Hyppää sisältöön

Puhdin ja Mahdin laskentapalvelut ovat poistuneet käytöstä. Puhdin ja Mahdin kirjautumisnoodit sekä tallennustila ovat saatavilla 15. lokakuuta 2026 asti, mutta ne eivät enää ole palvelusopimusten piirissä. Ryhdythän toimiin datan siirtämiseksi Roihuun välittömästi. Ohjeita löydät sivulta Roihun datan siirto-opas.

CSD

Cambridge Structural Database on kokoelma pieniä molekyylejä sisältäviä orgaanisia ja organometallisia kiderakenteita, jotka on määritetty röntgen- ja neutronidiffraktiotekniikoilla.

Saatavuus

  • Roihu-CPU: CSD, versio 2026.1
  • Lataa ja asenna paikallisesti

Suorita module spider ccdc nähdäksesi moduuliversiot ja miten ne ladataan.

Lisenssi

CSC tarjoaa kansallisen lisenssin, joka sallii rajattoman määrän asennuksia akateemiseen käyttöön yliopistoissa ja voittoa tavoittelemattomissa tutkimuslaitoksissa sekä pääsyn WebCSD:hen organisaation IP (Internet Protocol) -osoitealueilta. Tällä hetkellä seuraavilla yliopistoilla on pääsy CSD:hen: Aalto, Helsinki, Oulu, Itä-Suomi, Jyväskylä, Turku, Åbo Akademi, Lappeenrannan teknillinen yliopisto, Maanpuolustuskorkeakoulu. Jos haluat oman yliopistosi tai tutkimuslaitoksesi lisättävän, täytä lisenssisopimus ja ota meihin yhteyttä Service Deskin kautta

CSD-komponenttien käyttö edellyttää näiden ehtojen noudattamista.

Käyttö

Cambridge Structural Database System sisältää kaksi pääkomponenttia:

  • Cambridge Structural Database (CSD)
  • Ohjelmisto CSD:n sisällön hakuun, noutoon, näyttämiseen ja analysointiin: ConQuest, VISTA, PreQuest, Superstar, Mercury, GOLD ja CSD-CrossMiner.

Ohjelmistot CSD-tietueiden käyttöön ja analysointiin:

  • ConQuest haku- ja nouto-ohjelmisto
  • Mercury datan graafinen näyttö, analyysi ja visualisointi
  • Hermes analyysityökalujen pääasiallinen graafinen käyttöliittymä
  • CSD-Editor organisaation sisäiset tietokannan luontityökalut (aiemmin PreQuest)
  • IsoStar molekyylienvälisten vuorovaikutusten tietämyskanta
  • Mogul molekyyligeometrian tietämyskanta
  • SuperStar proteiini-ligandi-vuorovaikutusten ennustaminen kokeelliseen tietämyskantadataan perustuen
  • WebCSD selainpääsy CSD-tietokantaan
  • CrossMiner interaktiivinen monipuolinen farmakoforikyselytyökalu
  • DASH kiderakenteiden interaktiivinen ratkaiseminen jauhediffraktiodatasta (vain Windowsille)

CSD Systemiin on kolme tapaa päästä käsiksi:

Alusta CSD Roihu-CPU:ssa:

module load ccdc/2026.1

CSD:n käyttäminen paikallisena asennuksena

Paikallinen asennus on suositeltu tapa tehokäyttäjille. Se toimii Windowsissa ja Linuxissa. Täysi asennus vaatii noin 18 Gt levytilaa.

  1. Lataa asennusmedia CCDC:n verkkosivustolta. Lataus vaatii yliopistosi sivustonumeron ja vahvistuskoodin.
  2. Asenna ohjelmisto tietokoneellesi.
  3. Aktivoi tuote CCDC Software Activation -työkalulla. Aktivointi vaatii myös sivustonumeron ja vahvistuskoodin.

Tarvittavien koodien saamiseksi ota yhteyttä joko CSC Service Deskiin tai yliopistosi paikalliseen CSD-ylläpitäjään. Yliopistosi on oltava kansallisen lisenssin piirissä (katso Lisenssi).

CSD:n käyttäminen Roihussa selainkäyttöliittymän kautta

Graafiset CSD-ohjelmat toimivat Roihussa Roihun selainkäyttöliittymässä (Open OnDemand). Tarvitset vain verkkoselaimen ja CSC-käyttäjätunnuksen. Tietokoneellesi ei asenneta mitään. Käytä Accelerated visualization -sovellusta.

Huom.

Käytä Accelerated Visualization -sovellusta, älä Desktop-sovellusta. Katso Tunnetut ongelmat.

  1. Avaa Roihun selainkäyttöliittymä ja kirjaudu sisään CSC-käyttäjätunnuksellasi.
  2. Avaa Accelerated Visualization (Graphical applications -kohdasta). Valitse Project ja aseta resurssit: Number of CPU cores, Memory (GiB) ja Time. Jätä Reservation arvoksi No reservation. Partition on vizinteractive, joka varaa yhden GPU:n (L40).
  3. Käynnistä sovellus. Kun istunto on käynnistynyt, yhdistä verkkoselaimella (noVNC, Launch Desktop).
  4. Avaa istunnossa pääte ja siirry sopivaan työhakemistoon.
  5. Lataa CSD-moduuli komennolla module load ccdc/2026.1.

Nyt sinulla on pääsy CSD-ohjelmiin, kuten ConQuestiin, Hermekseen, Mercuryyn ja Moguliin. Käynnistä ne kirjoittamalla päätteeseen vastaavasti cq, hermes, mercury tai mogul. Huomaa, että GUI:n (graafinen käyttöliittymä) suorituskyky voi olla jonkin verran hitaampi kuin paikallisessa asennuksessa.

Laskutus

Istunto käyttää GPU-laskutusyksiköitä (BUs): yksi visualisointi-GPU kuluttaa GPU-laskutusyksiköitä suunnilleen samalla nopeudella kuin täysi CPU-solmu kuluttaa CPU-laskutusyksiköitä. Enimmäisajoaika on 12 tuntia. Pidä istunto auki vain silloin, kun käytät sitä, ja poista se My Interactive Sessions -sivulla, kun olet valmis.

GOLD on oma sivunsa Docs CSC:ssä.

WebCSD:n käyttäminen suoraan selaimella

WebCSD:n toiminnallisuus on rajallisempi kuin muissa vaihtoehdoissa. Se tarjoaa suurimman osan hakutoiminnoista.

  1. Käytä tietokonetta, joka on lisensoidun yliopiston IP (Internet Protocol) -osoitealueella. Tämä voi olla kampusverkon tietokone tai yliopiston VPN:n kautta yhdistetty tietokone.
  2. Siirry selaimella WebCSD-palveluun.

Pääsy ei vaadi lisätunnistautumista. Jos ongelmia ilmenee, ota yhteyttä CSC Service Deskiin.

Tunnetut ongelmat

Mercury ei käynnisty Desktop-sovelluksessa. Virheilmoitus on error while loading shared libraries: libOpenGL.so.0. OpenGL-kirjasto puuttuu Desktop-laskentasolmuilta. Käytä sen sijaan Accelerated Visualization -sovellusta.

ConQuest: "Failed to initialize 3D visualiser". Lokitiedoston ~/togl_error_init*.log virhe on couldn't choose pixel format. 3D-visualisoija ei toimi Accelerated Visualization- eikä Desktop-sovelluksissa. Käynnistä ConQuest ilman sitä:

module load ccdc/2026.1
cq -no3d

Haut ja 2D-rakennekaaviot toimivat ilman 3D-visualisoijaa.

Mercuryn käynnistyessä näkyvät viestit qtwebengine_dictionaries ja zygote_host_impl_linux.cc ... Permission denied ovat harmittomia.

Jos CSD-ohjelmat pyytävät aktivointia, lataa ensin moduuli (module load ccdc/2026.1). Älä syötä lisenssiavainta.

Viitteet

Uusi ohjelmisto Cambridge Structural Databasen hakuun ja kiderakenteiden visualisointiin
I. J. Bruno, J. C. Cole, P. R. Edgington, M. Kessler, C. F. Macrae, P. McCabe, J. Pearson and R. Taylor, Acta Crystallogr., B58, 389-397, 2002

Ohjelmakohtaiset viitteet löytyvät kustakin online Documentation and Resources -sivusta

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.