Roary

Roary on nopea itsenäinen pangenomiputki, joka ottaa annotoituja kokoonpanoja GFF3-muodossa (tuottanut esim. Prokka) ja laskee pangenomin.

• Roary
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

• Roihu-CPU: 3.13.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Roary on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Roary-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load roary/3.13.0

Tämän jälkeen voit käynnistää Roaryn komennolla roary. Esimerkiksi:

roary -f ./demo -e -n -v ./gff/*.gff

Suorita Roary interaktiivisessa istunnossa tai eräajona, älä kirjautumissolmulla. Interaktiivinen istunto voidaan käynnistää komennolla:

sinteractive -i

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• Roaryn kotisivu

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .