MrBayes

MrBayes on ohjelma fylogenioiden bayesilaiseen päättelyyn.

MrBayes
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Eräajot
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 3.2.7a, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MrBayes on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MrBayes-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load mrbayes/3.2.7a

MrBayes käynnistetään komennolla mb. Sama MPI-tuettu binaari toimii sarjamuodossa, kun se käynnistetään suoraan:

mb

ja rinnakkaisesti, kun se käynnistetään srun-komennolla eräajossa. Rinnakkaisversiota käytettäessä kannattaa huomioida, että MrBayes varaa yhden ketjun yhdelle ytimelle, joten optimaalisen suorituskyvyn saavuttamiseksi kannattaa käyttää yhtä monta ydintä kuin työsi ketjujen kokonaismäärä on. Jos olet esimerkiksi määrittänyt nchains=4, nruns=2, sinun tulee käyttää 4 * 2 = 8 ydintä.

Eräajot

MrBayes-analyysin suorittaminen voi viedä huomattavan määrän CPU-aikaa ja muistia. Siksi sitä suositellaan ajettavaksi Roihussa eräajo-järjestelmän kautta. Lyhyempiä testiajoja voi suorittaa interaktiivisessa tilassa käyttäen sinteractive -komentoa. Sarjaversiota suositellaan interaktiiviseen käyttöön.

Eräajon suorittamiseksi sinun tulee:

Kirjoittaa MrBayes-komentotiedosto (tässä mb_com.nex) tai sisällyttää MrBayes-komentolohko .nex-tiedostoosi. Lisätietoja on MrBayes-käyttöoppaan luvussa 5.5.1.
Kirjoittaa eräajokomentosarja (tässä mb_batch)
Varmistaa, että kaikki syötetiedostosi ovat mukana (tässä primates.nex)
Lähettää työsi jonoon

MrBayes-komentotiedoston tulee sisältää komennot, jotka kirjoittaisit MrBayesiin interaktiivisessa tilassa. Tämä esimerkki suorittaa analyysin, joka mainitaan MrBayes 3.2 -käyttöoppaan luvussa 2.

begin mrbayes;
    set autoclose=yes nowarn=yes;
    execute primates.nex;
    lset nst=6 rates=invgamma;
    mcmc nchains=4 nruns=2 ngen=20000 samplefreq=100 printfreq=100 diagnfreq=1000;
    sump;
    sumt;
end;

Alla on esimerkki Roihun eräajokomentosarjasta, jossa käytetään 8 ydintä. Käytämme 8 ydintä, koska esimerkissämme on määritetty nchains=4, nruns=2, joten 4 * 2 = 8.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --job-name=my_mrbjob
#SBATCH --error=my_mrbjob_err%j
#SBATCH --output=my_mrbjob_out%j
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000

module load bio-apps/v202603
module load mrbayes/3.2.7a

srun mb mb_com.nex >log.txt

Työn lähettäminen:

sbatch mb_batch

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki