MetaBAT

MetaBAT on työkalu metagenomisten kontigien tarkkaan ja tehokkaaseen binnaamiseen genomibineihin (metagenomista kootut genomit) tetranukleotidifrekvenssien ja kontigien runsauden avulla. Roihussa se on tarjolla nimellä MetaBAT2.

MetaBAT

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Katso MetaBAT-lisenssi.

Saatavuus

Roihu: 2.15, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MetaBAT on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MetaBAT-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load metabat/2.15

MetaBAT2 käyttää kokoonpanoa ja kontigikohtaista syvyystiedostoa (joka lasketaan BAM-kohdistuksista komennolla jgi_summarize_bam_contig_depths):

jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth depth.txt aln.sorted.bam
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin -t 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=metabat2
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load metabat/2.15

metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin -t $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihuun.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

MetaBAT-repositorio