MUSCLE
MUSCLE on laajasti käytetty ohjelma proteiini- ja nukleotidisekvenssien usean sekvenssin kohdistusten tekemiseen. Tämä on MUSCLE-versio 3; nykyinen pääversio löytyy sivulta MUSCLE5.
Lisenssi
MUSCLE on vapaasti käytettävissä ja public domain -ohjelmisto. Katso MUSCLEn kotisivu.
Saatavuus
- Roihu: 3.8.31,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
MUSCLE on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MUSCLE-moduuli:
Kohdista sekvenssit FASTA-tiedostosta:
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=muscle
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G
module load bio-apps/v202603
module load muscle/3.8.31
muscle -in sequences.fasta -out aligned.fasta
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.