Illumina BaseSpace

Illumina BaseSpace -komentoriviohjelmaa bs voidaan käyttää datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä Puhtiin.

• Illumina BaseSpace
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
  • Lisätietoja

Lisenssi

Ohjelmisto on vapaasti käytettävissä.

Saatavuus

• Puhti: 1.0.0

Käyttö

Lataa ensin biokit-moduuli:

module load biokit

Kun biokit on ladattu, Illumina BaseSpace -komentoriviohjelma käynnistyy komennolla:

bs

Jotta voit käyttää tätä palvelua, sinulla täytyy olla tili Illumina BaseSpace -palvelussa.

Ensimmäiseksi sinun täytyy määrittää tunnistautuminen, jotta voit käyttää dataasi Illumina BaseSpacessa. Tämä tehdään suorittamalla komento:

bs auth

Tunnistautumistiedot tallennetaan kotihakemistoosi Puhdissa ($HOME/.basespace/default.cfg). Siksi tunnistautuminen tarvitsee tehdä vain kerran.

Sen jälkeen voit aloittaa työskentelyn Illumina-datasi kanssa. Esimerkiksi saatavilla olevat aineistot voidaan listata komennolla:

bs list datasets

Yksittäinen aineisto voidaan ladata Puhtiin komennolla:

bs download dataset -i dataset_id -o local_download_dir

Lisätietoja

Tarkempia tietoja Illumina BaseSpace -asiakasohjelman käytöstä löytyy alla olevista linkeistä:

• bs-esimerkkejä
• bs-yleiskatsaus

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.