NWChem
NWChem tarjoaa monia erilaisia menetelmiä molekyyli- ja jaksollisten järjestelmien ominaisuuksien laskemiseen käyttäen elektronisen aaltofunktion tai tiheyden standardeja kvanttimekaanisia kuvauksia. Lisäksi NWChem pystyy suorittamaan klassista molekyylidynamiikkaa ja vapaaenergiasimulaatioita. Näitä lähestymistapoja voidaan yhdistää sekamuotoisten kvanttimekaniikka- ja molekyylimekaniikkasimulaatioiden suorittamiseen.
Saatavuus
- Puhti: 7.0.0
- Mahti: 7.0.0
Lisenssi
- Koodi jaetaan avoimena lähdekoodina Educational Community License version 2.0 (ECL 2.0) -lisenssin ehtojen mukaisesti.
Käyttö
Tarkista, mitä versioita suositellaan:
Eräajokomentosarjan esimerkki Puhdissa
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # MPI tasks per node
#SBATCH --account=<project> # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:10:00 # time as `hh:mm:ss`
module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$PWD/NWCHEM_RUN_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out
seff $SLURM_JOBID
Note
Erityisesti jotkin edistyneemmistä elektronikorrelaatiolaskuista voivat olla hyvin levy-I/O-intensiivisiä. Tällaiset työt hyötyvät Puhdin nopean paikallisen tallennustilan käytöstä. Paikallisen levyn käyttö tällaisissa töissä vähentää myös Lustre-rinnakkaistiedostojärjestelmän kuormitusta.
Eräajokomentosarjan esimerkki Puhdissa paikallista levyä käyttäen
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # MPI tasks per node
#SBATCH --account=<project> # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:10:00 # time as `hh:mm:ss`
#SBATCH --gres=nvme:100 # requested local disk space in GB
module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$LOCAL_SCRATCH
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out
seff $SLURM_JOBID
Eräajokomentosarjan esimerkki Mahdissa
#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --account=<project> # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:10:00 # time as `hh:mm:ss`
module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$PWD/NWCHEM_RUN_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out
Lähetä eräajo komennolla:
Viitteet
Viittaa seuraavaan julkaisuun, kun julkaiset NWChemilla saatuja tuloksia:
E. Aprà, E. J. Bylaska, W. A. de Jong, N. Govind, K. Kowalski, T. P. Straatsma, M. Valiev, H. J. J. van Dam, Y. Alexeev, J. Anchell, V. Anisimov, F. W. Aquino, R. Atta-Fynn, J. Autschbach, N. P. Bauman, J. C. Becca, D. E. Bernholdt, K. Bhaskaran-Nair, S. Bogatko, P. Borowski, J. Boschen, J. Brabec, A. Bruner, E. Cauẽt, Y. Chen, G. N. Chuev, C. J. Cramer, J. Daily, M. J. O. Deegan, T. H. Dunning Jr., M. Dupuis, K. G. Dyall, G. I. Fann, S. A. Fischer, A. Fonari, H. Früchtl, L. Gagliardi, J. Garza, N. Gawande, S. Ghosh, K. Glaesemann, A. W. Götz, J. Hammond, V. Helms, E. D. Hermes, K. Hirao, S. Hirata, M. Jacquelin, L. Jensen, B. G. Johnson, H. Jónsson, R. A. Kendall, M. Klemm, R. Kobayashi, V. Konkov, S. Krishnamoorthy, M. Krishnan, Z. Lin, R. D. Lins, R. J. Littlefield, A. J. Logsdail, K. Lopata, W. Ma, A. V. Marenich, J. Martin del Campo, D. Mejia-Rodriguez, J. E. Moore, J. M. Mullin, T. Nakajima, D. R. Nascimento, J. A. Nichols, P. J. Nichols, J. Nieplocha, A. Otero-de-la-Roza, B. Palmer, A. Panyala, T. Pirojsirikul, B. Peng, R. Peverati, J. Pittner, L. Pollack, R. M. Richard, P. Sadayappan, G. C. Schatz, W. A. Shelton, D. W. Silverstein, D. M. A. Smith, T. A. Soares, D. Song, M. Swart, H. L. Taylor, G. S. Thomas, V. Tipparaju, D. G. Truhlar, K. Tsemekhman, T. Van Voorhis, Á. Vázquez-Mayagoitia, P. Verma, O. Villa, A. Vishnu, K. D. Vogiatzis, D. Wang, J. H. Weare, M. J. Williamson, T. L. Windus, K. Woliński, A. T. Wong, Q. Wu, C. Yang, Q. Yu, M. Zacharias, Z. Zhang, Y. Zhao, and R. J. Harrison, "NWChem: Past, present, and future", The Journal of Chemical Physics 152, 184102 (2020). DOI: 10.1063/5.0004997