Open Babel

Open Babel on kemian työkalupakki, joka on suunniteltu ymmärtämään kemiallisen datan monia kieliä. Se on avoin, yhteisöllinen projekti, jonka avulla kuka tahansa voi hakea, muuntaa, analysoida tai tallentaa dataa molekyylimallinnuksesta, kemiasta, kiinteän olomuodon materiaaleista, biokemiasta tai niihin liittyviltä aloilta.

Saatavuus

Roihu-CPU: 3.2.0

Lisenssi

Open Babel on vapaata ohjelmistoa, joka on saatavilla GNU GPL -lisenssillä.

Käyttö

Alusta Open Babel Roihu-CPU:ssa näin:

module purge
module load gcc/15.2.0 openmpi/5.0.10
module load openbabel/3.2.0

Yksinkertainen esimerkki: PDB-tiedoston muuntaminen Turbomole coord -tiedostoksi:

obabel -ipdb molecule.pdb -otmol -O coord

Kattavan luettelon valinnoista ja tuetuista tiedostomuodoista saat komennoilla obabel -H tai obabel -L formats, tai tutustumalla alla oleviin linkkeihin.

Viitteet

Käytä molempia seuraavista viitteistä viitatessasi Open Babeliin:

N M O'Boyle, M Banck, C A James, C Morley, T Vandermeersch, and G R Hutchison. "Open Babel: An open chemical toolbox." J. Cheminf. (2011), 3, 33. DOI:10.1186/1758-2946-3-33.
The Open Babel Package, version 3.2.0, https://openbabel.org/.