NMRLipids

NMRLipids-datapankki on yhteisölähtöinen repositorio, joka sisältää biologisesti merkityksellisten lipidikalvojen atomistisia molekyylidynamiikkasimulaatioita ja jota kuratoidaan NMRlipids-avoimessa yhteistyössä. Tavoitteena on parantaa MD-simulaatiodatan löydettävyyttä, saavutettavuutta, yhteentoimivuutta ja uudelleenkäytettävyyttä (FAIR). NMRlipids-datapankki on toteutettu overlay-datapankkirakenteella, kuten datapankkia käsittelevässä julkaisussa kuvataan.

NMRLipids

Saatavuus

LUMI

Versio	Saatavilla olevat moduulit
v1.3.0

NMRLipids-tietokannan käyttö edellyttää, että kloonaat NMRLipids-tietokannan (nopeaa) varten scratch-kansioosi ja luot symboliset linkit trajektorioiden osoittimista jo valmiiksi ladattuun (laajaan) raakadataan, joka sijaitsee LUMIssa polussa /pfs/lustrep4/appl/local/csc/datasets/NMRLipids/BilayerData/Simulations. Raakadatatiedostot (trajektoriat) vaativat noin 3 TiB levytilaa, ja niiden lataaminen kestäisi päiviä sekä kuluttaisi omia tallennusresurssejasi, mutta alla kuvatulla menettelyllä voit aloittaa työskentelyn datapankin kanssa muutamassa minuutissa.

Yksityiskohtaiset ohjeet, mukaan lukien miten rakennat kontin LUMIssa datan käyttöä varten, ovat saatavilla tässä GitHub-keskustelussa

Lisenssi

NMRLipids-tietokanta on lisensoitu GNU General Public License v3.0 -lisenssillä (GPL-3.0).

Käyttö

Esimerkkieräajokomentosarja LUMIin

Kun NMRLipids-tietokanta on linkitetty symbolisilla linkeillä ja vastaava tietokantaohjelmiston levykuva on rakennettu yllä olevien ohjeiden mukaisesti, LUMIssa voidaan käyttää seuraavaa eräajotyön mallia:

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --account=project_123456789
#SBATCH --time=1-0:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=2 

OPTS=$@

module use /appl/local/csc/modulefiles
module load CrayEnv
module load cotainr

export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
TRJPATH=/pfs/lustrep4/appl/local/csc/datasets/NMRLipids/BilayerData/Simulations

srun singularity exec \
       -B /scratch/project_123456789/:/scratch/project_123456789/ \
       -B ${TRJPATH}:${TRJPATH} \
       --env NMLDB_DATA_PATH=/scratch/project_123456789/BilayerData \
       nmdb_gmx.sif ${OPTS}

Viitteet

Jos käytät NMRlipids-datapankkia julkaisuissasi, viittaa aina NMRlipidsin datapankkijulkaisuun sekä tarvittaessa trajektoriatietueisiin ja niihin liittyviin julkaisuihin.

Lisätietoja

NMRlipids-tietokannan kotisivulla on laaja käyttöohje ja hyödyllistä tietoa
FAIRMD NMRLipids
NMRLipids-tietokannan tietue Etsimessä: urn:nbn:fi:fd-62944050-6891-3b29-bdd1-383383ae7151