Roary

Roary on nopea itsenäinen pangenomiputki, joka ottaa annotoituja kokoonpanoja GFF3-muodossa (tuottanut esim. Prokka) ja laskee pangenomin.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Roary on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Roary-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load roary/3.13.0

Tämän jälkeen voit käynnistää Roaryn komennolla roary. Esimerkiksi:

roary -f ./demo -e -n -v ./gff/*.gff

Suorita Roary interaktiivisessa istunnossa tai eräajona, älä kirjautumissolmulla. Interaktiivinen istunto voidaan käynnistää komennolla:

sinteractive -i

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.