ASTRAL

ASTRAL on työkalu juurettoman lajipuun estimointiin annetusta joukosta juurettomia geenipuita. Se on tilastollisesti konsistentti monilajisen koalesenssimallin alaisuudessa ja soveltuu lajipuun estimointiin epätäydellisen linjojen lajittumisen esiintyessä.

ASTRAL
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia Apache 2.0 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 5.7.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

ASTRAL on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten ASTRAL-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load astral/5.7.1

ASTRAL ottaa syötteenä tiedoston geenipuista (yksi Newick-puu per rivi) ja kirjoittaa estimoidun lajipuun. Suorita se astral-komennolla:

astral -i gene_trees.tre -o species_tree.tre

Moduuli asettaa ASTRAL_HOME-ympäristömuuttujan osoittamaan asennukseen (joka sisältää jar-tiedoston ja lib-hakemiston).

Suuremmille aineistoille suorita ASTRAL eräajona:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=astral
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G

module load bio-apps/v202603
module load astral/5.7.1

astral -i gene_trees.tre -o species_tree.tre

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajotehtävän komentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

ASTRALin GitHub-repositorio