SALMON

Salmon on nopea ohjelma erittäin tarkkojen transkriptitason kvantifiointiarvioiden tuottamiseen RNA-seq-datasta. Salmon saavuttaa tarkkuutensa ja nopeutensa useiden eri innovaatioiden avulla, mukaan lukien kvasi-kohdistuksen käyttö (tarkat mutta nopeasti laskettavat vastineet perinteisille lukukohdistuksille) sekä massiivisesti rinnakkainen stokastinen kollapsoitu varianssipäättely. Tuloksena on monipuolinen työkalu, joka sopii hyvin moniin putkiin. Voit esimerkiksi hyödyntää kvasi-kohdistusalgoritmia antamalla Salmonille raakasekvensointilukuja, tai jos se on kätevämpää, voit antaa sille tavallisia kohdistuksia (esim. lajittelemattoman BAM-tiedoston, joka on tuotettu haluamallasi kohdistusohjelmalla), jolloin se käyttää samaa nopeaa, alan huipputasoa edustavaa päättelyalgoritmia transkriptitason runsausarvioiden laskemiseen kokeellesi.

Huomautus

Salmon toimii kohdistamalla (kvasi-)sekvensointilukuja suoraan transkriptomiin. Tämä tarkoittaa, että Salmon-indeksi tulee rakentaa kohdetranskriptien joukolle, ei taustalla olevan organismin genomille. Jos indeksointi näyttää kestävän hyvin pitkään tai käyttävän valtavan määrän muistia (mitä sen ei pitäisi tehdä), varmista, ettet yritä rakentaa indeksiä organismin genomille!

SALMON

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia BSD 3-Clause -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 2.8.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Salmon on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Salmon-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load salmon/2.8.0

Saat käyttöohjeen komennolla:

salmon --help

Rakenna Salmon 1.x:llä tehdyt indeksit uudelleen

Salmon 2 on Salmonin täydellinen uudelleenkirjoitus, eikä sen indeksimuoto ole yhteensopiva Salmon 1.x:n kanssa. Vanhemmilla versioilla, esimerkiksi Puhdissa, rakennetut indeksit on rakennettava uudelleen komennolla salmon index.

Esimerkkieräajokomentosarja

Seuraava eräajokomentosarja rakentaa indeksin transkriptijoukolle ja kvantifioi paripäiset luvut sitä vasten:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=salmon
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load salmon/2.8.0

salmon index -t transcripts.fasta -i salmon_index -p $SLURM_CPUS_PER_TASK
salmon quant -i salmon_index -l A -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq \
  -p $SLURM_CPUS_PER_TASK -o sample_quant

Transkriptitason arviot kirjoitetaan tiedostoon sample_quant/quant.sf. Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Salmon-dokumentaatio