NWChem

Page undergoing cleanup after Puhti and Mahti retirement

This page contains outdated references to Puhti and/or Mahti, which have now been decommissioned. The page is undergoing changes to reflect CSC's new supercomputer Roihu.

Learn more about Roihu.

NWChem tarjoaa monia erilaisia menetelmiä molekyyli- ja jaksollisten järjestelmien ominaisuuksien laskemiseen käyttäen elektronisen aaltofunktion tai tiheyden tavanomaisia kvanttimekaanisia kuvauksia. Lisäksi NWChem pystyy suorittamaan klassista molekyylidynamiikkaa ja vapaan energian simulointeja. Näitä lähestymistapoja voidaan yhdistää sekamuotoisten kvanttimekaniikkaa ja molekyylimekaniikkaa yhdistävien simulaatioiden suorittamiseen.

Saatavilla

Puhti: 7.0.0
Mahti: 7.0.0

Lisenssi

Koodi jaetaan avoimena lähdekoodina Educational Community License version 2.0 (ECL 2.0)-lisenssin ehtojen mukaisesti.

Käyttö

Tarkista, mitä versioita suositellaan:

module avail nwchem

Eräajokomentosarjan esimerkki Puhdille

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # MPI tasks per node
#SBATCH --account=<project>  # insert here the project to be billed 
#SBATCH --time=00:10:00           # time as `hh:mm:ss`

module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$PWD/NWCHEM_RUN_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out
seff $SLURM_JOBID

Note

Erityisesti jotkin kehittyneemmistä elektronikorrelaatiolaskennoista voivat olla hyvin levy-I/O-intensiivisiä. Tällaiset ajot hyötyvät Puhdin nopean paikallisen tallennustilan käytöstä. Paikallisen levyn käyttö tällaisissa ajoissa vähentää myös Lustre-rinnakkaistiedostojärjestelmän kuormitusta.

Eräajokomentosarjan esimerkki Puhdille paikallista levyä käyttäen

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # MPI tasks per node
#SBATCH --account=<project>  # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:10:00      # time as `hh:mm:ss`
#SBATCH --gres=nvme:100      # requested local disk space in GB 

module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$LOCAL_SCRATCH
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out
seff $SLURM_JOBID

Eräajokomentosarjan esimerkki Mahdille

#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --account=<project>  # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:10:00      # time as `hh:mm:ss`

module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$PWD/NWCHEM_RUN_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out

Lähetä eräajo komennolla:

sbatch nwchem_job.bash

Viitteet

Viittaa seuraavaan lähteeseen julkaistessasi NWChemilla saatuja tuloksia:

E. Aprà, E. J. Bylaska, W. A. de Jong, N. Govind, K. Kowalski, T. P. Straatsma, M. Valiev, H. J. J. van Dam, Y. Alexeev, J. Anchell, V. Anisimov, F. W. Aquino, R. Atta-Fynn, J. Autschbach, N. P. Bauman, J. C. Becca, D. E. Bernholdt, K. Bhaskaran-Nair, S. Bogatko, P. Borowski, J. Boschen, J. Brabec, A. Bruner, E. Cauẽt, Y. Chen, G. N. Chuev, C. J. Cramer, J. Daily, M. J. O. Deegan, T. H. Dunning Jr., M. Dupuis, K. G. Dyall, G. I. Fann, S. A. Fischer, A. Fonari, H. Früchtl, L. Gagliardi, J. Garza, N. Gawande, S. Ghosh, K. Glaesemann, A. W. Götz, J. Hammond, V. Helms, E. D. Hermes, K. Hirao, S. Hirata, M. Jacquelin, L. Jensen, B. G. Johnson, H. Jónsson, R. A. Kendall, M. Klemm, R. Kobayashi, V. Konkov, S. Krishnamoorthy, M. Krishnan, Z. Lin, R. D. Lins, R. J. Littlefield, A. J. Logsdail, K. Lopata, W. Ma, A. V. Marenich, J. Martin del Campo, D. Mejia-Rodriguez, J. E. Moore, J. M. Mullin, T. Nakajima, D. R. Nascimento, J. A. Nichols, P. J. Nichols, J. Nieplocha, A. Otero-de-la-Roza, B. Palmer, A. Panyala, T. Pirojsirikul, B. Peng, R. Peverati, J. Pittner, L. Pollack, R. M. Richard, P. Sadayappan, G. C. Schatz, W. A. Shelton, D. W. Silverstein, D. M. A. Smith, T. A. Soares, D. Song, M. Swart, H. L. Taylor, G. S. Thomas, V. Tipparaju, D. G. Truhlar, K. Tsemekhman, T. Van Voorhis, Á. Vázquez-Mayagoitia, P. Verma, O. Villa, A. Vishnu, K. D. Vogiatzis, D. Wang, J. H. Weare, M. J. Williamson, T. L. Windus, K. Woliński, A. T. Wong, Q. Wu, C. Yang, Q. Yu, M. Zacharias, Z. Zhang, Y. Zhao, and R. J. Harrison, "NWChem: Past, present, and future", The Journal of Chemical Physics 152, 184102 (2020). DOI: 10.1063/5.0004997