Virtuaalityöpöydän mukauttaminen lisäämällä analyysiohjelmistoja ja -työkaluja

Esivaatimukset

Virtuaalityöpöydän ohjelmistot

Virtuaalityöpöydällä on valmiiksi asennettuna joukko perustyökaluja ja ohjelmistoja, joita voit käyttää heti (lueteltu alla). Tämä alkuperäinen työkalupaketti sisältää kuitenkin melko rajallisen valikoiman avoimen lähdekoodin ohjelmistoja. Voit muuttaa virtuaalityöpöydän monipuoliseksi tutkimustyötilaksi omiin tarpeisiisi sopivaksi käyttämällä yksinkertaista SD Software Installer -sovellusta, joka auttaa ohjelmistojen lisäämisessä ja virtuaalityöpöydän mukauttamisessa. Teknisesti kokeneille käyttäjille on myös mahdollista luoda mukautettuja kontteja Apptainerilla tai Podmanilla.

Alta löydät:

Ohjelmistojen lisääminen: taustatiedot ja rajoitukset
Mukauttaminen SD Software Installerilla (aiempaa kokemusta ei tarvita)
Mukauttaminen Apptainerilla ja Podmanilla (edistynyt; vaatii teknistä osaamista).

Note

Älä epäröi ottaa yhteyttä CSC:n asiakastukeen (aihe: SD Services), jos sinulla on kysyttävää ohjelmistovalikoimasta. Voimme tukea sinua työpöydän mukauttamisessa.

Ohjelmistojen lisääminen: taustatiedot ja rajoitukset

Virtuaalityöpöydät (tai virtuaalikoneet) on turvallisuussyistä tarkoituksella eristetty internetistä. Tämän vuoksi lisäohjelmistojen ja kirjastojen lisääminen ei ole suoraviivaista.
SD Desktop tukee vain avoimen lähdekoodin ohjelmistoja; lisensoituja ohjelmistoja ei tueta.
Verkkoyhteyden puuttuminen estää tavanomaisten asennustyökalujen, kuten git, coda, cpan tai pip, käytön niiden tavallisella tavalla, koska nämä työkalut tukeutuvat ulkoisiin repositorioihin. Lisäksi SD Desktopin käyttäjillä ei ole tarvittavia pääkäyttäjäoikeuksia korotettuja oikeuksia vaativien toimintojen suorittamiseen.
Lisäohjelmistojen lisääminen SD Desktopiin on mahdollista, mutta se edellyttää asennusvaiheiden muuntamista erityisiksi tiedostoiksi. Nämä tiedostot ladataan SD Connectiin ja kopioidaan sieltä SD Desktopiin asennusta varten. Tässä prosessissa suosittelemme käyttämään Apptainer-kontteja tarvitsemiesi ohjelmistojen tuomiseen, mutta Apptainer ei ole ainoa vaihtoehto. Voit tuoda ohjelmistoja myös esimerkiksi Appimage-tiedostoina, Ubuntu 22.04 -yhteensopivina binaareina tai lähdekoodina.

Mukauttaminen SD Software Installerilla

SD Software Installer tarjoaa helppokäyttöisen työkalun joidenkin yleisesti käytettyjen ohjelmistojen lisäämiseen SD Desktopiin (esim. Rstudio 4.5.1, Whisper, VSCode ja GATK). SD Software Installer on CSC:n tarjoama sovellus. Käyttäjät eivät voi lisätä omia työkalujaan SD Software Installeriin, mutta voit lähettää pyyntöjä uusien työkalujen lisäämisestä ottamalla yhteyttä CSC:n asiakastukeen (aihe: SD Desktop). Pääset sovellukseen seuraamalla alla olevaa vaiheittaista ohjetta.

