Maestro

CSC:n tarjoamat verkkopohjaiset Schrödinger-sertifiointikurssit

Käyttäjät, jotka kuuluvat CSC:n Schrödinger-lisenssin piiriin, voivat hakea maksutonta käyttöoikeutta osallistuakseen Schrödingerin järjestämille verkkopohjaisille sertifiointikursseille. Tarjolla olevat perus- ja keskitasoiset verkkokurssit keskittyvät useisiin lääkekehitykseen ja materiaalitieteeseen liittyviin aiheisiin.

Lue lisää ja hae täällä

Schrödinger Maestro on monipuolinen molekyylimallinnusympäristö. Siinä on moduuleja lääkekehitykseen ja materiaalitieteeseen. Sitä voidaan käyttää kemiallisten mallijärjestelmien rakentamiseen, muokkaamiseen, ajamiseen ja analysointiin.

Schrödinger Maestro tarjoaa pääsyn Desmond-molekyylidynamiikkamoottoriin, joka toimii erittäin hyvin GPU:illa. Suosittelemme katsomaan alla olevan videon, jossa näytetään, miten Desmond MD -simulaatioita voi helposti valmistella ja ajaa Puhdissa.

Katso myös tämän sivun loppuosa, josta löydät linkkejä muihin itseopiskelumateriaaleihin.

Maestro

Saatavilla

Roihu-CPU: 2025.1, 2025.2, 2025.3, 2025.4, 2026.1
Puhti: 2024.2, 2024.3, 2024.4, 2025.1, 2025.2, 2025.3, 2025.4, 2026.1
Mahti: 2024.2, 2024.3, 2024.4, 2025.1, 2025.2, 2025.3, 2025.4, 2026.1

Maestro-moduuleihin CSC:n supertietokoneilla sovelletaan kahden vuoden siivoussykliä. Käytännössä tämä tarkoittaa, että yli kaksi vuotta vanhat moduuliversiot poistetaan. Tätä käytäntöä noudatetaan levytilan vapauttamiseksi ja uusimpien versioiden käytön edistämiseksi, sillä ne ovat yleensä suorituskykyisempiä ja sisältävät vähemmän virheitä.

Desmond MD -simulaatioita ei voi ajaa Roihussa!

Schrödinger toimittaa ohjelmistopaketistaan vain x86-käännökset. Tämä tarkoittaa, että mitään GPU:ita vaativia Schrödinger-moduuleja, erityisesti Desmondia, ei voi ajaa Roihussa.

CSC tarjoaa Maestro-moduuleja vain Roihu-CPU:ssa puhtaasti CPU-pohjaisiin työkuormiin, kuten virtuaaliseen seulontaan (Glide).

Maestro-versiot, jotka ovat vanhempia kuin 2023.1, eivät toimi 13.3.2025 jälkeen!

Schrödinger on ottanut käyttöön uuden lisenssinhallinnan, joka ei tue Maestro-versioita, jotka ovat vanhempia kuin 2023.1. Tämän vuoksi CSC ei voi enää tarjota lisenssiä Maestro-versioille 2022.4 ja sitä vanhemmille 13. maaliskuuta 2025 jälkeen. Jos et ole vielä tehnyt sitä, siirry käyttämään versiota 2023.1 tai uudempaa mahdollisimman pian!

Huomaa, että myös CSC:n Schrödinger Maestro lisenssin määritysohjeet on päivitetty tämän mukaisesti. Katso lisätiedot alta.

Huomioita varoituksista

Maestro antaa varoituksen, jos käytät kotihakemistossasi olevaa schrodinger.hosts-tiedostoa. Tämä ei ole ongelma: kyseistä tiedostoa ei voida asettaa saataville asennushakemistossa, joten voit jättää tämän varoituksen huomiotta, mutta huomioi mahdolliset muut näkemäsi varoitukset.

Samoin puuttuvia grafiikkakirjastoja koskevat varoitukset ovat yleensä harmittomia. Älä kuitenkaan epäröi ottaa yhteyttä CSC:n asiakastukeen, jos olet epävarma jostakin varoitus- tai virheilmoituksesta, jonka saat käyttäessäsi Maestroa CSC:llä.

Lisenssi

Maestro on kaikkien Suomessa toimivien akateemisten käyttäjien saatavilla: henkilökunnalle ja opiskelijoille akateemisiin tarkoituksiin. Katso tarkka määritelmä EULA-sopimuksesta. Maestron käyttö tarkoittaa, että hyväksyt yllä linkitetyn EULA-sopimuksen. Maestro-lisenssi koostuu kelluvista lisensseistä ja tokeneista. Jos lisenssit loppuvat, ota yhteyttä meihin ServiceDeskin kautta.

Käyttö

On suositeltavaa ladata ja asentaa Maestro omalle tietokoneellesi, katso alla.

Paikallinen asennus

Maestron voi asentaa Linux-, Mac- tai Windows-tietokoneelle. Lataa sopivat tiedostot Schrödingerin verkkosivustolta. Et tarvitse lisenssiä ohjelmiston lataamiseen, vaikka sinun täytyykin ensin rekisteröityä Schrödingerin verkkosivustolle. Huomaa, että käyttöoikeuden saaminen voi kestää jopa 24 tuntia, joten ole kärsivällinen.

Kun olet ladannut ja asentanut Maestron, sinun täytyy määrittää lisensointi, jotta voit ajaa ohjelmistoa. Katso nämä ohjeet lisensoinnin määrittämiseen (Eduuniin kirjautuminen vaatii Haka-tunnistautumisen). Lisenssin käyttö edellyttää, että tietokoneesi on FUNET-verkossa, eli olet yliopistolla tai yhteydessä siihen kotoa VPN:n kautta.

Tärkeä huomio

Schrödingerin versiossa 2025.4 ja sitä uudemmissa Job Server -järjestelmä on oletuksena käytössä. Koska tätä ei tällä hetkellä tueta CSC:llä, käyttäjien, jotka käyttävät CSC:n tarjoamia schrodinger.hosts-tiedostoja syötetiedostojen kirjoittamiseen CSC:n supertietokoneilla ajettaviksi, täytyy määrittää paikallinen asennuksensa käyttämään vanhaa Job Control -järjestelmää. Toimi seuraavasti:

Linux / macOSWindows

Avaa pääte ja suorita:

$SCHRODINGER/utilities/feature_flags -d JOB_SERVER

Käynnistä Maestro uudelleen, jos käyttöliittymä oli auki komentoa suoritettaessa.

Avaa Schrödinger Command Prompt ja suorita:
```
featureflags off JOB_SERVER
```
Käynnistä Maestro uudelleen, jos käyttöliittymä oli auki komentoa suoritettaessa.

Itsenäinen käyttö Puhdissa

Puhti vs. Mahti

Huomaa, että Mahti soveltuu pääasiassa Desmond MD -simulaatioiden ajamiseen GPU:illa. Useimmat muut työt eivät skaalaudu kokonaisille solmuille, joten käytä niihin mieluummin Puhtia. Jos olet epävarma, ota yhteyttä meihin.

Raskaampia laskentoja on mahdollista ajaa Puhdissa. Tässä annetaan lyhyt yleiskatsaus. Lisätietoja ja joitakin diagnostiikkavinkkejä on selitetty Maestron tehokäytön ohjeessa. Katso myös alla oleva video.

Ensin sinun täytyy hankkia CSC-käyttäjätunnus ja hakea käyttöoikeutta Puhtiin. Ennen kuin aloitat varsinaisen alla kuvatun työnvuon, sinun täytyy määrittää Maestro-ympäristösi Puhdissa.

