Hyppää sisältöön

A new version of SD Connect and SD Desktop will be available from Monday, September 28. The major upgrade will introduce significant improvements, but also includes changes that are not compatible with the current version of the service. Click here to review the available support materials.

Warning!

Puhti and Mahti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti and Mahti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Open Babel

Open Babel on kemian työkalupakki, joka on suunniteltu käsittelemään kemiallisen datan monia eri kieliä. Se on avoin ja yhteisöllinen projekti, jonka avulla kuka tahansa voi hakea, muuntaa, analysoida tai tallentaa dataa molekyylimallinnuksesta, kemiasta, kiinteän olomuodon materiaaleista, biokemiasta tai lähialoilta.

Saatavuus

  • Puhti: 3.1.1
  • Mahti: 3.1.1

Lisenssi

Open Babel on vapaasti saatavilla oleva ohjelmisto, joka on julkaistu GNU GPL -lisenssillä.

Käyttö

Alusta Open Babel Puhdissa näin:

module load openbabel/3.1.1

Yksinkertainen esimerkki PDB-tiedoston muuntamisesta Turbomole coord -tiedostoksi:

obabel -ipdb molecule.pdb -otmol -O coord

Kattavan luettelon valinnoista ja tuetuista tiedostomuodoista saat komennoilla obabel -H tai obabel -L formats, tai tutustumalla alla oleviin linkkeihin.

Viitteet

Käytä molempia seuraavista viitteistä Open Babeliin viitatessasi:

  • N M O'Boyle, M Banck, C A James, C Morley, T Vandermeersch, and G R Hutchison. "Open Babel: An open chemical toolbox." J. Cheminf. (2011), 3, 33. DOI:10.1186/1758-2946-3-33
  • The Open Babel Package, version 3.1.1 http://openbabel.org

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.