Hyppää sisältöön

A new version of SD Connect and SD Desktop will be available from Monday, September 28. The major upgrade will introduce significant improvements, but also includes changes that are not compatible with the current version of the service. Click here to review the available support materials.

Warning!

Puhti and Mahti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti and Mahti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Illumina BaseSpace

Illumina BaseSpace -komentoriviohjelmaa bs voidaan käyttää datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä Puhtiin.

Lisenssi

Ohjelmisto on vapaasti käytettävissä.

Saatavuus

  • Puhti: 1.0.0

Käyttö

Lataa ensin biokit-moduuli:

module load biokit

Kun biokit on ladattu, Illumina BaseSpace -komentoriviohjelma käynnistyy komennolla:

bs

Jotta voit käyttää tätä palvelua, sinulla täytyy olla tili Illumina BaseSpace -palvelussa.

Ensimmäiseksi sinun täytyy määrittää tunnistautuminen, jotta voit käyttää dataasi Illumina BaseSpacessa. Tämä tehdään suorittamalla komento:

bs auth

Tunnistautumistiedot tallennetaan kotihakemistoosi Puhdissa ($HOME/.basespace/default.cfg). Siksi tunnistautuminen tarvitsee tehdä vain kerran.

Sen jälkeen voit aloittaa työskentelyn Illumina-datasi kanssa. Esimerkiksi saatavilla olevat aineistot voidaan listata komennolla:

bs list datasets

Yksittäinen aineisto voidaan ladata Puhtiin komennolla:

bs download dataset -i dataset_id -o local_download_dir

Lisätietoja

Tarkempia tietoja Illumina BaseSpace -asiakasohjelman käytöstä löytyy alla olevista linkeistä:

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.