Maestro

CSC:n tarjoamat verkkopohjaiset Schrödinger-sertifiointikurssit

Käyttäjät, jotka kuuluvat CSC:n Schrödinger-lisenssin piiriin, voivat hakea maksutonta käyttöoikeutta osallistuakseen Schrödingerin järjestämille verkkopohjaisille sertifiointikursseille. Tarjolla olevat johdanto- ja keskitasoiset verkkokurssit keskittyvät useisiin lääkeainekehitykseen ja materiaalitieteeseen liittyviin aiheisiin.

Lue lisää ja hae täällä

Schrödinger Maestro on monipuolinen molekyylimallinnusympäristö. Siinä on moduuleja drug design - ja materials science -käyttöön. Sitä voidaan käyttää kemiallisten mallijärjestelmien rakentamiseen, muokkaamiseen, ajamiseen ja analysointiin.

Schrödinger Maestro tarjoaa pääsyn Desmond-molekyylidynamiikkamoottoriin, joka toimii erittäin hyvin GPU:illa. Suosittelemme katsomaan alla olevan videon, jossa näytetään, miten Desmond MD -simulaatioita voi helposti valmistella ja ajaa Puhdissa.

Katso myös tämän sivun loppuosa, josta löydät linkkejä muihin itseopiskelumateriaaleihin.

• Maestro
  • Saatavuus
  • Lisenssi
  • Käyttö
    • Paikallinen asennus
    • Itsenäinen käyttö Puhdissa
      • Video: Desmond-simulaation ajaminen Puhdissa
  • Viitteet
  • Lisätietoja

Saatavuus

• Puhti: 2024.2, 2024.3, 2024.4, 2025.1, 2025.2, 2025.3, 2025.4, 2026.1
• Mahti: 2024.2, 2024.3, 2024.4, 2025.1, 2025.2, 2025.3, 2025.4, 2026.1

CSC:n supertietokoneiden Maestro-moduuleihin sovelletaan kahden vuoden siivoussykliä. Käytännössä tämä tarkoittaa, että yli kaksi vuotta vanhat moduuliversiot poistetaan. Tätä käytäntöä noudatetaan levytilan vapauttamiseksi ja uusimpien versioiden käytön edistämiseksi, sillä ne ovat yleensä suorituskykyisempiä ja sisältävät vähemmän virheitä.

Maestro-versiot, jotka ovat vanhempia kuin 2023.1, eivät toimi 13.3.2025 jälkeen!

Schrödinger on ottanut käyttöön uuden lisenssinhallinnan, joka ei tue Maestro-versioita, jotka ovat vanhempia kuin 2023.1. Tämän seurauksena CSC ei voi enää tarjota lisenssiä Maestro-versioille 2022.4 ja sitä vanhemmille 13. maaliskuuta 2025 jälkeen. Jos et ole vielä tehnyt sitä, siirry käyttämään versiota 2023.1 tai uudempaa mahdollisimman pian!

Huomaa myös, että CSC:n Schrödinger Maestro -ohjelmiston lisenssin määritysohjeet on päivitetty vastaavasti. Katso lisätietoja alta.

Huomioita varoituksista

Maestro antaa varoituksen, jos käytät kotihakemistossasi olevaa schrodinger.hosts-tiedostoa. Tämä ei ole ongelma: kyseistä tiedostoa ei voida asettaa saataville asennushakemistossa, joten voit jättää tämän varoituksen huomiotta, mutta huomioi muut mahdollisesti näkyvät varoitukset.

Samoin puuttuvia grafiikkakirjastoja koskevat varoitukset ovat yleensä harmittomia. Älä kuitenkaan epäröi ottaa yhteyttä CSC:n asiakastukeen, jos olet epävarma mistä tahansa varoitus- tai virheilmoituksesta, jonka saat käyttäessäsi Maestroa CSC:llä.

Lisenssi

Maestro on saatavilla kaikille akateemisille käyttäjille Suomessa: henkilökunnalle ja opiskelijoille akateemisiin tarkoituksiin. Katso tarkka määritelmä EULA-sopimuksesta. Maestron käyttö tarkoittaa, että hyväksyt yllä linkitetyn EULA-sopimuksen. Maestro-lisenssi koostuu kelluvista lisensseistä ja tokeneista. Jos lisenssit loppuvat, ota yhteyttä meihin ServiceDeskin kautta.

Käyttö

On suositeltavaa ladata ja asentaa Maestro omalle tietokoneellesi, katso alla.

Paikallinen asennus

Maestron voi asentaa Linux-, Mac- tai Windows-tietokoneelle. Lataa sopivat tiedostot Schrödingerin verkkosivuilta. Et tarvitse lisenssiä ohjelmiston lataamiseen, vaikka sinun täytyykin rekisteröityä Schrödingerin verkkosivuille ensin. Huomaa, että käyttöoikeuden saaminen voi kestää jopa 24 tuntia, joten ole kärsivällinen.

Kun olet ladannut ja asentanut Maestron, sinun täytyy määrittää lisensointi, jotta voit ajaa ohjelmistoa. Katso nämä ohjeet lisensoinnin määrittämiseen (Eduuniin kirjautuminen vaatii Haka-tunnistautumisen). Lisenssin käyttö edellyttää, että tietokoneesi on FUNET-verkossa, eli olet yliopistolla tai yhteydessä siihen kotoa VPN:n kautta.

Tärkeä huomautus

Schrödingerin versioissa 2025.4 ja uudemmissa Job Server -järjestelmä on oletusarvoisesti käytössä. Koska tätä ei tällä hetkellä tueta CSC:llä, käyttäjien, jotka käyttävät CSC:n tarjoamia schrodinger.hosts-tiedostoja syötetiedostojen kirjoittamiseen CSC:n supertietokoneilla ajettaviksi, täytyy määrittää paikallinen asennuksensa käyttämään vanhaa Job Control -järjestelmää. Toimi seuraavasti:

Linux / macOSWindows

1. Avaa pääte ja suorita:

   $SCHRODINGER/utilities/feature_flags -d JOB_SERVER
   

2. Käynnistä Maestro uudelleen, jos käyttöliittymä oli auki komentoa suoritettaessa.

1. Avaa Schrödinger Command Prompt ja suorita:

   featureflags off JOB_SERVER
   

2. Käynnistä Maestro uudelleen, jos käyttöliittymä oli auki komentoa suoritettaessa.

Itsenäinen käyttö Puhdissa

Puhti vs. Mahti

Huomaa, että Mahti soveltuu pääasiassa Desmond MD -simulaatioiden ajamiseen GPU:illa. Useimmat muut työt eivät skaalaudu kokonaisille solmuille, joten käytä niihin mieluummin Puhtia. Jos olet epävarma, ota yhteyttä meihin.

Raskaampia laskentoja on mahdollista ajaa Puhdissa. Tässä annetaan lyhyt yleiskatsaus. Lisätietoja ja joitakin diagnostiikkavinkkejä on selitetty Maestron tehokäytön ohjeessa. Katso myös alla oleva video.

Ensin sinun täytyy hankkia CSC-käyttäjätunnus ja hakea käyttöoikeutta Puhtiin. Ennen kuin aloitat varsinaisen alla kuvatun työnkulun, sinun täytyy määrittää Maestro-ympäristösi Puhdissa.

Nämä ensimmäiset neljä vaihetta tarvitsee tehdä vain kerran:

1. Ota SSH-yhteys Puhtiin
   • ssh <your username>@puhti.csc.fi
2. Alusta Maestro komennolla module load maestro
   • Varmista, että käytät samaa versiota kuin paikallisella tietokoneellasi
3. Näytölle saattaa tulla virheilmoitus. Jos siinä pyydetään suorittamaan skripti hosts-tiedoston luomiseksi, suorita se (kopioi ja liitä komentoriville)
   • Nyt sinulla on oma schrodinger.hosts-tiedosto $HOME-hakemistossasi
4. Kopioi HOST-kuvaukset Puhdin schrodinger.hosts-tiedostosta paikalliseen hosts-tiedostoon omalla tietokoneellasi
   • Kopioi kaikki kohdasta name: test alkaen ja liitä se paikallisen schrodinger.hosts-tiedostosi loppuun
   • Tämä vaihe saattaa vaatia järjestelmänvalvojan oikeuksia

Varsinaisia simulaatioita varten suosittelemme käyttämään Puhtia seuraavasti:

1. Valmistele simulaatiot paikallisella tietokoneellasi
2. Kirjoita käyttöliittymän luomat syötetiedostot levylle
3. Kopioi ne Puhtiin esimerkiksi scp:llä tai Puhdin selainkäyttöliittymän kautta
4. Muokkaa tarvittaessa ajoskriptiä (your-jobname.sh)
5. Suorita skripti Puhdin komentorivillä lähettääksesi työt jonotusjärjestelmään
6. Kopioi tulokset takaisin analysointia varten

Huomautus

Maestro-töitä ei ajeta eräskriptien kautta kuten useimpia muita CSC:n sovelluksia, vaan Schrödingerin binääreillä valitsimia käyttäen.

Esimerkiksi Desmond-työvuo voidaan ajaa seuraavalla skriptillä:

"${SCHRODINGER}/utilities/multisim" -JOBNAME 2hhb_test -HOST gputest  \
-maxjob 1 -cpu 1 -m 2hhb_test.msj -c 2hhb_test.cfg -description "Molecular Dynamics" \
2hhb_test.cms -mode umbrella -set stage[1].set_family.md.jlaunch_opt=["-gpu"] \
-o 2hhb_test-out.cms -lic "DESMOND_GPGPU:16 -set "stage[1].set_family.md.jlaunch_opt=["\-LOCAL\"]" \
-LOCAL"

Skriptit ovat yleensä melko monimutkaisia, joten ne kannattaa kirjoittaa ulos Maestron käyttöliittymästä yllä kuvatulla tavalla. Tutustu myös lisävalitsimiin, joiden käyttöä suosittelemme.

Tällaisen skriptin lähettämiseksi Puhdissa sinun täytyy ensin ladata Maestro ja sitten suorittaa skripti

module load maestro
bash your_script_name.sh

Maestron käyttöliittymä

Emme suosittele Maestron käyttöliittymän ajamista etänä Puhdissa. Se on mahdollista Puhdin selainkäyttöliittymän etätyöpöydän kautta, mutta suorituskyky voi olla melko hidas ja lähetetyt työt voivat epäonnistua. Lisäksi pitkiä/raskaita tehtäviä ei tule tehdä kirjautumissolmuilla. Katso lisätietoja käyttösääntö -sivulta.

Huomautus Windows-käyttäjille

Windows-käyttäjien täytyy ehkä muokata käyttöliittymän luomaa skriptiä hieman. Korvaa kenoviivat \ kauttaviivoilla / Maestron binäärin polussa (heti $SCHRODINGER-kohdan jälkeen skriptissä).

Video: Desmond-simulaation ajaminen Puhdissa

Seuraava opastusvideo käy prosessin läpi vaihe vaiheelta:

Viitteet

Viittaa Maestro-moduuleihin kaikissa julkaistuissa töissä moduulien käyttöohjeissa kuvatulla tavalla. Esimerkiksi Jaguar tulee mainita seuraavasti:

Jaguar, version 7.6, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2009.

Lisätietoja

• Ohje ja vinkkejä tehokäyttöön Puhdissa
• Käyttöohje, joka sisältää opastuksia, tulee Maestron käyttöliittymän mukana
• Yleiskatsaus Schrödingerin koulutusmateriaaleihin
  • Life science
  • Materials science
  • Hae maksuttomia paikkoja verkkokursseille
• Maksuttomat oppimisresurssit Schrödingerillä
  • Life science
  • Materials science
• Schrödingerin tietopankissa on laaja artikkelikokoelma, esimerkiksi:
  • How to restart a single Desmond simulation
  • How to restart a Desmond multisim workflow
  • Structure file formats compatible with Maestro
• Videomateriaalit:
  • Molekyylidynamiikkasimulaatioiden valmistelu, ajaminen ja analysointi Desmondilla
  • Getting Going with Maestro
  • Getting Going with Materials Science Maestro
  • Schrödingerin YouTube-kanava
• Maestroa CSC-ympäristössä koskevissa käyttöongelmissa: ota yhteyttä CSC:n asiakastukeen
• Maestro-moduuleihin liittyvissä tieteellisissä kysymyksissä: ota yhteyttä Schrödingerin tukeen

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.