Illumina BaseSpace

Illumina BaseSpace -komentoriviasiakasohjelmaa bs voidaan käyttää datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä Roihuun.

• Illumina BaseSpace
  • Lisenssi
  • Saatavilla
  • Käyttö
  • Lisätietoja

Lisenssi

Ohjelmisto on vapaasti käytettävissä.

Saatavilla

• Roihu-CPU: 1.7.0

Käyttö

Lataa ensin basespace-moduuli:

module load basespace

Kun moduuli on ladattu, Illumina BaseSpace -komentoriviasiakasohjelma käynnistyy komennolla:

bs

Jotta voit käyttää tätä palvelua, sinulla täytyy olla tili Illumina BaseSpace -palvelussa.

Ensimmäisessä vaiheessa sinun täytyy määrittää tunnistautuminen, jotta voit käyttää dataasi Illumina BaseSpacessa. Tämä tehdään suorittamalla komento:

bs auth

Tunnistautumistiedot tallennetaan kotihakemistoosi Roihussa ($HOME/.basespace/default.cfg). Siksi tunnistautuminen tarvitsee tehdä vain kerran.

Sen jälkeen voit aloittaa työskentelyn Illumina-datasi kanssa. Esimerkiksi saatavilla olevat aineistot voidaan listata komennolla:

bs list datasets

Yksittäinen aineisto voidaan ladata Roihuun komennolla:

bs download dataset -i dataset_id -o local_download_dir

Lisätietoja

Tarkempia tietoja Illumina BaseSpace -asiakasohjelman käytöstä löytyy alla olevista linkeistä:

• bs-esimerkkejä
• bs-yleiskuvaus

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.