Trimmomatic

Trimmomatic suorittaa monenlaisia hyödyllisiä trimmaustehtäviä Illumina-paripääte- ja yksittäislukudatalle.

Trimmomatic
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Lisenssi EI koske ohjelmiston sisältämien Illumina-sekvenssien sekvenssejä. ILLUMINA-sekvenssit (adapterit) jne. OVAT EDELLEEN tekijänoikeuden alaisia ja Illuminan omistamia, ja niitä käytetään Trimmomaticissa luvalla.

Saatavuus

Roihu-CPU: 0.39, bio-apps-moduulin kautta.
Chipster -graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Trimmomatic on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Trimmomatic-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load trimmomatic/0.39

Trimmomatic voidaan käynnistää komennolla:

trimmomatic

Jos sinun täytyy säätää Java-asetuksia, kuten keon enimmäiskokoa, aseta _JAVA_OPTIONS-ympäristömuuttuja, jonka Java-ajoympäristö poimii automaattisesti:

export _JAVA_OPTIONS="-Xmx8g"

Trimmomaticin mukana toimitetaan joukko vakioituja Illumina-adapteritiedostoja. Moduuli asettaa $TRIMMOMATIC_INSTROOT-ympäristömuuttujan, joka osoittaa asennukseen, ja mukana toimitetut adapteritiedostot sijaitsevat polussa $TRIMMOMATIC_INSTROOT/share/adapters. Anna tarvitsemasi adapteritiedoston polku ILLUMINACLIP-vaiheessa, esimerkiksi:

ILLUMINACLIP:$TRIMMOMATIC_INSTROOT/share/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10

Trimmomatic-ajot tulee suorittaa joko interaktiivisessa istunnossa tai eräajona.

Esimerkkieräajokomentosarja:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=trimmomatic
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=8000

module load bio-apps/v202603
module load trimmomatic/0.39

trimmomatic PE -threads $SLURM_CPUS_PER_TASK -phred33 \
forward.fq.gz reverse.fq.gz \
out_fw_paired.fq.gz out_fw_unpaired.fq.gz out_rev_paired.fq.gz out_rev_unpaired.fq.gz \
ILLUMINACLIP:$TRIMMOMATIC_INSTROOT/share/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
LEADING:3 \
TRAILING:3 \
SLIDINGWINDOW:4:15 \
MINLEN:36

Eräajo voidaan käynnistää komennolla:

sbatch trimmomatic_script

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Trimmomaticin kotisivu