AMS-GUI

AMS sisältää integroidun graafisen käyttöliittymän (GUI), jonka avulla mallinnustehtävien määrittäminen, suorittaminen ja analysointi on helppoa. Voit testata käyttöliittymää supertietokoneiden selainkäyttöliittymien kautta, mutta laajempaan käyttöön suosittelemme GUI:n asentamista omalle kannettavalle tietokoneellesi tai työasemallesi.

Lisenssi

Katso AMS:n lisenssiosio.

Käyttö

Käytä selaimen kautta

Roihu-CPUPuhti

Siirry Roihun selainkäyttöliittymään verkkoselaimella ja kirjaudu sisään CSC-käyttäjätunnuksellasi.

Käynnistä siellä Desktop. Pyydä käynnistyksen yhteydessä Desktop-istunnollesi muutama CPU-ydin (esim. 4), jos aiot ajaa lyhyitä töitä suoraan GUI:sta — tämä tekee myös 3D-näkymästä huomattavasti sulavamman.
Avaa Terminal ja siirry sopivaan työhakemistoon.
Lataa AMS-moduuli module load ams/2026.104.
Käynnistä syötteenrakennustyökalu amsinput. Käynnistyminen voi kestää jonkin aikaa, joten ole kärsivällinen.

Huom.

Käynnistyksen yhteydessä tulostuva viesti Slurm setup failed: SLURM_TASKS_PER_NODE is not set on harmiton ja sen voi jättää huomiotta.
Rakenna työsi ja tallenna se (File-> Run).

Lyhyet työt voidaan käynnistää suoraan GUI:sta (File-> Run), mutta pidemmät työt tulee lähettää eräajojonoon. Kaikki tallennetut työt, sekä lasketut että laskemattomat, löytyvät GUI:ssa kohdasta SCM-> Jobs. Ennen kuin lähetät työn eräajojonoon, sinun täytyy määrittää sille tarvittavat resurssit (aika, muisti, ytimien määrä jne.).

Valitse kohdassa SCM-> Jobs Queue -> New -> SLURM
Queue Name: My_testqueue. Voit tallentaa jonoja eri nimillä eri resurssipyyntöjä varten
Remote host:. Jätä tyhjäksi
Remote user:. Jätä tyhjäksi
Remote job directory:. Jätä tyhjäksi
Run command: sbatch --partition=test --ntasks=8 --mem-per-cpu=1500M --account=<yourproject> --time=00:15:00 "$job" Korvaa <yourproject> oikealla projektin nimellä. Voit käyttää samoja komentorivivalintoja kuin AMS:n eräajoskriptiesimerkeissä. Huomaa, että Roihussa muistia pyydetään ytimien määrästä riippumatta, esimerkiksi valinnalla --mem-per-cpu.
Use Local Batch: yes
Prolog command: export SCM_TMPDIR=/scratch/<yourproject>; source /appl/soft/manual/chem/x86_64/AMS/ams2026.104/ams_csc.bash Tämä alustaa AMS-ympäristön. Aseta SCM_TMPDIR siihen scratch-hakemistoon, jota haluat käyttää; jos kuulut useaan projektiin, valitse sopiva /scratch/project_XXXXXXX.

Valitse lähetettävä työ (SCM-> Jobs), käytettävä jono (Queue) ja lähetä työ komennolla Job-> Run.

Warning

Puhti poistuu käytöstä vaiheittain vuoden 2026 aikana. Uusi työ kannattaa aloittaa Roihussa.

Siirry osoitteeseen puhti.csc.fi verkkoselaimella ja kirjaudu sisään CSC-käyttäjätunnuksellasi.

Käynnistä siellä Desktop.
Avaa Terminal ja siirry sopivaan työhakemistoon.
Lataa AMS-moduuli module load ams/2025.105.
Käynnistä syötteenrakennustyökalu amsinput. Käynnistyminen voi kestää jonkin aikaa, joten ole kärsivällinen.
Rakenna työsi ja tallenna se (File-> Save As ...).

Lyhyet työt voidaan käynnistää suoraan GUI:sta (File-> Run), mutta pidemmät työt tulee lähettää eräajojonoon. Kaikki tallennetut työt, sekä lasketut että laskemattomat, löytyvät GUI:ssa kohdasta SCM-> Jobs. Ennen kuin lähetät työn eräajojonoon, sinun täytyy määrittää sille tarvittavat resurssit (aika, muisti, ytimien määrä jne.).

Valitse kohdassa SCM-> Jobs Queue -> New -> SLURM
Queue Name: My_testqueue. Voit tallentaa jonoja eri nimillä eri resurssipyyntöjä varten
Remote host:. Jätä tyhjäksi
Remote user:. Jätä tyhjäksi
Remote job directory:. Jätä tyhjäksi
Run command: sbatch --partition=test --nodes=1 --ntasks-per-node=40 --account=<yourproject> --time=00:10:00 "$job" Korvaa <yourproject> oikealla projektin nimellä. Voit käyttää samoja komentorivivalintoja kuin tavallisessa eräajotyöskriptissä.
Use Local Batch: yes
Prolog command: source /appl/profile/zz-csc-env.sh; module load ams/2025.105; export SCM_TMPDIR=$PWD; export FORT_TMPDIR=$SCM_TMPDIR Tämä alustaa AMS-ympäristön.

