BBMap

BBMap on osa BBTools-ohjelmistopakettia, joka on kokoelma nopeita työkaluja DNA- ja RNA-seq-datalle. bbmap.sh-lyhytlukukohdistimen lisäksi paketti sisältää työkaluja kuten bbduk.sh (adapterien/laadun trimmaus ja suodatus), reformat.sh (muodon muunnos), bbmerge.sh (lukujen yhdistäminen) ja monia muita.

BBMap

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia BSD 3-Clause (LBNL) -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 39.59, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

BBMap on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten BBMap-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load bbmap/39.59

BBToolsin ohjelmat ovat erillisiä komentotulkkiskriptejä, esimerkiksi:

bbmap.sh in=reads.fq ref=genome.fa out=mapped.sam
bbduk.sh in=reads.fq out=clean.fq ref=adapters.fa ktrim=r k=23 mink=11 hdist=1

Moduuli asettaa BBMAP_RESOURCES-ympäristömuuttujan, joka osoittaa mukana toimitettuihin viitetiedostoihin, kuten adapteri- ja kontaminanttisekvensseihin (esimerkiksi $BBMAP_RESOURCES/adapters.fa).

BBTools-skriptit yrittävät tunnistaa käytettävissä olevan muistin automaattisesti, mikä jaetun klusterisolmun tapauksessa voi pyytää enemmän kuin olet varannut. Roihussa Java-keon koko kannattaa asettaa eksplisiittisesti -Xmx-valinnalla vastaamaan Slurm-muistivaraustasi, ja säikeiden määrä kannattaa asettaa threads=-parametrilla.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bbduk
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load bbmap/39.59

bbduk.sh -Xmx15g threads=$SLURM_CPUS_PER_TASK \
    in=reads.fq out=clean.fq \
    ref=$BBMAP_RESOURCES/adapters.fa ktrim=r k=23 mink=11 hdist=1

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki