Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti will be decommissioned after Roihu becomes available. Users should clean up unnecessary files and move any required data by the end of August 2026. See the Roihu data preparation instructions for details.

Puhti scratch is very full: keep only active data there and move or delete everything else. No new Puhti scratch quota will be granted.

Roary

Roary on nopea itsenäinen pan-genomiputki, joka ottaa syötteeksi GFF3-muotoisia annotoituja kokoonpanoja (tuotettu esimerkiksi Prokkalla) ja laskee pan-genomin.

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

  • Puhdissa: 3.13.0

Käyttö

Puhdissa Roarya tulee ajaa eräajona. Interaktiivinen eräajo Roaryn suorittamiseen voidaan käynnistää komennolla:

sinteractive -i

Roaryn käyttöä varten lataa moduuli komennolla:

module load roary

Tämän jälkeen voit käynnistää Roaryn komennolla roary. Esimerkiksi:

roary -f ./demo -e -n -v ./gff/*.gff

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.