Valitse lähetettävä työ (SCM-> Jobs), käytettävä jono (Queue) ja lähetä työ komennolla Job-> Run.

Asenna oma GUI

CSC:n hankkima AMS-lisenssi sallii CSC:n akateemisten asiakkaiden asentaa AMS-GUI:n omalle tietokoneelleen. Näin käyttäjä voi kätevästi rakentaa ja määrittää laskentamallin. Kun malli on valmis, varsinainen laskentatehtävä lähetetään CSC:n palvelimille ja suoritetaan siellä. Tulokset voidaan sitten noutaa ja analysoida paikallisella tietokoneella. Huomaa, että paikallisen asennuksen lisenssi kattaa vain AMS-GUI:n, ja se on voimassa vain akateemiseen käyttöön (ei viranomais- tai kaupalliseen tutkimukseen).

1. Pyydä tunnukset

Pyydä tunnukset AMS-GUI:n lataamista varten CSC:n asiakastuesta. Lisää aihekenttään tunniste AMS-GUI. Huomaa, että lisenssi kattaa vain akateemisen käytön CSC:llä (ei viranomais- tai kaupallista tutkimusta). Tunnukset nollataan 6 kuukauden välein.

2. Lataa

Hae koneellesi sopiva binääri SCM:n verkkosivustolta käyttäen:

SCM User ID: <the User ID you got from servicedesk@csc.fi>
Password: <the password you got from servicedesk@csc.fi>

Lataus alkaa ilman käyttäjätunnuksen ja salasanan syöttämistä Macin Safari-käyttäjillä.

3. Asenna

a. Windows: suorita exe järjestelmänvalvojan oikeuksilla ja hyväksy kaikki oletusasetukset.
b. Mac: avaa dmg ja vedä AMS2026.xxx-kohde Applications-hakemistoon.
c. Linux: pura tgz ja source-komennolla lataa amsbashrc.sh AMS:n asennushakemistossa.

Tarkempia tietoja on AMS:n asennusoppaassa.

4. Käynnistä

a. Windows: kaksoisnapsauta AMSjobs-pikakuvaketta
b. Mac: suorita AMS2026.xxx-sovellus
c. Linux: määritä ympäristösi (source $HOME/ams2026.xxx/amsbashrc.sh), suorita amsjobs

Kun käynnistät AMS:n ensimmäisen kerran, sinulta pyydetään käyttäjätunnus, salasana ja sähköpostiosoite. Lisenssi pitäisi hakeutua automaattisesti internetistä.

5. Hallitse eräajotöitä

Jotta voit hallita etätöitä, sinun täytyy määrittää SSH-yhteys työasemasi ja supertietokoneen välille, katso SSH-avainten käyttöönotto.

Roihu vaatii SSH-varmenteet

Jotta voit muodostaa SSH-yhteyden Roihuun, sinun täytyy allekirjoittaa julkinen avaimesi MyCSC:ssä saadaksesi aikaperusteisen SSH-varmenteen. Kukin varmenne on voimassa 24 tuntia, minkä jälkeen se täytyy uusia. Tavalliset julkiset avaimet tiedostossa ~/.ssh/authorized_keys eivät toimi Roihussa, joten etätöiden hallinta AMS-GUI:sta toimii vain niin kauan kuin varmenteesi on voimassa.

Kaikki tallennetut työt, sekä lasketut että laskemattomat, löytyvät GUI:sta kohdasta SCM-> Jobs. Ennen kuin lähetät työn eräajojonoon, sinun täytyy määrittää sille tarvittavat resurssit (aika, muisti, ytimien määrä jne.).

Roihu-CPUPuhti

Valitse Queue -> New -> SLURM
Queue Name: My_testqueue. Voit tallentaa jonoja eri nimillä eri resurssipyyntöjä varten
Remote host: roihu-cpu.csc.fi.
Remote user: <your CSC username>
Remote job directory: /scratch/<yourproject>
Run command: sbatch --partition=test --ntasks=8 --mem-per-cpu=1500M --account=<yourproject> --time=00:15:00 "$job" Korvaa <yourproject> oikealla projektin nimellä. Voit käyttää samoja komentorivivalintoja kuin AMS:n eräajoskriptiesimerkeissä.
Use Local Batch: no
Prolog command: export SCM_TMPDIR=/scratch/<yourproject>; source /appl/soft/manual/chem/x86_64/AMS/ams2026.104/ams_csc.bash

Valitse Queue -> New -> SLURM
Queue Name: My_testqueue. Voit tallentaa jonoja eri nimillä eri resurssipyyntöjä varten
Remote host: puhti.csc.fi.
Remote user: <your CSC username>
Remote job directory: /scratch/<yourproject>
Run command: sbatch --partition=test --nodes=1 --ntasks-per-node=40 --account=<yourproject> --time=00:10:00 "$job" Korvaa <yourproject> oikealla projektin nimellä. Voit käyttää samoja komentorivivalintoja kuin tavallisessa eräajotyöskriptissä.
Use Local Batch: no
Prolog command: source /appl/profile/zz-csc-env.sh;source /appl/soft/chem/AMS/ams2025.105/ams_csc.bash;export SCM_TMPDIR=/scratch/<yourproject>; export FORT_TMPDIR=$SCM_TMPDIR