Nämä neljä ensimmäistä vaihetta tarvitsee tehdä vain kerran:

Muodosta SSH-yhteys Puhtiin
- ssh <your username>@puhti.csc.fi
Alusta Maestro komennolla module load maestro
- Varmista, että käytät samaa versiota kuin paikallisella tietokoneellasi
Näytölle saattaa tulla virheilmoitus. Jos siinä pyydetään suorittamaan skripti hosts-tiedoston luomiseksi, suorita se (kopioi ja liitä se komentoriville)
- Nyt sinulla on oma schrodinger.hosts-tiedosto $HOME-hakemistossasi
Kopioi HOST-kuvaukset Puhdin schrodinger.hosts-tiedostosta tietokoneesi paikalliseen hosts-tiedostoon
- Kopioi kaikki kohdasta name: test alkaen ja liitä se paikallisen schrodinger.hosts-tiedostosi loppuun
- Tämä vaihe saattaa vaatia järjestelmänvalvojan oikeudet

Varsinaisia simulaatioita varten suosittelemme käyttämään Puhtia seuraavasti:

Valmistele simulaatiot paikallisella tietokoneellasi
Kirjoita käyttöliittymän luomat syötetiedostot levylle
Kopioi ne Puhtiin esimerkiksi scp:llä tai Puhdin selainkäyttöliittymän kautta
Muokkaa tarvittaessa ajoskriptiä (your-jobname.sh)
Suorita skripti Puhdin komentorivillä lähettääksesi työt jonotusjärjestelmään
Kopioi tulokset takaisin analysointia varten

Huomio

Maestro-töitä ei ajeta eräskriptien kautta kuten useimpia muita CSC:n sovelluksia, vaan Schrödingerin binaareilla valitsimien avulla.

Esimerkiksi Desmond-työvuo voidaan ajaa seuraavalla skriptillä:

"${SCHRODINGER}/utilities/multisim" -JOBNAME 2hhb_test -HOST gputest  \
-maxjob 1 -cpu 1 -m 2hhb_test.msj -c 2hhb_test.cfg -description "Molecular Dynamics" \
2hhb_test.cms -mode umbrella -set stage[1].set_family.md.jlaunch_opt=["-gpu"] \
-o 2hhb_test-out.cms -lic "DESMOND_GPGPU:16 -set "stage[1].set_family.md.jlaunch_opt=["\-LOCAL\"]" \
-LOCAL"

Skriptit ovat yleensä melko monimutkaisia, joten ne kannattaa kirjoittaa ulos Maestron käyttöliittymästä yllä kuvatulla tavalla. Tutustu myös suosittelemiimme lisävalitsimiin.

Tällaisen skriptin lähettämiseksi Puhdissa sinun täytyy ensin ladata Maestro ja sitten suorittaa skripti

module load maestro
bash your_script_name.sh

Maestron käyttöliittymä

Emme suosittele Maestron käyttöliittymän ajamista etänä Puhdissa. Se on mahdollista Puhdin selainkäyttöliittymän etätyöpöydän kautta, mutta suorituskyky voi olla jonkin verran hidas ja lähetetyt työt voivat epäonnistua. Lisäksi mitään pitkiä/raskaita tehtäviä ei pidä tehdä kirjautumissolmuilla. Katso lisätietoja käyttösäännöt -sivulta.

Huomio Windows-käyttäjille

Windows-käyttäjien täytyy ehkä muokata käyttöliittymän luomaa skriptiä hieman. Korvaa kenoviivat \ kauttaviivoilla / Maestron binaarin polussa (heti $SCHRODINGER-kohdan jälkeen skriptissä).

Video: Desmond-simulaation ajaminen Puhdissa

Seuraava opastusvideo käy prosessin läpi:

Viitteet

Viittaa Maestro-moduuleihin kaikissa julkaistuissa töissä moduulien käyttöoppaissa kuvatulla tavalla. Esimerkiksi Jaguar tulee mainita seuraavasti:

Jaguar, version 7.6, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2009.

Lisätietoja

Opastus ja vinkkejä tehokäyttöön Puhdissa
Käyttöopas opastuksineen sisältyy Maestron käyttöliittymään
Yleiskatsaus Schrödingerin koulutusmateriaaleihin
Maksuttomat oppimisresurssit Schrödingerillä
- Life science
- Materials science
Schrödingerin tietämyskanta sisältää laajan artikkelikokoelman, esimerkiksi:
Videomateriaalit:
Maestroa CSC-ympäristössä koskevat ongelmat: ota yhteyttä CSC:n asiakastukeen
Maestro-moduuleihin liittyvät tieteelliset kysymykset: ota yhteyttä Schrödingerin tukeen