SD Software Installerin kautta saatavilla olevat ohjelmistot

Kategoria	Työkalu
Tilastotiede	RStudio 4.5.1 - R-tilastotyökalu graafisella käyttöliittymällä ja aputyökaluilla kirjastojen lisäämiseen. Asennuksen jälkeen napsauta RStudio-työpöytäkuvaketta hiiren oikealla painikkeella ja valitse: Allow launching.
	PSPP 2.0.1 - Avoimen lähdekoodin vaihtoehto SPSS-tilastotyökalulle. Asennuksen jälkeen napsauta PSPP-työpöytäkuvaketta hiiren oikealla painikkeella ja valitse: Allow launching.
	Octave 9.3.0 - Matlab-yhteensopiva tieteellinen ohjelmointikieli graafisella käyttöliittymällä Asennuksen jälkeen napsauta Octave-työpöytäkuvaketta hiiren oikealla painikkeella ja valitse: Allow launching.
Kuvantaminen ja videot	Audacity - Äänieditori. Asennuksen jälkeen napsauta Audacity-työpöytäkuvaketta hiiren oikealla painikkeella ja valitse: Allow launching.
	ELAN 6.7 - Annotointityökalu ääni- ja videotallenteille. Asennuksen jälkeen napsauta ELAN-työpöytäkuvaketta hiiren oikealla painikkeella ja valitse: Allow launching.
	OpenShot 3.1.1 - Videoeditori. Tämä työkalu toimii vain Ubuntu 22 -pohjaisissa virtuaalityöpöydissä. Asennuksen jälkeen napsauta OpenShot-työpöytäkuvaketta hiiren oikealla painikkeella ja valitse: Run as a program.
	Praat - Työkalupakki puheen ja äänen analysointiin.
	QuPath 0.6.0 - Ohjelmisto bioimage-analyysiin.
	Whisper - Automaattinen puheentunnistus.
Geotieteet	QGIS 3.1.1 - Vapaa ja avoimen lähdekoodin paikkatietojärjestelmä. QGIS CSC:n palvelimilla
Biotieteet	GATK - Genomianalyysityökalupakki, joka keskittyy varianttien tunnistamiseen.
	GCTA 1.94.1 - Työkalu koko genomin laajuiseen kompleksisten ominaisuuksien analyysiin.
	GCTB 2.05b - Koko genomin laajuinen kompleksisten ominaisuuksien bayesilainen analyysi.
	IGV 2.16.2 - Integrated Genomics Viewer. Asennuksen jälkeen napsauta IGV-työpöytäkuvaketta hiiren oikealla painikkeella ja valitse: Allow launching.
	MultiQC 1.10 - NGS-lukujen laaduntarkistustyökalu.
	PLINK2 - Työkalukokonaisuus koko genomin assosiaatioanalyysiin.
	PRSice 2.0 - Polygeenisten riskipisteiden ohjelmisto polygeenisten riskipisteanalyysien (PRS) tulosten laskemiseen, soveltamiseen, arviointiin ja visualisointiin.
	Regenie 3.3 - Ohjelma suurten koko genomin laajuisten assosiaatiotutkimusten koko genomin regressiomallinnukseen.
	Salmon 1.9.0 - Ohjelma transkriptitasoisten kvantifiointiarvioiden tuottamiseen RNA-seq-datasta. Salmon 1.9.0 CSC:n palvelimilla
Muut	CSC-työkalut, sisältää: auto-apptainer - Työkalu komentorivisovellusten lisäämiseen CSC:n tarjoaman Apptainer-konttikirjaston avulla. Backup tool - Aputyökalu varmuuskopioinnin ja viennin automatisointiin SD Desktopissa. chipster-installer.sh - Työkalu paikallisen Chipster-palvelimen asentamiseen SD Desktopiin.
	add-python-lib - Aputyökalu Python-kirjastojen lisäämiseen.
	ARX - Datan anonymisointityökalu
	Etherpad - yhteistyömuokkauksen työkalu (vaatii Podman-yhteensopivan virtuaalikoneen)
	OpenRefine - Datan esikäsittely- ja muunnostyökalu eri tiedostomuodoille.
	VS Code 1.90.2 - Koodieditori. Asennuksen jälkeen napsauta VS Code -työpöytäkuvaketta hiiren oikealla painikkeella ja valitse: Allow launching.
	WEKA 3-8-6 - Data mining -ohjelmisto.

Vaihe 1: lähetä pyyntö

Kirjaudu SD Connect -palveluun, ja jos et ole käyttänyt palvelua aiemmin, lataa ensin pieni testitiedosto kansioon. Tällä hetkellä on tekninen ongelma, joka vaikuttaa käyttäjiin, jotka eivät ole vielä ladanneet palveluun yhtään tiedostoa.
Etsi etusivulta projektin valintavalikon vierestä “Copy Share ID” -kuvake. Napsauttamalla sitä voit kopioida projektisi Share ID:n. Tämä on yksilöllinen 32 kirjaimesta ja numerosta koostuva koodi, jota käytämme jakaaksemme asennussovelluksen projektillesi.
- Esimerkki Share ID:stä: 71bbe38a3cd398b48b1f2582dc00297p
Lähetä seuraavaksi sähköpostia CSC:n asiakastukeen (aihe: SD Desktop) ja kerro, että haluat käyttöoikeuden Software Installeriin, sekä liitä mukaan projektin Share ID liittämällä se viestiin. Kun asiakastuki vahvistaa käyttöoikeuden, asennustyökalu on saatavilla SD Desktop -palvelussa.

