Trimmomatic
Trimmomatic suorittaa monenlaisia hyödyllisiä trimmaustehtäviä Illumina-paripääte- ja yksittäislukudatalle.
Lisenssi
- Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
- Lisenssi EI koske ohjelmiston sisältämien Illumina-sekvenssien sekvenssejä. ILLUMINA-sekvenssit (adapterit) jne. OVAT EDELLEEN tekijänoikeuden alaisia ja Illuminan omistamia, ja niitä käytetään Trimmomaticissa luvalla.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 0.39,
bio-apps-moduulin kautta. - Chipster -graafinen käyttöliittymä
Käyttö
Trimmomatic on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Trimmomatic-moduuli:
Trimmomatic voidaan käynnistää komennolla:
Jos sinun täytyy säätää Java-asetuksia, kuten keon enimmäiskokoa, aseta
_JAVA_OPTIONS-ympäristömuuttuja, jonka Java-ajoympäristö poimii automaattisesti:
Trimmomaticin mukana toimitetaan joukko vakioituja Illumina-adapteritiedostoja. Moduuli asettaa
$TRIMMOMATIC_INSTROOT-ympäristömuuttujan, joka osoittaa asennukseen, ja
mukana toimitetut adapteritiedostot sijaitsevat polussa $TRIMMOMATIC_INSTROOT/share/adapters.
Anna tarvitsemasi adapteritiedoston polku ILLUMINACLIP-vaiheessa, esimerkiksi:
Trimmomatic-ajot tulee suorittaa joko interaktiivisessa istunnossa tai eräajona.
Esimerkkieräajokomentosarja:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=trimmomatic
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=8000
module load bio-apps/v202603
module load trimmomatic/0.39
trimmomatic PE -threads $SLURM_CPUS_PER_TASK -phred33 \
forward.fq.gz reverse.fq.gz \
out_fw_paired.fq.gz out_fw_unpaired.fq.gz out_rev_paired.fq.gz out_rev_unpaired.fq.gz \
ILLUMINACLIP:$TRIMMOMATIC_INSTROOT/share/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
LEADING:3 \
TRAILING:3 \
SLIDINGWINDOW:4:15 \
MINLEN:36
Eräajo voidaan käynnistää komennolla: