MrBayes

MrBayes on ohjelma fylogenioiden bayesilaiseen päättelyyn.

MrBayes
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Eräajot
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 3.2.7a, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MrBayes on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MrBayes-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load mrbayes/3.2.7a

Moduulin lataamisen jälkeen sarjaversio (eli yhden prosessorin versio) käynnistyy komennolla:

mb

Rinnakkaisversio käynnistyy komennolla:

mb-mpi

Kun käytät rinnakkaisversiota, huomaa, että MrBayes kohdistaa yhden ketjun yhdelle ytimelle, joten optimaalisen suorituskyvyn saavuttamiseksi sinun kannattaa käyttää yhtä monta ydintä kuin työsi ketjujen kokonaismäärä on. Jos olet esimerkiksi määrittänyt nchains=4, nruns=2, sinun tulisi käyttää 4 * 2 = 8 ydintä.

Eräajot

MrBayes-analyysin suorittaminen voi viedä huomattavan määrän CPU-aikaa ja muistia. Siksi sitä suositellaan ajettavaksi Roihussa eräajo-järjestelmän kautta. Lyhyempiä testiajoja voidaan suorittaa interaktiivisessa tilassa käyttäen sinteractivea. Sarjaversiota suositellaan interaktiiviseen käyttöön.

Eräajon suorittamiseksi sinun tulee:

Kirjoittaa MrBayes-komentotiedosto (tässä mb_com.nex) tai sisällyttää MrBayes-komentolohko .nex-tiedostoosi. Lisätietoja on MrBayes-käsikirjan luvussa 5.5.1.
Kirjoittaa eräajokomentosarja (tässä mb_batch)
Varmistaa, että kaikki syötetiedostosi ovat mukana (tässä primates.nex)
Lähettää työsi jonoon

MrBayes-komentotiedoston tulee sisältää komennot, jotka kirjoittaisit MrBayesiin interaktiivisessa tilassa. Tämä esimerkki suorittaa analyysin, joka mainitaan MrBayes 3.2 -käsikirjan luvussa 2.

begin mrbayes;
    set autoclose=yes nowarn=yes;
    execute primates.nex;
    lset nst=6 rates=invgamma;
    mcmc nchains=4 nruns=2 ngen=20000 samplefreq=100 printfreq=100 diagnfreq=1000;
    sump;
    sumt;
end;

Alla on esimerkki Roihun eräajokomentosarjasta, jossa käytetään 8 ydintä. Käytämme 8 ydintä, koska esimerkissämme käytetään asetuksia nchains=4, nruns=2, joten 4 * 2 = 8.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --job-name=my_mrbjob
#SBATCH --error=my_mrbjob_err%j
#SBATCH --output=my_mrbjob_out%j
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000

module load bio-apps/v202603
module load mrbayes/3.2.7a

srun mb-mpi mb_com.nex >log.txt

Työn lähettäminen:

sbatch mb_batch

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki