Hyppää sisältöön

Welcome to our weekly research support coffee hour on Zoom! Click here for more information.

Warning!

Puhti scratch disk is becoming very full (80+ % ) resulting in performance degradation. Everybody is advised to only keep actively processed data on scratch, all other data should be deleted, transferred to host institute or stored in Lumi-O. No new quota will be granted. Click here for a tool for examining your disk usage.

COSMO-RS

COSMOsuite on kattava työkalupakki fluidifaasin ominaisuuksien mallintamiseen ja ennustamiseen COSMO-RS-mallin avulla. Työkalupakki koostuu komponenteista COSMOtherm, COSMOconf, COSMOplex, COSMObase ja COSMOquick.

COSMOtherm on komentorivi-/tiedosto-ohjattu ohjelma, jota voidaan ajaa suoraan UNIX- tai DOS-komentotulkista. Sen avulla voidaan laskea minkä tahansa liuottimen tai liuotinsekoituksen sekä liuenneen aineen tai liuenneiden aineiden systeemin ominaisuuksia vaihtelevassa lämpötilassa ja paineessa. COSMOtherm käyttää COSMO-RS-teoriasta johdettuja kemiallisia potentiaaleja erilaisten tasapainotermodynaamisten ominaisuuksien tai niistä johdettujen suureiden laskemiseen. COSMOthermissa on komentoriviohjelman graafinen käyttöliittymä. Sen avulla ohjelmaa voidaan käyttää vuorovaikutteisesti, eli valita yhdisteitä, valmistella ominaisuuksien syötteitä, ajaa ohjelma ja tarkastella laskennan tuloksia.

COSMOconf on joustava työkalupakki konformeerien generointiin. COSMOconfia voidaan käyttää yhdessä TURBOMOLE -paketin kanssa COSMO-tiedostojen tuottamiseen olennaisille konformaatioille. Sen avulla voit käyttää ennalta määriteltyjä menettelyjä, jotka on optimoitu COSMO-RS:n kannalta olennaisimpien konformeerien tuottamiseen. COSMOconfia voidaan käyttää graafisen käyttöliittymän kautta tai komentoriviltä.

COSMOplex on työkalu COSMO-RS:ään perustuvien itseorganisoituvien epähomogeenisten systeemien simulointiin. COSMOconfia voidaan käyttää graafisen käyttöliittymän kautta tai komentoriviltä.

Saatavuus

  • Puhdissa: 2024

Lisenssi

  • Voit käyttää ohjelmistoa ainoastaan voittoa tavoittelemattomaan tutkimukseen.
  • Vain akateemisten (eli tutkintoja myöntävien) instituutioiden käyttäjät saavat käyttää ohjelmistoa.

Käyttö

Käytä graafista käyttöliittymää selaimella

Siirry Puhdin selainkäyttöliittymään verkkoselaimella ja kirjaudu sisään CSC-käyttäjätunnuksellasi tai Haka-federaation kautta.

  1. Käynnistä siellä Desktop.
  2. Avaa Terminal ja siirry sopivaan työhakemistoon.
  3. Lataa COSMO-RS-moduuli: module load cosmors/2024.
  4. Lisää käynnistyskuvakkeet työpöydälle komennolla setup_cosmodesktop.sh.
  5. Käynnistä esimerkiksi COSMOtherm kaksoisnapsauttamalla sen työpöytäkuvaketta.

Aja komentoriviltä

Alusta COSMO-RS-ympäristö:

module load cosmors/2024

Dokumentaatio

Uusin dokumentaatio löytyy hakemistosta /appl/soft/chem/cosmors/Documentation/ PDF-tiedostoina.

Vanhempi dokumentaatio verkossa:

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta