TopHat

TopHat on nopea silmukointikohtien kartoittaja RNA-Seq-lukemille. Se kohdistaa RNA-Seq-lukemia nisäkäskokoisiin genomeihin käyttäen erittäin suuren läpimenon lyhyiden lukemien kohdistinta Bowtie'ta ja analysoi sitten kohdistustuloksia tunnistaakseen silmukointikohdat eksonien välillä.

TopHat
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia Boost Software License 1.0 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.1.2, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

TopHat on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten TopHat-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load tophat/2.1.2

TopHat-työt tulee ajaa eräajoina. Alla on esimerkkieräajotiedosto TopHat-työn ajamiseen Roihussa:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=tophat
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=out_%j.txt
#SBATCH --error=err_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=16G

module load bio-apps/v202603
module load tophat/2.1.2

tophat -p $SLURM_CPUS_PER_TASK -o tophat_results Homo.sapiens_bwt2_index reads1.fq reads2.fq

Yllä olevassa eräajoesimerkissä suoritetaan yksi tehtävä (--ntasks=1). Työ käyttää 4 ydintä (--cpus-per-task=4) ja 16 Gt muistia (--mem=16G). Työn enimmäiskesto on 24 tuntia (--time=24:00:00). Vaihda --account vastaamaan oman projektisi nimeä.

Huomaa, että meidän täytyy myös kertoa TopHatille käytettäväksi varaamiemme ytimien määrä. TopHatissa tämä tehdään -p-komentorivivalitsimella. Voimme käyttää järjestelmämuuttujaa $SLURM_CPUS_PER_TASK, jotta se vastaa automaattisesti --cpus-per-task-valitsimella tehtyä varausta. Näin komentoriviä ei tarvitse muuttaa, jos muutamme varausta.

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk