antiSMASH

antiSMASH (antibiotics and Secondary Metabolite Analysis Shell) suorittaa bakteeri- ja sienigenomien sekundaarimetaboliittien biosynteesigeeniklustereiden koko genomin laajuisen tunnistuksen, annotoinnin ja analyysin.

antiSMASH

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU AGPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 8.0.4, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

antiSMASH on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten antiSMASH-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load antismash/8.0.4

Tietokannat

antiSMASH tarvitsee viitetietokantoja. CSC tarjoaa ne hakemistossa /dataset/project_2020345/antismash, ja antismash-moduuli asettaa ANTISMASH_DB-ympäristömuuttujan tähän hakemistoon. antiSMASH ei itse lue tätä muuttujaa, joten anna se --databases-valitsimella:

antismash --databases $ANTISMASH_DB --output-dir results genome.gbk

CSC pitää jaetut tietokannat ajan tasalla, joten sinun ei tarvitse suorittaa download-antismash-databases-komentoa itse.

antiSMASHin suorittaminen

antiSMASH ottaa syötteeksi anotetun genomin (GenBank/EMBL) tai FASTA-sekvenssin. Se voi käyttää useita CPU-ytimiä --cpus-valitsimella. Ajot tulee lähettää eräajoina:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=antismash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load antismash/8.0.4

antismash --cpus $SLURM_CPUS_PER_TASK \
    --databases $ANTISMASH_DB \
    --output-dir results \
    genome.gbk

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki