MUSCLE

MUSCLE on laajasti käytetty ohjelma proteiini- ja nukleotidisekvenssien usean sekvenssin kohdistusten tekemiseen. Tämä on MUSCLE-versio 3; nykyinen pääversio löytyy sivulta MUSCLE5.

• MUSCLE
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

MUSCLE on vapaasti käytettävissä ja public domain -ohjelmisto. Katso MUSCLEn kotisivu.

Saatavuus

• Roihu: 3.8.31, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MUSCLE on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MUSCLE-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load muscle/3.8.31

Kohdista sekvenssit FASTA-tiedostosta:

muscle -in sequences.fasta -out aligned.fasta

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=muscle
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G

module load bio-apps/v202603
module load muscle/3.8.31

muscle -in sequences.fasta -out aligned.fasta

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• MUSCLEn kotisivu

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .