IQ-TREE
IQ-TREE on tehokas ohjelmisto fylogenomiseen päättelyyn suurimman uskottavuuden menetelmällä. Se sisältää mallinvalinnan (ModelFinder), ultranopean bootstrap-approksimaation sekä laajan valikoiman substituutiomalleja.
Lisenssi
Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu-CPU: IQ-TREE 2 nimellä
iq-tree/2.4.0ja IQ-TREE 3 nimelläiqtree3/3.1.4,bio-apps-moduulin kautta. Nämä kaksi ovat erillisiä moduuleja omine komentoineen (iqtree2jaiqtree3), ja niitä voidaan käyttää rinnakkain.
Käyttö
IQ-TREE kuuluu Roihussa bio-apps -kokoelmaan. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten haluamasi IQ-TREE-moduuli.
IQ-TREE 2:ta ajetaan komennolla iqtree2:
module load bio-apps/v202603
module load iq-tree/2.4.0
iqtree2 -s alignment.phy -m MFP -B 1000 -T AUTO
IQ-TREE 3 on tarjolla erillisenä moduulina, ja sitä ajetaan komennolla iqtree3;
valitsimet ovat samat:
module load bio-apps/v202603
module load iqtree3/3.1.4
iqtree3 -s alignment.phy -m MFP -B 1000 -T AUTO
Yllä olevat esimerkit suorittavat puuhaun mallinvalinnalla (ModelFinder) ja ultranopealla bootstrapilla.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=iqtree
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
module load bio-apps/v202603
module load iq-tree/2.4.0
iqtree2 -s alignment.phy -m MFP -B 1000 -T $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.