MetaPhlAn
MetaPhlAn on laskennallinen työkalu mikrobiyhteisöjen koostumuksen profilointiin metagenomisesta sekvensointidatasta.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.
Saatavuus
- Puhdissa: 4.0.2, 4.0.3, 4.0.6, 4.1.1
Käyttö
Ottaaksesi MetaPhlAnin käyttöön Puhdissa, suorita komento:
Voit tarkistaa peruskäytön komennolla:
MetaPhlAn voi automaattisesti noutaa MetaPhlAn-tietokannan ja luoda tarvitsemansa Bowtie2-indeksit lennossa komennon suorituksen yhteydessä. Oletuksena MetaPhlAn tallentaa nämä indeksitiedostot MetaPhlAnin asennushakemistoon, mutta Puhdissa tämä ei ole mahdollista. Tämän vuoksi käyttäjien tulee käyttää valintaa --bowtie2db määrittääkseen hakemiston, jota käytetään tietokannan ja indeksitiedostojen tallentamiseen.
Esimerkiksi projektin project_2001234 tapauksessa käyttäjä voi ensin luoda hakemiston tietokannoille:
Tietokannat voidaan myös valmistella etukäteen valinnalla --install:
Tietokanta on melko suuri, ja sen lataaminen ja rakentaminen voi kestää jonkin aikaa.
Oletuksena ladataan ja rakennetaan uusin MetaPhlAn-tietokanta. Voit ladata tietyn version parametrilla --index.
Kun suoritat MetaPhlAn-analyysejä, sinun on sisällytettävä valinta --bowtie2db sekä myös --index, jos käytät muuta kuin oletustietokantaa. Jos tietokantaa ei löydy ilmoitetusta sijainnista, se luodaan automaattisesti.
MetaPhlAnin testaamiseen tarkoitettu testisyöteaineisto voidaan ladata metaphlanin GitHub-sivustolta:
wget https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/releases/download/4.0.2/SRS014476-Supragingival_plaque.fasta.gz
Tässä esimerkissä työ suoritetaan interaktiivisena eräajona.
sinteractive -m 16G -c 4
module load metaphlan
metaphlan --nproc 4 --bowtie2db metaphlan_databases SRS014476-Supragingival_plaque.fasta.gz --input_type fasta > SRS014476-Supragingival_plaque_profile.txt