavuus
- Roihu: 8.0.2,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
AdmixTools on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten AdmixTools-moduuli:
AdmixToolsin ohjelmia ohjataan parametritiedostolla, jossa luetellaan syötetiedostot ja valinnat. Esimerkiksi D-statistiikka-analyysi suoritetaan komennolla:
Katso AdmixToolsin dokumentaatiosta kunkin ohjelman parametritiedoston muoto ja valinnat.
Pidemmät analyysit kannattaa ajaa eräajotöinä. Alla on yksinkertainen esimerkki eräajotyön komentosarjasta:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=admixtools
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G
module load bio-apps/v202603
module load admixtools/8.0.2
qpDstat -p parfile > qpDstat.log
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajotyön komentosarjan luominen Roihulle.