Open Babel

Open Babel on kemian työkalupakki, joka on suunniteltu käsittelemään kemiallisen datan monia eri kieliä. Se on avoin ja yhteisöllinen projekti, jonka avulla kuka tahansa voi hakea, muuntaa, analysoida tai tallentaa dataa molekyylimallinnuksesta, kemiasta, kiinteän olomuodon materiaaleista, biokemiasta tai lähialoilta.

Saatavuus

Puhti: 3.1.1
Mahti: 3.1.1

Lisenssi

Open Babel on vapaasti saatavilla oleva ohjelmisto, joka on julkaistu GNU GPL -lisenssillä.

Käyttö

Alusta Open Babel Puhdissa näin:

module load openbabel/3.1.1

Yksinkertainen esimerkki PDB-tiedoston muuntamisesta Turbomole coord -tiedostoksi:

obabel -ipdb molecule.pdb -otmol -O coord

Kattavan luettelon valinnoista ja tuetuista tiedostomuodoista saat komennoilla obabel -H tai obabel -L formats, tai tutustumalla alla oleviin linkkeihin.

Viitteet

Käytä molempia seuraavista viitteistä Open Babeliin viitatessasi:

N M O'Boyle, M Banck, C A James, C Morley, T Vandermeersch, and G R Hutchison. "Open Babel: An open chemical toolbox." J. Cheminf. (2011), 3, 33. DOI:10.1186/1758-2946-3-33
The Open Babel Package, version 3.1.1 http://openbabel.org