bwa-mem2

bwa-mem2 on BWA:n bwa mem -algoritmin seuraava versio. Se tuottaa bwa memin kanssa identtiset kohdistukset, mutta toimii nopeammin suuremman indeksin kustannuksella. Sitä käytetään lyhyiden lukujen kohdistamiseen suurta viitegenomia vasten.

bwa-mem2

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssin alaisuudessa.

Saatavuus

Roihu: 2.3, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

bwa-mem2 on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten bwa-mem2-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load bwa-mem2/2.3

Indeksoi ensin viitegenomi (tämä vaatii enemmän muistia ja levytilaa kuin BWA):

bwa-mem2 index reference.fa

Kohdista sitten luvut:

bwa-mem2 mem -t 8 reference.fa read1.fq read2.fq > aln.sam

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bwa-mem2
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=8G

module load bio-apps/v202603
module load bwa-mem2/2.3

bwa-mem2 mem -t $SLURM_CPUS_PER_TASK reference.fa read1.fq read2.fq > aln.sam

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

bwa-mem2 GitHub-repositorio