medaka
medaka on työkalu konsensussekvenssien ja varianttikutsujen luomiseen Oxford Nanopore -sekvensointidatasta. Se käyttää neuroverkkoja, joita sovelletaan yksittäisten sekvensointilukujen pileupiin luonnoskokoonpanoa vasten. Roihussa se on tarjolla GPU-kiihdytettynä versiona GH200-GPU-solmuille.
Lisenssi
Medaka jaetaan Oxford Nanopore Technologies PLC Public License v1.0 -lisenssillä. Lisenssi sallii käytön ainoastaan tutkimustarkoituksiin, jotka määritellään sisäiseksi tutkimukseksi, jota ei ole tarkoitettu kaupallisen hyödyn tai rahallisen korvauksen tavoitteluun eikä suunnattu siihen. Lisenssi sallii myös sponsoroidun tai apurahoin rahoitetun tutkimuksen.
Saatavuus
- Roihu-GPU: 2.2.2 (moduuli
py-medaka),bio-apps-moduulin kautta (vain GPU-solmut).
medaka toimii Roihun GPU-solmuilla (GH200). Kirjaudu osoitteeseen roihu-gpu.csc.fi ja lataa
moduulit siellä, jotta saat käyttöösi GPU-version.
Käyttö
medaka kuuluu Roihun bio-apps -kokoelmaan. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten medaka-moduuli:
Luonnoskokoonpanon viimeistelyn pääasiallinen komentorivin aloituskomento on medaka_consensus. medaka
lataa tarvittavan mallin ensimmäisellä käyttökerralla; suorita se kirjoitettavasta työhakemistosta (esimerkiksi
projektisi /scratch-hakemistossa).
Esimerkkieräajokomentosarja
medakan neuroverkkopäättely suoritetaan GPU:lla, joten lähetä työ GPU-solmulle:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=medaka
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=gpumedium
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=32
#SBATCH --gres=gpu:gh200:1
module load bio-apps/v202603
module load py-medaka/2.2.2
medaka_consensus -i reads.fq.gz -d draft_assembly.fasta -o medaka_out -t $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle sekä käytettävissä olevista GPU-resursseista sivulta GPU-osiot.