run_dbcan (dbCAN)

run_dbcan (dbCAN) on itsenäinen työkalu hiilihydraattiaktiivisten entsyymien (CAZyme) automaattiseen annotointiin genomeissa ja metagenomeissa.

run_dbcan (dbCAN)

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 5.2.9 (moduuli py-dbcan), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

run_dbcan on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load py-dbcan/5.2.9

Tietokannat

dbCAN-viitetietokannat eivät sisälly moduuliin.

Jaetut viitetietokannat

CSC suunnittelee tarjoavansa jaetut viitetietokannat keskitetystä sijainnista Roihussa. Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Siihen asti lataa oma kopiosi kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon).

Lataa tietokannat komennolla run_dbcan database (tai dbcan_build) kirjoitettavaan hakemistoon:

run_dbcan database --db_dir /scratch/<project>/dbcan_db

run_dbcanin suorittaminen

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=run_dbcan
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load py-dbcan/5.2.9

run_dbcan CAZyme_annotation --input_raw_data proteins.faa --mode protein \
    --db_dir /scratch/<project>/dbcan_db --output_dir dbcan_out --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajotyöskriptin luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki