Structure

Structure on ohjelmistopaketti, jolla käytetään monen lokuksen genotyyppidataa populaatiorakenteen tutkimiseen. Sen käyttötarkoituksiin kuuluvat erillisten populaatioiden olemassaolon päättely, yksilöiden liittäminen populaatioihin, hybridivyöhykkeiden tutkiminen, migranttien ja sekoittuneiden yksilöiden tunnistaminen sekä populaatioiden alleelifrekvenssien estimointi tilanteissa, joissa monet yksilöt ovat migrantteja tai sekoittuneita.

Sitä voidaan soveltaa useimpiin yleisesti käytettyihin geneettisiin markkereihin, mukaan lukien SNP:t, mikrosatelliitit, RFLP:t ja AFLP:t.

Structure

Lisenssi

Structure on vapaasti käytettävissä. Lähdekoodi on saatavilla alkuperäiseltä verkkosivustolta, mutta sille ei ole määritelty nimenomaista avoimen lähdekoodin lisenssiä.

Saatavuus

Roihu: 2.3.4, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Structure on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Structure-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load structure/2.3.4

Structure lukee ajon asetukset työhakemistossa olevista mainparams- ja extraparams-tiedostoista. Valmistele nämä tiedostot (yhdessä genotyyppidatatiedostosi kanssa) ja aja sitten Structure komennolla:

structure

Voit myös osoittaa Structurelle tietyt tiedostot ja valinnat komentorivillä, esimerkiksi:

structure -m mainparams -e extraparams -K 3 -i infile -o outfile

Structure-ajot ovat yksiytimisiä ja voivat kestää pitkään, joten varsinaiset analyysit kannattaa ajaa eräajotöinä. Alla on yksinkertainen esimerkki eräajotyöskriptistä:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=structure
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G

module load bio-apps/v202603
module load structure/2.3.4

structure

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajotyöskriptin luominen Roihulle.

Structuren automatisointi ja jälkikäsittely

Structuren analyysien ajamiseen ja jälkikäsittelyyn liittyviä työkaluja on saatavilla erillisinä moduuleina bio-appsissa:

StrAuto (strauto) — automatisoi Structuren ajon useilla K-arvoilla ja toistoajoilla sekä ketjuttaa tulokset Evannon ΔK-analyysiin.
structureharvester — StructureHarvester, Structuren tulosten jäsentämiseen ja Evannon ΔK-menetelmän soveltamiseen.
clumpp — CLUMPP, toistettujen ajojen klusterimääritysten kohdistamiseen ajojen välillä.

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

Structuren kotisivu