Hyppää sisältöön

Welcome to our weekly research support coffee hour on Zoom! Click here for more information.

Warning!

Puhti scratch disk is becoming very full (80+ % ) resulting in performance degradation. Everybody is advised to only keep actively processed data on scratch, all other data should be deleted, transferred to host institute or stored in Lumi-O. No new quota will be granted. Click here for a tool for examining your disk usage.

Suorituskykyiset kirjastot

Useita suorituskykyisiä kirjastoja tiheään lineaarialgebraan, nopeisiin Fourier-muunnoksiin jne. on saatavilla moduulijärjestelmän kautta. Monet kirjastot ovat tarjolla sekä yksisäikeisinä että monisäikeisinä versioina, ja monisäikeiset moduulit on merkitty moduuliversiossa tunnisteella omp. Puhtaasti MPI-sovelluksille ja sovelluksille, jotka kutsuvat kirjastoja useista säikeistä, suositellaan yksisäikeisen kirjaston käyttöä.

Kirjastojen saatavuus voi riippua ladatusta kääntäjäkokonaisuudesta ja MPI-ympäristöstä; käytä komentoa module avail selvittääksesi saatavilla olevat kirjastot. Katso kyseisen kirjaston dokumentaatiosta ohjeet siihen, miten ohjelma käännetään kyseistä kirjastoa vasten. Huomaa, että useimmat moduulit asettavat ympäristömuuttujat LIBRARY_PATH ja LD_LIBRARY_PATH, joten linkkerilippu -llibrary on usein riittävä. Useimmat moduulit asettavat myös ympäristömuuttujan <library>_INSTALL_ROOT, jota voidaan hyödyntää omissa käännöskomentoskripteissä. Esimerkiksi fftw-kirjastoa voidaan käyttää seuraavasti:

module load fftw
<compiler_command> -o myprog myprog.o -lfftw3

ja hakemisto, joka sisältää alihakemistot include, lib jne., löytyy ympäristömuuttujasta FFTW_INSTALL_ROOT.

Kirjastot Puhdissa

Valikoituja Puhdissa saatavilla olevia kirjastoja:

  • Tiheä lineaarialgebra: intel-oneapi-mkl
  • Hajautettu tiheä lineaarialgebra: intel-oneapi-mkl, netlib-scalapack
  • Nopeat Fourier-muunnokset: fftw

Kirjastot Mahdissa

Valikoituja Mahdissa saatavilla olevia kirjastoja:

  • Tiheä lineaarialgebra: openblas, amdblis, amdlibflame
  • Hajautettu tiheä lineaarialgebra: netlib-scalapack, amdscalapack
  • Nopeat Fourier-muunnokset: fftw

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta