Chipster_genomes
Chipster_genomes on aputyökalu Chipster-ohjelmistossa käytettävien genomi-indeksien lataamiseen Puhtiin. CSC ylläpitää Puhdissa useita lyhyiden lukujen kohdistinohjelmia (esim. BWA, Bowtie2, STAR), mutta ei viitegenomien valmiiksi laskettuja indeksejä. Oletuksena käyttäjien täytyy itse tuoda käyttämänsä viitegenomit ja indeksoida ne.
Chipster-palvelin sisältää kuitenkin indeksit joukolle yleisesti käytettyjä viiteorganismeja useille kohdistinohjelmille.
Chipsterissä käytettävä genomidata ja indeksit perustuvat Ensembl- ja Ensembl Genomes -tietokannoissa saatavilla olevaan dataan. Chipsterissä ovat kuitenkin mukana vain ne sekvenssit (kromosomit), joille on määritetty karyotyyppi. Lisäksi GTF-tiedostoista on poistettu negatiiviset sijaintiarvot.
Siksi Chipster-palvelimelta ladattu data voi joissakin tapauksissa poiketa suoraan Ensemblistä saadusta datasta.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia.
Saatavuus
Saatavilla Puhdissa.
Käyttö
chipster_genomes-työkalu sisältyy biokit-moduuliin, joten jotta se olisi käytettävissä, sinun on ensin suoritettava käyttöönottokomento:
Sen jälkeen voit käyttää chipster_genomes-komentoa. Tämä komento tarvitsee kaksi parametria:
- Tiedosto- tai indeksityyppi (bed, gtf, fasta, bowtie, bowtie2, BWA, Hisat2, TopHat2)
- Lajin nimi
Jos komento käynnistetään ilman argumentteja, se listaa ensin saatavilla olevat datatyypit ja pyytää valitsemaan niistä yhden. Sen jälkeen listataan annetulle datatyypille saatavilla olevat lajit, ja työkalu pyytää käyttäjää valitsemaan niistä yhden.
Datatyypin voi vaihtoehtoisesti antaa ensimmäisenä argumenttina ja lajin nimen toisena argumenttina. Esimerkiksi Danio_rerio.GRCz11:n BWA-indeksit voidaan hakea komennolla:
Huomaa, että koska indeksitiedostot voivat olla melko suuria, data kannattaa yleensä ladata /scratch-levyalueellesi.