BUSCO

BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) arvioi genomiassemblien, geenijoukkojen ja transkriptomien täydellisyyttä etsimällä joukon ortologeja, joiden odotetaan esiintyvän yksikopioisina geeneinä tietyssä sukulinjassa.

BUSCO

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssin alaisuudessa.

Saatavuus

Roihu: 5.4.3, 6.1.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

BUSCO on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten BUSCO-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load busco/6.1.0

BUSCOa ajetaan busco-komennolla määrittämällä syöte, tila (genome, proteins tai transcriptome) ja sukulinjan aineisto:

busco -i genome.fa -m genome -l eukaryota_odb12 -o result -c 8

Sukulinjan aineistot

BUSCO lataa tarvittavat sukulinjan aineistot automaattisesti busco_downloads-hakemistoon työskentelyhakemistossasi. Aja BUSCO projektisi /scratch-hakemistosta, jotta näille aineistoille on riittävästi tilaa.

Jaetut viitetietokannat

CSC suunnittelee tarjoavansa jaetut viitetietokannat keskitetystä sijainnista Roihussa. Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Kunnes se on saatavilla, anna BUSCOn ladata sukulinjan aineistot kirjoitettavaan sijaintiin tai lataa ne itse komennolla busco --download <lineage>.

Augustus-geeniennustaja

Jos ajat BUSCOn Augustus-geeniennustajalla (--augustus), Augustus tarvitsee kirjoitettavan asetushakemiston, koska se kirjoittaa sinne koulutettujen lajien parametrit. Moduuli tarjoaa tästä asetuksesta tilannevedoksen $CONFIG_TEMPLATE-ympäristömuuttujan kautta. Pura se kirjoitettavaan sijaintiin ja aseta AUGUSTUS_CONFIG_PATH osoittamaan siihen ennen BUSCOn ajamista:

tar -xzf $CONFIG_TEMPLATE -C /scratch/<project>/
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/scratch/<project>/config

Oletusgeeniennustaja (Metaeuk/Miniprot) ei vaadi tätä vaihetta.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=busco
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load busco/6.1.0

busco -i genome.fa -m genome -l eukaryota_odb12 -o result -c $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki