MrBayes

MrBayes on ohjelma fylogenioiden bayesilaiseen päättelyyn.

MrBayes
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Eräajot
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Puhti: 3.2.7a

Käyttö

Tarkista saatavilla olevat versiot komennolla:

module spider mrbayes

Lataa tietty versio:

module load mrbayes/3.2.7a

Moduulin lataamisen jälkeen sarjaversio (eli yhden prosessorin versio) käynnistyy komennolla:

mb

Rinnakkaisversio käynnistyy komennolla:

mb-mpi

Kun käytät rinnakkaisversiota, huomaa, että MrBayes kohdistaa yhden ketjun yhdelle ytimelle. Parhaan suorituskyvyn saavuttamiseksi kannattaa käyttää yhtä monta ydintä kuin työsi ketjujen kokonaismäärä on. Jos olet esimerkiksi määrittänyt nchains=4, nruns=2, sinun tulisi käyttää 4 * 2 = 8 ydintä.

Eräajot

MrBayes-analyysin suorittaminen voi viedä huomattavan määrän CPU-aikaa ja muistia. Siksi sitä suositellaan ajettavaksi Puhdissa eräajo-järjestelmän kautta. Lyhyempiä testiajoja voi suorittaa interaktiivisessa tilassa käyttäen sinteractivea. Sarjaversiota suositellaan interaktiiviseen käyttöön.

Eräajon suorittamiseksi sinun tulee:

Kirjoittaa MrBayes-komentotiedosto (tässä mb_com.nex) tai sisällyttää MrBayes-komentolohko .nex-tiedostoosi. Lisätietoja on MrBayes-oppaan luvussa 5.5.1.
Kirjoittaa eräajotyöskripti (tässä mb_batch)
Varmistaa, että kaikki syötetiedostosi ovat mukana (tässä primates.nex)
Lähettää työsi jonoon

MrBayes-komentotiedoston tulee sisältää komennot, jotka kirjoittaisit MrBayesiin interaktiivisessa tilassa. Tämä esimerkki suorittaa analyysin, joka mainitaan MrBayes 3.2 -oppaan luvussa 2.

begin mrbayes;
    set autoclose=yes nowarn=yes;
    execute primates.nex;
    lset nst=6 rates=invgamma;
    mcmc nchains=4 nruns=2 ngen=20000 samplefreq=100 printfreq=100 diagnfreq=1000;
    sump;
    sumt;
end;

Alla on esimerkki Puhdin eräajotyöskriptistä, jossa käytetään 8 ydintä. Käytämme 8 ydintä, koska esimerkissämme käytetään asetuksia nchains=4, nruns=2, joten 4 * 2 = 8.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --job-name=my_mrbjob
#SBATCH --error=my_mrbjob_err%j
#SBATCH --output=my_mrbjob_out%j
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --partition=small

srun mb-mpi mb_com.nex >log.txt

Työn lähettäminen Puhdissa:

sbatch mb_batch