Hyppää sisältöön

A new version of SD Connect and SD Desktop will be available from Monday, September 28. The major upgrade will introduce significant improvements, but also includes changes that are not compatible with the current version of the service. Click here to review the available support materials.

Warning!

Puhti and Mahti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti and Mahti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Maestro

CSC:n tarjoamat verkkopohjaiset Schrödinger-sertifiointikurssit

Käyttäjät, jotka kuuluvat CSC:n Schrödinger-lisenssin piiriin, voivat hakea maksutonta käyttöoikeutta osallistuakseen Schrödingerin järjestämille verkkopohjaisille sertifiointikursseille. Tarjolla olevat perus- ja keskitason verkkokurssit keskittyvät useisiin lääkeainekehitykseen ja materiaalitieteeseen liittyviin aiheisiin.

Lue lisää ja hae täällä

Schrödinger Maestro on monipuolinen molekyylimallinnusympäristö. Siinä on moduuleja lääkesuunnitteluun ja materiaalitieteeseen. Sitä voidaan käyttää kemiallisten mallijärjestelmien rakentamiseen, muokkaamiseen, ajamiseen ja analysointiin.

Schrödinger Maestro tarjoaa pääsyn Desmond-molekyylidynamiikkamoottoriin, joka toimii erittäin hyvin GPU:illa.

Katso myös tämän sivun loppu, josta löydät linkkejä lisää itseopiskelumateriaaleihin.

Saatavuus

  • Roihu-CPU: 2025.1, 2025.2, 2025.3, 2025.4, 2026.1, 2026.2, 2026.3
  • LUMI: 2026.1, 2026.2, 2026.3

Maestro-moduuleihin CSC:n supertietokoneilla sovelletaan kahden vuoden siivoussykliä. Käytännössä tämä tarkoittaa, että yli kaksi vuotta vanhat moduuliversiot poistetaan. Tätä käytäntöä noudatetaan levytilan vapauttamiseksi ja uusimpien versioiden käytön edistämiseksi, sillä ne ovat yleensä suorituskykyisempiä ja sisältävät vähemmän virheitä.

Desmond MD -simulaatioita ei voi ajaa Roihussa!

Schrödinger toimittaa tällä hetkellä ohjelmistokokonaisuudestaan vain x86-versioita. Tämä tarkoittaa, että mitään GPU:ita vaativia Schrödinger-moduuleja, erityisesti Desmondia, ei voi ajaa Roihussa.

CSC tarjoaa Maestro-moduuleja vain Roihu-CPU:ssa puhtaasti CPU-pohjaisiin työkuormiin, kuten virtuaaliseen seulontaan (Glide).

Lisenssi

Maestro on saatavilla kaikille akateemisille käyttäjille Suomessa: henkilökunnalle ja opiskelijoille akateemisiin tarkoituksiin. Katso tarkka määritelmä EULA:sta. Käyttämällä Maestroa hyväksyt yllä linkitetyn EULA:n. Maestro-lisenssi koostuu kelluvista lisensseistä ja tokeneista. Jos lisenssit loppuvat kesken, ota yhteyttä ServiceDeskin kautta.

Käyttö

On suositeltavaa ladata ja asentaa Maestro omalle tietokoneellesi, katso alla.

Paikallinen asennus

Maestron voi asentaa Linux-, Mac- tai Windows-tietokoneelle. Lataa sopivat tiedostot Schrödingerin verkkosivustolta. Et tarvitse lisenssiä ohjelmiston lataamiseen, vaikka sinun täytyykin ensin rekisteröityä Schrödingerin verkkosivustolle. Huomaa, että käyttöoikeuden saaminen voi kestää jopa 24 tuntia, joten ole kärsivällinen.

Kun olet ladannut ja asentanut Maestron, sinun täytyy määrittää lisensointi, jotta voit ajaa ohjelmistoa. Katso nämä ohjeet lisensoinnin määrittämiseen (Eduuniin kirjautuminen vaatii Haka-tunnistautumisen). Lisenssin käyttö edellyttää, että tietokoneesi on FUNET-verkossa eli olet yliopistolla tai yhdistetty siihen kotoa VPN:n kautta.

Itsenäinen käyttö Roihussa ja LUMIssa

Roihu vs. LUMI

Huomaa, että Roihu ei sovellu Desmond MD -simulaatioiden ajamiseen GPU:illa. Käytä LUMI-D:tä, jos sinun täytyy ajaa Desmond-simulaatioita. Jos tarvitset tukea, ota yhteyttä.

On mahdollista ajaa raskaampia laskentoja Roihussa ja LUMIssa. Tässä annetaan lyhyt yleiskatsaus. Lisätiedot ja joitakin diagnostiikkavinkkejä on selitetty Maestron tehokäytön opetusmateriaalissamme.

Ensin sinun täytyy hankkia CSC-käyttäjätunnus ja luoda tai tulla lisätyksi projektiin, jolla on käyttöoikeus Roihuun tai LUMIin.

Varsinaisia simulaatioita varten suosittelemme käyttämään Roihu-CPU:ta tai LUMIa seuraavasti:

  1. Valmistele simulaatiosi paikallisella tietokoneellasi.

  2. Kirjoita käyttöliittymän luomat syötetiedostot levylle:

    1. Sen sijaan, että valitsisit Run, avaa vieressä oleva hammasrataskuvakkeella merkitty pudotusvalikko.
    2. Valitse Write kirjoittaaksesi syötetiedostot levylle.

  3. Kopioi syötetiedostot supertietokoneelle esimerkiksi scp:llä tai käyttämällä selainkäyttöliittymiä.

  4. Tärkeää! Tiedosto <job-name>.sh sisältää komennon simulaatiosi käynnistämiseen. Jotta se toimisi CSC:n supertietokoneilla, varmista että:

    1. -HOST localhost on asetettu.
    2. -WAIT on lisätty komennon loppuun.
    3. Windows-käyttäjien tulee korvata kauttaviivat \ kenoviivoilla / Schrödinger-binäärin polussa (heti ${SCHRODINGER}-osan jälkeen komennossa).

    Lisäksi tiedosto <job-name>.sh tulee muokata asianmukaiseksi Slurm-eräajokomennoksi. Esimerkkejä eri alustoille:

    #!/bin/bash
#SBATCH --account=project_2001234
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem-per-cpu=2000M

module load maestro/2026.3

# Start a local job server
${SCHRODINGER}/jsc local-server-start

# Run a Glide job distributed over 16 cores (16 subjobs running concurrently)
"${SCHRODINGER}/glide" cdk2_dock.in -OVERWRITE -NJOBS ${SLURM_CPUS_PER_TASK} -new -JOBNAME cdk2_dock -HOST localhost:${SLURM_CPUS_PER_TASK} -WAIT

# Stop the local job server
${SCHRODINGER}/jsc local-server-stop

    #!/bin/bash
#SBATCH --account=project_462000123
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem-per-cpu=2000M

module use /appl/local/csc/modulefiles
module load maestro/2026.3

export SCHRODINGER_LICENSE_SERVERS='<server:port>' # See instructions at https://wiki.eduuni.fi/x/XbbHBw

# Start a local job server
${SCHRODINGER}/jsc local-server-start

# Run a Glide job distributed over 16 cores (16 subjobs running concurrently)
"${SCHRODINGER}/glide" cdk2_dock.in -OVERWRITE -NJOBS ${SLURM_CPUS_PER_TASK} -new -JOBNAME cdk2_dock -HOST localhost:${SLURM_CPUS_PER_TASK} -WAIT

# Stop the local job server
${SCHRODINGER}/jsc local-server-stop

    #!/bin/bash
#SBATCH --account=project_462000123
#SBATCH --partition=lumid
#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --gpus=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2000M

module use /appl/local/csc/modulefiles
module load maestro/2026.3

export SCHRODINGER_LICENSE_SERVERS='<server:port>' # See instructions at https://wiki.eduuni.fi/x/XbbHBw

# Start a local job server
${SCHRODINGER}/jsc local-server-start

# Run a Desmond MD simulation using a single GPU
"${SCHRODINGER}/utilities/multisim" -JOBNAME desmond_job -HOST localhost -maxjob 1 -cpu 1 -m desmond_job.msj -c desmond_job.cfg -description 'Molecular Dynamics' desmond_job.cms -mode umbrella -o desmond_job-out.cms -lic DESMOND_GPGPU:16 -WAIT

# Stop the local job server
${SCHRODINGER}/jsc local-server-stop

  5. Lähetä työ jonoon komennolla sbatch <job-name>.sh.

  6. Kopioi tulokset takaisin paikalliselle työasemallesi analysointia varten.

Tärkeitä huomioita

  • Huomaa, että komennot ${SCHRODINGER}/jsc local-server-start ja ${SCHRODINGER}/jsc local-server-stop ovat pakollisia. Schrödinger on poistanut käytöstä vanhan Job Control -järjestelmän ja schrodinger.hosts-tiedostot, joita käytettiin Puhdissa ja Mahdissa. Uutta Job Server -järjestelmää on käytettävä Roihussa ja LUMIssa.
  • Kirjautumissolmuilla ei tule tehdä pitkiä/raskaita tehtäviä! Katso lisätietoja käyttösäännöt -sivulta.

Käynnissä olevien töiden seuranta

Käynnissä olevia Slurm-töitä voidaan seurata tavalliseen tapaan squeue-komennolla. Lisäksi käynnissä olevia Schrödinger-töitä ja niiden tuottamia lokitiedostoja voidaan seurata Job Serverin komentorivikäyttöliittymän jsc tarjoamilla työkaluilla:

# Replace <node> with the id of the node your job is running on, e.g. rc4136.
# Note that the Schrödinger job id is different from the Slurm job id.

ssh <node> "${SCHRODINGER}/jsc list" # List jobs and their status
ssh <node> "${SCHRODINGER}/jsc tail-file <schrodinger-jobid>" # Tail log file for a running job

# Note that the Schrödinger job id is different from the Slurm job id.

srun -n 1 --overlap --pty --jobid=<slurm-jobid> ${SCHRODINGER}/jsc list
srun -n 1 --overlap --pty --jobid=<slurm-jobid> ${SCHRODINGER}/jsc tail-file <schrodinger-jobid>

Viitteet

Viittaa Maestro-moduuleihin kaikissa julkaistuissa töissä Module manuals -ohjeiden mukaisesti.

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.