MetaBAT
MetaBAT on työkalu metagenomisten kontigien tarkkaan ja tehokkaaseen binnaamiseen genomibineihin (metagenomista kootut genomit) tetranukleotidifrekvenssien ja kontigien runsauden avulla. Roihussa se on tarjolla nimellä MetaBAT2.
Lisenssi
Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Katso MetaBAT-lisenssi.
Saatavuus
- Roihu: 2.15,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
MetaBAT on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MetaBAT-moduuli:
MetaBAT2 käyttää kokoonpanoa ja kontigikohtaista syvyystiedostoa (joka lasketaan BAM-kohdistuksista komennolla jgi_summarize_bam_contig_depths):
jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth depth.txt aln.sorted.bam
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin -t 8
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=metabat2
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G
module load bio-apps/v202603
module load metabat/2.15
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin -t $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihuun.