MetaBAT
MetaBAT on työkalu metagenomisten kontigien tarkkaan ja tehokkaaseen binnaamiseen genomibineihin (metagenomikootut genomit) tetranukleotiditaajuuksien ja kontigien runsauden avulla. Roihussa se on saatavilla nimellä MetaBAT2.
Lisenssi
Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Katso MetaBAT-lisenssi.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 2.15,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
MetaBAT kuuluu Roihun bio-apps -kokoelmaan. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MetaBAT-moduuli:
MetaBAT2 käyttää syötteenä kokoonpanoa ja kontigikohtaista syvyystiedostoa (joka lasketaan BAM-kohdistuksista komennolla jgi_summarize_bam_contig_depths):
jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth depth.txt aln.sorted.bam
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin -t 8
Jos haluat yhdistää MetaBAT2:n binnit muiden binnaustyökalujen tuottamiin binteihin, käytä työkalua MAGScoT.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=metabat2
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G
module load bio-apps/v202603
module load metabat/2.15
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin -t $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.