CryoSPARC
Page undergoing cleanup after Puhti and Mahti retirement
This page contains outdated references to Puhti and/or Mahti, which have now been decommissioned. The page is undergoing changes to reflect CSC's new supercomputer Roihu.
CryoSPARC (Cryo-EM Single Particle Ab-Initio Reconstruction and Classification) on huipputason tieteellinen ohjelmistoalusta kryoelektronimikroskopian (cryo-EM) yksittäishiukkasanalyysidatan käsittelyyn tutkimuksessa ja lääkekehityksessä ratkaisemalla biologisten näytteiden, kuten liukoisten ja kalvoproteiinien sekä niiden kompleksien, virusten, nukleiinihappojen ja muiden, 3D-rakenteita. Sillä voidaan käsitellä myös negatiivivärjättyä elektronimikroskopiadataa.
Saatavuus
Ohjelmisto voidaan asentaa Puhdissa ja Mahdissa. CSC suosittelee Mahdin käyttöä CryoSPARCin kanssa sen suuren väliaikaisen levytilan tarpeen vuoksi.
Lisenssi
CryoSPARCista on saatavilla voittoa tavoittelemattomaan ja kaupalliseen käyttöön tarkoitetut lisenssivaihtoehdot. Ohjelmisto on maksuton voittoa tavoittelemattomaan akateemiseen käyttöön, mutta käyttäjien on pyydettävä lisenssiavain CryoSPARCin etusivulta. Kaupallista käyttöä koskevissa asioissa ota yhteyttä Structura Biotechnology Inc.:iin (sales@structura.bio).
Asennus
Huomaa, että jokaisen käyttäjän on asennettava oma cryoSPARC-instanssinsa. Jaettuja asennuksia ei suositella. Pyydä porttinumerot CryoSPARCin käyttöäsi varten lähettämällä sähköpostia CSC:n asiakastukeen. Porttinumero ja kirjautumissolmu varataan sinulle Puhdissa ja/tai Mahdissa.
CryoSPARCin asennustar-tiedosto sisältää yli 160 000 tiedostoa, mikä ylittää
/projappl-levytilan oletustiedostokiintiön (100 000). Siksi käyttäjien on
haettava oletuskiintiön laajennusta asentaessaan CryoSPARCia.
CSC ylläpitää keskitettyä cryoSPARC worker -asennusta. Jos noudatat CSC:n sisäisiä ohjeita ja käytät oikeita lane-mallipohjia, sinun ei tarvitse asentaa workeria lainkaan. Sisäiset asennusohjeet Puhdissa tai Mahdissa ovat saatavilla polussa:
SSH-avainten käyttöönotto ja julkisen avaimesi lisääminen MyCSC:hen ovat välttämättömiä, jotta voit kirjautua Puhdin ja Mahdin palveluihin SSH:lla. SSH-avaimet mahdollistavat kirjautumisen ilman salasanaa, mikä on hyödyllistä myös CryoSPARCin käytössä.
Tutustu dokumentaatioomme:
CryoSPARCia ei voi käyttää HPC:n selainkäyttöliittymistä
CryoSPARCin käyttäjät eivät voi käyttää selainkäyttöliittymiä kirjautumiseen Puhdissa/Mahdissa, koska kirjautumissolmut määräytyvät satunnaisesti. Huomaa, että jokaiselle käyttäjälle osoitetaan tietty kirjautumissolmu ja tietty porttialue CryoSPARCin käyttöä varten.
Viitteet
Tutustu kaikkiin julkaisuihin, mukaan lukien alla mainittu:
Punjani, A., Rubinstein, J.L., Fleet, D.J. & Brubaker, M.A. cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination. Nature Methods 14, 290-296 (2017).