VSEARCH

VSEARCH on monipuolinen avoimen lähdekoodin työkalu metagenomiikkaan. Se tarjoaa nopean haun, klusteroinnin, kimeerien tunnistuksen, deduplikoinnin, osittaisotannan ja muita toimintoja nukleotidisekvensseille, ja on yleinen avoimen lähdekoodin vaihtoehto USEARCHille.

• VSEARCH
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

• Roihu: 2.22.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

VSEARCH on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten VSEARCH-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load vsearch/2.22.1

Esimerkiksi sekvenssien klusterointi 97 %:n identtisyydellä:

vsearch --cluster_fast input.fasta --id 0.97 --centroids centroids.fasta --threads 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vsearch
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load vsearch/2.22.1

vsearch --cluster_fast input.fasta --id 0.97 --centroids centroids.fasta --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• VSEARCHin GitHub-repositorio

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .