CSD

Cambridge Structural Database on kokoelma pienten molekyylien orgaanisia ja organometallisia kiderakenteita, jotka on määritetty röntgen- ja neutronidiffraktiotekniikoilla.

Lisenssi

CSC tarjoaa kansallisen lisenssin, joka mahdollistaa rajattoman määrän asennuksia akateemiseen käyttöön yliopistoissa ja voittoa tavoittelemattomissa tutkimuslaitoksissa sekä pääsyn WebCSD:hen organisaation IP-osoitealueilta. Tällä hetkellä seuraavilla yliopistoilla on pääsy CSD:hen: Aalto, Helsinki, Oulu, Itä-Suomi, Jyväskylä, Turku, Åbo Akademi, Lappeenrannan teknillinen yliopisto, Maanpuolustuskorkeakoulu. Jos haluat oman yliopistosi tai tutkimuslaitoksesi lisättävän, täytä lisenssisopimus ja ota meihin yhteyttä Service Deskin kautta

CSD-komponenttien käyttö edellyttää näiden ehtojen noudattamista.

Saatavuus

Puhti: 2022.2, 2023.2
Lataa ja asenna paikallisesti

Suorita module spider ccdc nähdäksesi moduuliversiot ja niiden latausohjeet.

Käyttö

Cambridge Structural Database System koostuu kahdesta pääosasta:

Cambridge Structural Database (CSD)
Ohjelmistot CSD:n sisällön hakuun, noutoon, näyttämiseen ja analysointiin: ConQuest, VISTA, PreQuest, Superstar, Mercury, GOLD ja CSD-CrossMiner.

Ohjelmistot CSD-tietueiden käyttöön ja analysointiin:

ConQuest haku- ja nouto-ohjelmisto
Mercury datan graafinen näyttö, analyysi ja visualisointi
Hermes analyysityökalujen pääasiallinen graafinen käyttöliittymä
CSD-Editor organisaation sisäiset tietokannan luontityökalut (aiemmin PreQuest)
IsoStar molekyylienvälisten vuorovaikutusten tietämyskanta
Mogul molekyyligeometrian tietämyskanta
SuperStar proteiini-ligandi-vuorovaikutusten ennustaminen kokeelliseen tietämyskantadataan perustuen
WebCSD selainpääsy CSD-tietokantaan
CrossMiner interaktiivinen ja monipuolinen farmakoforikyselytyökalu
DASH kiderakenteiden interaktiivinen ratkaiseminen jauhediffraktiodatasta (vain Windowsille)

CSD Systemiin on kolme tapaa päästä käsiksi:

Paikallinen asennus (Windows tai Linux, vie paljon levytilaa)
CSD Systemin käyttö Puhdin selainkäyttöliittymän kautta
WebCSD (rajoitettu toiminnallisuus), siirry selaimella osoitteeseen CCDC:n verkkopalvelin

CSD:n käyttäminen paikallisena asennuksena

Asennusmedia voidaan ladata CCDC:n verkkosivustolta, mutta siihen tarvitaan yliopistosi toimipaikkanumero ja vahvistuskoodi. Asennuksen jälkeen tuote täytyy aktivoida. Tarvittavien koodien saamiseksi ota yhteyttä joko CSC Service Deskiin tai yliopistosi paikalliseen CSD-ylläpitäjään. Tämä on suositeltu tapa tehokäyttäjille. Täysi asennus vaatii noin 18 Gt levytilaa.

CSD:n käyttäminen Puhdissa

Avaa Puhdin selainkäyttöliittymä verkkoselaimella ja kirjaudu sisään CSC-käyttäjätunnuksellasi.

Käynnistä siellä Desktop.
Avaa pääte ja siirry sopivaan työhakemistoon.
Lataa CSD-moduuli komennolla module load ccdc.

Nyt sinulla on pääsy CSD-ohjelmiin, kuten ConQuestiin, Hermekseen, Mercuryyn ja Moguliin. Käynnistä ne kirjoittamalla päätteeseen vastaavasti cq, hermes, mercury tai mogul. Huomaa, että graafisen käyttöliittymän suorituskyky voi olla jonkin verran hitaampi kuin paikallisessa asennuksessa.

GOLD:lla on oma sivunsa Docs CSC:ssä.

WebCSD:n käyttäminen suoraan selaimella

WebCSD-palvelu tarjoaa suurimman osan hakutoiminnoista suoraan selaimen kautta tietokoneilta, jotka ovat lisensoidun yliopiston IP-osoitealueella. Käyttö ei vaadi lisätunnistautumista. Jos ongelmia ilmenee, ota yhteyttä CSC:n Service Deskiin.

Viitteet

Uusi ohjelmisto Cambridge Structural Databasen hakuun ja kiderakenteiden visualisointiin
I. J. Bruno, J. C. Cole, P. R. Edgington, M. Kessler, C. F. Macrae, P. McCabe, J. Pearson and R. Taylor, Acta Crystallogr., B58, 389-397, 2002

Ohjelmakohtaiset viitteet löytyvät kustakin verkossa olevasta dokumentaatiosta ja resursseista

Lisätietoja

Tuotekohtaiset UKK:t ja hyödylliset käyttöoppaat, opastusmateriaalit jne. ovat saatavilla CSD:n verkkosivustolla.