Lazypipe

Lazypipe on itsenäinen putki virusten tunnistamiseen isäntään liittyvistä tai ympäristönäytteistä. Pääpaino on bakteeri- ja virussekvenssien kokoamisessa, taksonomisessa binningissä ja taksonomisessa profiloinnissa.

Lazypipe

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Lazypipe 3.1 on saatavilla Puhdissa.

Käyttö

Kaikki Lazypipe-putken komponentit ovat saatavilla Puhdissa. Lazypipen kotisivulla on yksityiskohtaiset ohjeet oman Lazypipe-ympäristön pystyttämiseen Puhtiin, mutta tätä ei tarvita, jos käytät Lazypipe-moduulia, joka aktivoidaan komennoilla:

module load r-env
module load biokit
module load lazypipe

Nyt Lazypipe käynnistyy komennoilla:

cp /appl/soft/bio/lazypipe/3.1/lazypipe/config.yaml config.yaml
echo tmpdir: \"$(pwd)/tmpdir\" >> config.yaml
echo res: \"$(pwd)/tmpdir\" >> config.yaml
lazypipe.pl -h

Normaalisti lazypipe.pl-komentoa tarvitsee käyttää vain testaamiseen. Varsinaisissa analyysitehtävissä lazypipe-moduuli sisältää sbatch-lazypipe-komennon, jota voit käyttää sen sijaan.

sbatch-lazypipe on aputyökalu, joka luo automaattisesti asetustiedoston ja eräajotiedoston Lazypipe-ajoa varten ja lähettää työn Puhdin eräajojärjestelmään. Komento käyttää samoja komentorivivalintoja kuin lazypipe.pl-komento. Lisäksi sbatch-lazypipe pyytää käyttäjää määrittelemään eräajon resurssit (tili, ajoaika, muisti, ytimien määrä).

Esimerkiksi suorittaaksesi tärkeimmät analyysivaiheet M15-esimerkkiaineistolle (Illumina PE minkin ulosteesta) suorita seuraavat komennot:

cd /scratch/my_project 
module load r-env
module load biokit 
module load lazypipe 

sbatch-lazypipe -1 /appl/soft/bio/lazypipe/3.1/lazypipe/data/samples/M15small_R*.fastq -S M15 -p main --flt Neovison_vison --anns vi.nt -vnorm

Kun sbatch-lazypipe suoritetaan, se kysyy vuorovaikutteisesti tiedot, joita tarvitaan eräajon muodostamiseen. Näihin kuuluvat seuraavat asiat (suluissa olevia oletusarvoja käytetään, jos uutta arvoa ei määritellä):

laskutusprojekti
työn enimmäiskesto (oletus 24 tuntia)
muistivaraus (oletus 32G)
käytettävien laskentaytimien määrä (oletus 8)
sähköposti-ilmoitukset

Tämän jälkeen Lazypipe-tehtäväsi lähetetään eräajojärjestelmään suoritettavaksi.

Lisäkomennot

Lazypipe-moduulille saatavilla olevien viitetietokantojen listaus:

lazypipe.pl --databases

Lazypipe-moduulille saatavilla olevien taustasuodattimien listaus:

lazypipe.pl --filters