Roary

Roary on nopea itsenäinen pan-genomiputki, joka ottaa syötteeksi GFF3-muotoisia annotoituja kokoonpanoja (tuotettu esimerkiksi Prokkalla) ja laskee pan-genomin.

• Roary
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

• Puhdissa: 3.13.0

Käyttö

Puhdissa Roarya tulee ajaa eräajona. Interaktiivinen eräajo Roaryn suorittamiseen voidaan käynnistää komennolla:

sinteractive -i 

Roaryn käyttöä varten lataa moduuli komennolla:

module load roary

Tämän jälkeen voit käynnistää Roaryn komennolla roary. Esimerkiksi:

roary -f ./demo -e -n -v ./gff/*.gff

Lisätietoja

• Roaryn kotisivu

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.