(screenshot)

Vaihe 2: tuo SD Software Installer virtuaalityöpöydällesi

Kirjaudu SD Desktop -palveluun ja avaa virtuaalityöpöytäsi. Avaa siellä Data Gateway -sovellus, valitse SD Connect ja anna CSC-käyttäjätunnuksesi ja salasanasi. Napsauta sitten Open. Älä sulje Data Gateway -sovellusta.
Jos ohjelmistojen asennuksen aputyökalut on otettu käyttöön projektillesi, hakemisto, jonka Data Gateway loi, sisältää kansion tools-for-sd-desktop (polussa Projects/SD-Connect/your-project-name).
Avaa kansio tools-for-sd-desktop ja vedä/kopioi sieltä tiedosto sd-installer-centos7.desktop tai sd-installer-ubuntu22.desktop työpöydällesi. Valitse versio, joka vastaa SD Desktopisi käyttöjärjestelmää (esim. Ubuntu).

Kuva 1. Tiedoston sd-installer.desktop kopioiminen SD-työpöydälle.
Käynnistä ohjelmiston asennustyökalu kaksoisnapsauttamalla asentajatyökalun kopiota työpöydälläsi. Ubuntu-pohjaisissa virtuaalityöpöydissä sinun täytyy napsauttaa sitä hiiren oikealla painikkeella ja valita Allow Launching, ennen kuin voit käyttää asennustyökalua.

Kuva 2. SD Software Installer

Vaihe 3: asenna uusia työkaluja

Jotta voit käyttää asennustyökalua, sinulla täytyy olla aktiivinen Data Gateway -yhteys käynnissä, ja SD Connect -datan liitoksen tulee olla tehty tiedostojärjestelmän oletussijaintiin (käyttäjän kotihakemiston Projects-hakemistoon).
Asennustyökalu näyttää painikepaneelin, jonka avulla voit asentaa ohjelmiston napsauttamalla vain painiketta. Saatavilla oleviin ohjelmistoihin kuuluu graafisia sovelluksia ja komentorivisovelluksia. Graafisille sovelluksille lisätään käynnistyskuvake työpöydälle. Kaikki ohjelmistot asennetaan hakemistoon /shared-directory/sd-tools/, jolloin asennus on kaikkien virtuaalityöpöydän käyttäjien käytettävissä.
Joidenkin sovellusten kohdalla osa asennusprosessista tapahtuu vasta, kun sovellus käynnistetään ensimmäisen kerran. Siksi sovellus kannattaa käynnistää kerran asennuksen jälkeen, jotta voit varmistaa prosessin valmistumisen. Tämän jälkeen asennetun ohjelmiston pitäisi toimia myös silloin, kun Data Gateway -yhteyttä ei ole avattu.

Vaihe 4: asennus projektin jäsenille

Kaikki asennetut työkalut tallennetaan Shared Directoryyn kansioon nimeltä sd-tools, johon kaikilla projektin jäsenillä on pääsy. Ne eivät kuitenkaan ilmesty automaattisesti jokaisen käyttäjän työpöydälle. Jotta ne saadaan käyttöön, projektin jäsenten täytyy tehdä yksi nopea vaihe valitsemalla kahdesta vaihtoehdosta:

4.1 Software Installerin käyttäminen

Projektin jäsen voi seurata aiemmin kuvattuja vaiheita: avata Data Gatewayn, kopioida asennustyökalun työpöydälle, käynnistää sen ja valita tarvittavan työkalun. Asennustyökalu tunnistaa työkalun jaetussa kansiossa, ohittaa asennuksen valmistelun ja luo automaattisesti työpöytäkuvakkeen sekä päivittää terminaaliympäristön.

4.2 Terminaalikomennon käyttäminen

Tässä tapauksessa Data Gateway -yhteyttä ei tarvita.

Napsauta työpöytää hiiren oikealla painikkeella ja valitse “Open Terminal”
Paina Ctrl + Alt + Shift aktivoidaksesi kopioi-liitä-toiminnon
Valitse Text Input
Kopioi komento /shared-directory/sd-dash-tools/bin/use-sd-tools
Ja liitä se näytön alaosan syöttöpalkkiin ja paina Enter

Myös tässä tapauksessa kuvake lisätään työpöydälle ja terminaaliympäristö päivitetään.

Mukauttaminen Apptainerilla ja Podmanilla

Jos haluat lisätä uusia ohjelmistoja virtuaalikoneellesi itsenäisesti, kätevin tapa on rakentaa Apptainer-kontti SD Desktopin ulkopuolella ja tuoda sitten kontti SD Connectin kautta SD Desktopiin. Alla olevissa kahdessa dokumentissa kuvataan kaksi esimerkkitapausta ohjelmistojen lisäämisestä konttien avulla.

Ubuntu22-pohjaisissa virtuaalikoneissa voit käyttää myös Podman-konttienhallintaa. Yksi Podmanin eduista on, että se voi hyödyntää myös Docker-kontteja.

Podmanin käyttö SD Desktopissa