VSEARCH
VSEARCH on monipuolinen avoimen lähdekoodin työkalu metagenomiikkaan. Se tarjoaa nopean haun, klusteroinnin, kimeerien tunnistuksen, deduplikoinnin, osittaisotannan ja muita toimintoja nukleotidisekvensseille, ja on yleinen avoimen lähdekoodin vaihtoehto USEARCHille.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 2.22.1,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
VSEARCH on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten VSEARCH-moduuli:
Esimerkiksi sekvenssien klusterointi 97 %:n identtisyydellä:
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=vsearch
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
module load bio-apps/v202603
module load vsearch/2.22.1
vsearch --cluster_fast input.fasta --id 0.97 --centroids centroids.fasta --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.