antiSMASH

antiSMASH (antibiotics and Secondary Metabolite Analysis Shell) suorittaa bakteeri- ja sienigenomien sekundaarimetaboliittien biosynteesigeeniklustereiden genominlaajuisen tunnistuksen, annotoinnin ja analyysin.

antiSMASH

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU AGPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 8.0.4, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

antiSMASH on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten antiSMASH-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load antismash/8.0.4

Tietokannat

antiSMASH vaatii viitetietokantoja, jotka eivät sisälly moduuliin.

Jaetut viitetietokannat

CSC suunnittelee tarjoavansa jaetut viitetietokannat keskitetystä sijainnista Roihussa. Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Kunnes se on saatavilla, lataa oma kopiosi alla esitetyllä tavalla.

Lataa tietokannat kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon) komennolla download-antismash-databases ja ohjaa antiSMASH käyttämään niitä --databases-valinnalla:

download-antismash-databases --database-dir /scratch/<project>/antismash_db

antiSMASHin ajaminen

antiSMASH käyttää syötteenä annotoitua genomia (GenBank/EMBL) tai FASTA-sekvenssiä. Se voi hyödyntää useita CPU-ytimiä --cpus-valinnalla. Ajot tulee lähettää eräajoina:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=antismash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load antismash/8.0.4

antismash --cpus $SLURM_CPUS_PER_TASK \
    --databases /scratch/<project>/antismash_db \
    --output-dir results \
    genome.gbk

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234) ja käytä samaa projektia tietokantapolussa.

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki