MetaPhlAn

MetaPhlAn on laskennallinen työkalu mikrobiyhteisöjen koostumuksen profilointiin metagenomisesta sekvensointidatasta.

MetaPhlAn

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 4.2.4 (moduuli py-metaphlan), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MetaPhlAn on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MetaPhlAn-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load py-metaphlan/4.2.4

Voit tarkistaa peruskäytön komennolla:

metaphlan --help

Tietokanta

MetaPhlAn tarvitsee toimiakseen markkeritietokannan (ChocoPhlAn-SGB Bowtie2 -indeksit). Roihussa keskitetysti tarjotaan jaettu, vain luku -kopio, ja py-metaphlan-moduuli ohjaa MetaPhlAnin siihen automaattisesti ympäristömuuttujan $METAPHLAN_DB_DIR kautta — joten mukana toimitettujen tietokantaversioiden kanssa sinun ei tarvitse antaa parametria --db_dir.

Seuraavat tietokantaversiot ovat saatavilla jaetussa sijainnissa:

mpa_vJan26_CHOCOPhlAnSGB_202605 (uusin)
mpa_vJun23_CHOCOPhlAnSGB_202403

Ne sijaitsevat rinnakkain samassa kansiossa; valitse käytettävä versio parametrilla --index (sen arvon on oltava yksi yllä luetelluista versioista):

metaphlan --index mpa_vJan26_CHOCOPhlAnSGB_202605 ...

Oman tietokannan käyttäminen

Jos haluat käyttää versiota, jota ei ole jaetussa sijainnissa — tai antaa MetaPhlAnin ladata ja rakentaa uuden tietokannan — osoita --db_dir omaan kirjoitettavaan hakemistoosi. Erikseen annettu --db_dir ohittaa muuttujan $METAPHLAN_DB_DIR, ja koska jaettu kopio on vain luku -tilassa, MetaPhlAn ei voi luoda puuttuvaa indeksiä sinne.

Voit esimerkiksi luoda tietokannoille hakemiston projektisi /scratch-alueelle:

cd /scratch/<project>
mkdir metaphlan_databases

Tietokannat voidaan valmistella etukäteen --install-valinnalla:

metaphlan --install --db_dir metaphlan_databases

Tietokanta on melko suuri, ja sen lataaminen ja rakentaminen voi kestää jonkin aikaa.

Oletuksena ladataan ja rakennetaan uusin MetaPhlAn-tietokanta. Voit pyytää tietyn version parametrilla --index:

metaphlan --install --index mpa_vJan21_CHOCOPhlAnSGB_202103 --db_dir metaphlan_databases

Jos pyydettyä tietokantaa ei löydy annetusta kirjoitettavasta sijainnista, se luodaan automaattisesti.

MetaPhlAnin testaukseen tarkoitettu testisyöteaineisto voidaan ladata MetaPhlAnin GitHub-sivustolta:

wget https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/releases/download/4.0.2/SRS014476-Supragingival_plaque.fasta.gz

Tässä esimerkissä työ ajetaan interaktiivisena työnä. Roihun interactive-osiolla jokainen varattu ydin tarjoaa 1,875 Gt muistia (enintään 32 ydintä / 60 Gt / 36 tuntia), joten pyydä niin monta ydintä, että saat riittävästi muistia — tässä 8 ydintä (noin 15 Gt):

sinteractive --account <project> --cores 8
module load bio-apps/v202603
module load py-metaphlan/4.2.4
metaphlan --nproc 8 --index mpa_vJan26_CHOCOPhlAnSGB_202605 SRS014476-Supragingival_plaque.fasta.gz --input_type fasta > SRS014476-Supragingival_plaque_profile.txt

Tuki

CSC Service Desk