Illumina BaseSpace

Illumina BaseSpace -komentoriviohjelmaa bs voidaan käyttää datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä Puhtiin.

Lisenssi

Ohjelmisto on vapaasti käytettävissä.

Lataa ensin biokit-moduuli:

module load biokit

Kun biokit on ladattu, Illumina BaseSpace -komentoriviohjelma käynnistyy komennolla:

bs

Jotta voit käyttää tätä palvelua, sinulla täytyy olla tili Illumina BaseSpace -palvelussa.

Ensimmäiseksi sinun täytyy määrittää tunnistautuminen, jotta voit käyttää dataasi Illumina BaseSpacessa. Tämä tehdään suorittamalla komento:

bs auth

Tunnistautumistiedot tallennetaan kotihakemistoosi Puhdissa ($HOME/.basespace/default.cfg). Siksi tunnistautuminen tarvitsee tehdä vain kerran.

Sen jälkeen voit aloittaa työskentelyn Illumina-datasi kanssa. Esimerkiksi saatavilla olevat aineistot voidaan listata komennolla:

bs list datasets

Yksittäinen aineisto voidaan ladata Puhtiin komennolla:

bs download dataset -i dataset_id -o local_download_dir

Tarkempia tietoja Illumina BaseSpace -asiakasohjelman käytöstä löytyy alla olevista linkeistä: