Trimmomatic

Trimmomatic suorittaa erilaisia hyödyllisiä trimmaustehtäviä Illumina-paripääte- ja yksittäislukudatalle.

Trimmomatic

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Lisenssi EI koske ohjelmiston sisältämiä Illumina-sekvenssien sekvenssejä. ILLUMINA-sekvenssit (adapterit) jne. OVAT EDELLEEN tekijänoikeuden alaisia ja Illuminan omistamia, ja niitä käytetään Trimmomaticissa luvalla.

Saatavuus

Puhti: 0.39
Chipster graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Trimmomatic sisältyy biokit-moduuliin:

module load biokit

Sen voi myös ladata erikseen:

module load trimmomatic

Trimmomaticin voi käynnistää komennolla:

trimmomatic

Jos sinun täytyy säätää Java-asetuksia, voit käyttää muuttujaa $TMJAR

java <java options> -jar $TMJAR <trimmomatic options>

ILLUMINACLIP-toiminnon mukana tulevia adapterisekvenssejä voi käyttää määrittämällä $ADAPTERS, esimerkiksi:

ILLUMINACLIP:$ADAPTERS/TruSeq3-PE.fa:2:30:10

Trimmomatic-ajot tulee suorittaa joko interaktiivisessa istunnossa tai eräajona.

Esimerkki eräajon komentosarjasta:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=trimmomatic
#SBATCH --account=project_12345 # Substitute your project name
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=8000

trimmomatic PE -threads $SLURM_CPUS_PER_TASK -phred64 \
forward.fq.gz reverse.fq.gz \
out_fw_paired.fq.gz out_fw_unpaired.fq.gz out_rev_paired.fq.gz out_rev_unpaired.fq.gz \
ILLUMINACLIP:$ADAPTERS/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
LEADING:3 \
TRAILING:3 \
SLIDINGWINDOW:4:15 \
MINLEN:36

Eräajon voi käynnistää komennolla:

sbatch trimmomatic_script

Lisätietoja

Trimmomaticin kotisivu