Structure

Structure on ohjelmistopaketti, jolla käytetään monen lokuksen genotyyppidataa populaatiorakenteen tutkimiseen. Sen käyttötarkoituksiin kuuluvat erillisten populaatioiden olemassaolon päättely, yksilöiden liittäminen populaatioihin, hybridivyöhykkeiden tutkiminen, migranttien ja sekoittuneiden yksilöiden tunnistaminen sekä populaatioiden alleelifrekvenssien estimointi tilanteissa, joissa monet yksilöt ovat migrantteja tai sekoittuneita.

Sitä voidaan soveltaa useimpiin yleisesti käytettyihin geneettisiin markkereihin, mukaan lukien SNP:t, mikrosatelliitit, RFLP:t ja AFLP:t.

Structure

Lisenssi

Structure on vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia, mutta lisenssiä ei ole määritelty.
StrAuto on vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia, mutta lisenssiä ei ole määritelty.
strasuto-puhti on vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia, mutta lisenssiä ei ole määritelty.
structureHarvester on vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia oman lisenssinsä mukaisesti.
CLUMPP on vapaasti käytettävissä, mutta lisenssiä ei ole määritelty.

Saatavuus

Puhdissa: 2.3.4

Käyttö

Käyttääksesi Structurea Puhdissa suorita ensin seuraavat käyttöönottokomennot:

module load biokit
module load structure

structure-komennon lisäksi Structure-moduuli tuo saataville ohjelmat CLUMPP ja structureHarvester, joita voidaan käyttää Structure-tulosten jälkikäsittelyyn.

Puhdissa suosittelemme, että lähetät Structure-työsi strauto-puhti-nimisellä aputyökalulla. Tämä työkalu on muokattu versio StrAuto Structure- töiden lähettämiseen tarkoitetusta työkalusta. Huomaa, että monet StrAuton käyttöoppaan yksityiskohdat eivät koske strauto-puhti-työkalua.

Siirry seuraavaksi projektisi scratch-hakemistoon. Mikä tahansa alihakemisto scratch-alueellasi käy. Esimerkiksi:

cd /scratch/project_xxxxxx/$USER

Luo uusi tyhjä hakemisto:

mkdir structure_job1

Seuraavaksi sinun täytyy kopioida tai luoda tähän hakemistoon kaksi strauto-puhti-ohjelman käyttämää syötetiedostoa. Parametritiedoston nimen on aina oltava input.py. Varsinaisen datatiedoston nimi määritellään tiedostossa input.py. Datatiedoston nimen tulee päättyä päätteeseen .str tai .ustr.

StrAuton mukana toimitetun esimerkkitiedoston voi kopioida nykyiseen hakemistoosi komennoilla:

cd structure_job1
cp /appl/soft/bio/structure/strauto/input.py ./  
cp /appl/soft/bio/structure/strauto/sim.str ./

Kun syötetiedosto on valmisteltu, Structure-työ voidaan käynnistää komennolla:

strauto-puhti

StrAuto pyytää ensin tarkistamaan ja hyväksymään Structuren parametrit, minkä jälkeen se lähettää Structure-työn Puhdin eräajojärjestelmään. Tämän jälkeen se alkaa seurata työsi etenemistä.

Voit jättää seurantaprosessin käyntiin, mutta jos haluat pysäyttää sen, paina Ctrl-c.

Structure-työt jatkavat silti suoritustaan Puhdin eräajojärjestelmässä. Jos suoritat komennon:

strauto-puhti

samassa hakemistossa uudelleen, se tarkistaa Structure-töiden tilan ja tekee tulosten jälkikäsittelyn, jos kaikki Structureen liittyvät tehtävät ovat valmistuneet.

Huomaa, että strauto-puhti ei käytä sisäistä GNU parallel -pohjaista rinnakkaistusta. Sen sijaan rinnakkaistus perustuu taulukkotöihin. Tämän vuoksi sinun ei pidä muuttaa Structuren syötetiedoston parallel-parametrin arvoksi True.

Structure

Lisenssi

Saatavuus

Käyttö

Lisätietoja