Hyppää sisältöön

A new version of SD Connect and SD Desktop will be available from Monday, September 28. The major upgrade will introduce significant improvements, but also includes changes that are not compatible with the current version of the service. Click here to review the available support materials.

Warning!

Puhti and Mahti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti and Mahti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Roary

Roary on nopea itsenäinen pan-genomiputki, joka ottaa syötteeksi annotoidut kokoonpanot GFF3-muodossa (tuotettu esimerkiksi Prokkalla) ja laskee pan-genomin.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

  • Roihu: 3.13.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Roary tulee suorittaa eräajona. Interaktiivinen eräajo Roaryn suorittamiseen voidaan käynnistää komennolla:

sinteractive -i

Roary on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Roary-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load roary/3.13.0

Tämän jälkeen voit käynnistää Roaryn komennolla roary. Esimerkiksi:

roary -f ./demo -e -n -v ./gff/*.gff

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.