IQ-TREE

IQ-TREE on tehokas ohjelmisto fylogenomiseen päättelyyn suurimman uskottavuuden menetelmällä. Se sisältää mallinvalinnan (ModelFinder), ultranopean bootstrap-approksimaation sekä laajan valikoiman substituutiomalleja.

IQ-TREE

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.4.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

IQ-TREE on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten IQ-TREE-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load iq-tree/2.4.0

IQ-TREE:tä (versio 2) ajetaan komennolla iqtree2. Esimerkiksi puuhaun voi suorittaa mallinvalinnalla ja ultranopealla bootstrapilla näin:

iqtree2 -s alignment.phy -m MFP -B 1000 -T AUTO

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=iqtree
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load iq-tree/2.4.0

iqtree2 -s alignment.phy -m MFP -B 1000 -T $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki