SALMON
Salmon on nopea ohjelma erittäin tarkkojen transkriptitason kvantifiointiarvioiden tuottamiseen RNA-seq-datasta. Salmon saavuttaa tarkkuutensa ja nopeutensa useiden eri innovaatioiden avulla, mukaan lukien kvasi-kohdistuksen käyttö (tarkat mutta nopeasti laskettavat vastineet perinteisille lukukohdistuksille) sekä laajasti rinnakkaistettu stokastinen collapsed variational inference. Tuloksena on monipuolinen työkalu, joka sopii hyvin moniin työnkulkuihin. Voit esimerkiksi hyödyntää kvasi-kohdistusalgoritmia antamalla Salmonille raakasekvensointilukuja, tai jos se on kätevämpää, voit antaa sille tavallisia kohdistuksia (esim. lajittelemattoman BAM-tiedoston, joka on tuotettu haluamallasi kohdistusohjelmalla), jolloin se käyttää samaa nopeaa, alan huipputasoa edustavaa päättelyalgoritmia kokeesi transkriptitason runsauden arviointiin.
Huom
Salmon toimii kohdistamalla (kvasi-)sekvensointiluvut suoraan transkriptomiin. Tämä tarkoittaa, että Salmon-indeksi tulee rakentaa kohdetranskriptien joukolle, ei taustalla olevan organismin genomille. Jos indeksointi näyttää kestävän hyvin pitkään tai käyttävän valtavan määrän muistia (mitä sen ei pitäisi tehdä), varmista, ettet yritä rakentaa indeksiä organismin genomille!
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Puhti: 0.14.2, 0.99.0b2, 1.1.0, 1.4.0, 1.9.0
Käyttö
Puhdissa salmon-komento aktivoidaan lataamalla Salmon-moduuli.
Käyttöohjeen saat komennolla:
Huom
Biokit-moduulin lataaminen lataa Salmonin vanhemman version, joka tulee Trinityn mukana. Käyttääksesi Salmonin uusinta versiota lataa Salmon-moduuli suoraan yllä kuvatulla tavalla.