BayeScan
BayeScanin tarkoituksena on tunnistaa geneettisestä datasta luonnonvalinnan kohteena olevia ehdokaslokuskohtia populaatioiden välisten alleelifrekvenssierojen avulla. Analyysi perustuu multinomiaaliseen Dirichlet-malliin.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä
Saatavuus
- Puhdissa: 2.1
Käyttö
BayeScanin käyttö aloitetaan suorittamalla komento
Tämän jälkeen voit käynnistää BayeScanin esimerkiksi komennolla:
bayescan_2.1-komennon kanssa on tärkeää määrittää säikeiden määrä
aina erikseen. Tämä johtuu siitä, että oletusarvoisesti BayeScan yrittää
käyttää kaikkia saatavilla olevia ytimiä.
Puhdissa BayeScan-ajot tulee suorittaa eräajoina. Alla on esimerkkitiedosto BayeScanin eräajoa varten:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bayescan
#SBATCH --account=project_XXXXXX
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --mem=6G
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
module load biokit
bayescan_2.1 -threads ${SLURM_CPUS_PER_TASK} test_binary_AFLP.txt > bayescan_omp.out
Yllä oleva skripti varaa 8 tuntia laskenta-aikaa, 6 Gt muistia ja 4 laskentaydintä. --account-määrityksessä oleva XXXXXX
tulee korvata laskentaprojektisi tunnistenumerolla. Työ voidaan lähettää eräajojärjestelmään komennolla:
Älä käytä BayeScania yli 8 ytimellä (paitsi jos olet varmistanut, että tehtäväsi todella hyötyy suuremmasta ydinmäärästä).
Lisää ohjeita eräajojen suorittamiseen löytyy CSC:n eräajo-ohjeista