BayeScan
BayeScanin tavoitteena on tunnistaa geneettisestä datasta luonnonvalinnan kohteena olevia ehdokaslokuskohtia käyttämällä populaatioiden välisiä eroja alleelifrekvensseissä. Analyysi perustuu multinomiaaliseen Dirichlet-malliin.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia lisenssillä GNU GPLv3
Saatavuus
- Roihu-CPU: 2.1
Käyttö
BayeScanin käyttämiseksi suorita ensin komento
Sen jälkeen voit käynnistää BayeScanin esimerkiksi komennolla:
Kun käytetään bayescan_2.1:tä, on tärkeää määrittää säikeiden määrä aina erikseen. Tämä johtuu siitä, että oletusarvoisesti BayeScan yrittää käyttää kaikkia saatavilla olevia ytimiä.
Roihussa BayeScan-ajot tulee suorittaa eräajotöinä. Alla on esimerkkieräajotiedosto BayeScanille:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bayescan
#SBATCH --account=project_XXXXXX
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --mem=6G
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
# Set the number of threads based on cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK:-1}
# Place and bind threads to single cores
# Comment the following lines if binding is not desired
export OMP_PLACES=cores
export OMP_PROC_BIND=spread
module load bayescan
bayescan_2.1 -threads ${SLURM_CPUS_PER_TASK} test_binary_AFLP.txt > bayescan_omp.out
Yllä oleva skripti varaa 8 tuntia laskenta-aikaa, 6 Gt muistia ja 4 laskentaydintä. Määrittelyssä --account oleva project_XXXXXX tulee korvata laskentaprojektisi projektinimellä.
Työ voidaan lähettää eräajo-järjestelmään komennolla:
Monissa tapauksissa BayeScan ei hyödytä yli 8 ytimen käytöstä, joten tarkista suorituskyky, jos käytät enemmän.
Lisää ohjeita eräajojen suorittamiseen löytyy CSC:n eräajo-ohjeista