StringTie

StringTie on nopea ja erittäin tehokas RNA-Seq-kohdistusten kokoaja mahdollisiksi transkripteiksi. Sitä voidaan käyttää transkriptien kokoamiseen ja kvantifiointiin joko de novo tai viiteannotaation ohjaamana.

StringTie

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 3.0.3, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

StringTie on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten StringTie-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load stringtie/3.0.3

Kokoa transkriptit lajitellusta BAM-tiedostosta, haluttaessa viiteannotaation ohjaamana:

stringtie aligned.sorted.bam -G annotation.gtf -o assembled.gtf -p 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=stringtie
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load stringtie/3.0.3

stringtie aligned.sorted.bam -G annotation.gtf -o assembled.gtf -p $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

StringTien kotisivu