run_dbcan (dbCAN)

run_dbcan (dbCAN) on erillinen työkalu hiilihydraattiaktiivisten entsyymien (CAZyme) automaattiseen annotointiin genomeissa ja metagenomeissa.

run_dbcan (dbCAN)

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 5.2.9 (moduuli py-dbcan), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

run_dbcan on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load py-dbcan/5.2.9

Tietokannat

CSC tarjoaa dbCAN-viitetietokannat run_dbcanin versiolle 5.2.9, mukaan lukien CGC- ja PUL-tietokannat, Roihussa. py-dbcan-moduuli asettaa DBCAN_DB-ympäristömuuttujan osoittamaan niiden sijaintiin. Anna se run_dbcanille valitsimella --db_dir $DBCAN_DB, kuten alla olevassa esimerkissä.

run_dbcanin suorittaminen

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=run_dbcan
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load py-dbcan/5.2.9

run_dbcan CAZyme_annotation --input_raw_data proteins.faa --mode protein \
    --db_dir $DBCAN_DB --output_dir dbcan_out --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki