SRA Toolkit (sra-tools)

NCBI:n SRA Toolkit ja SDK on työkalujen ja kirjastojen kokoelma INSDC Sequence Read Archivesin (SRA) datan käyttöön. Se sisältää työkaluja, kuten prefetch (lataamiseen) ja fasterq-dump (SRA-datan muuntamiseen FASTQ-muotoon).

SRA Toolkit (sra-tools)

Lisenssi

Yhdysvaltain National Library of Medicine on julkaissut SRA Toolkitin public domain -lisenssillä. Katso sra-tools-repositorio.

Saatavuus

Roihu: 3.3.0 (moduuli sra-tools), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

sra-tools on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load sra-tools/3.3.0

Asetukset

Ensimmäisellä käyttökerralla määritä työkalupakki komennolla vdb-config ja ohjaa sen välimuisti sijaintiin, jossa on tilaa (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon), jotta se ei täytä kotihakemistoasi.

Lataa accession-tunnus ja muunna se FASTQ-muotoon:

prefetch SRR000001
fasterq-dump SRR000001 --threads 8 --outdir fastq

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=fasterq-dump
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load sra-tools/3.3.0

fasterq-dump SRR000001 --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK --outdir fastq

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki